A csernátoni Csonka-toronyról népdalok és legendák szólnak, magányosan álló alakja pedig Jókai számára nyújtott ihletet. A néphagyomány óriásokkal, óriáskígyóval, vitéz hősökkel népesítette be, de mindezek ellenére a vár Háromszék egyik legkevésbé ismert középkori emlékei közé tartozik.
Sepsiszentgyörgytől mintegy 20 kilométerre észak-északnyugatra, a Bodoki-hegység keleti lábánál helyezkedik el a Csernáton község részét alkotó Felsőcsernáton. A település északi végében, a Nagypatak és Ika-patak által határolt, hosszan elnyúló sziklagerincen található a helybeliek által Csonka-toronynak vagy Ika várának nevezett várrom. Az erődítményből ma már csak a két végében található védőárkok, a falak vonalait követő – helytelenül azokkal azonosított –, a kincskeresők által kialakított földhányások viszonylag épen fennálló déli toronyromjai figyelhetők meg.
A 2010. év folyamán a csernátoni önkormányzat tervbe vette az erősen romladozó állapotban levő torony felújítását. Ennek előkészítéseként újabb topográfiai felmérés készült a várról, mintegy 200 négyzetméternyi felületet érintő régészeti kutatás zajlott a torony közvetlen környékén. Az ekkori megfigyelések nagy vonalakban alátámasztották a szakirodalomban korábban leírtakat, de egyúttal számos olyan eredmény is született, mely megváltoztatta a várról kialakult képet.
Annak ellenére, hogy a várat a szakirodalom már több mint két évszázada ismeri, hosszan elnyúló, párhuzamosan futó falú, keskeny végein ívelten hegyesedő erődítményként írva le, amelynek tornyai keleti és nyugati oldalaikkal a várfalhoz kapcsolódtak, építésének idejét, tulajdonosát és történetét továbbra is homály fedte.
A munkálatok egyik eredményeként jelentősen módosult a vár alaprajza: a topográfiai felméréseknek köszönhetően kiderült, hogy a falak által kerített terület hossza 169 méter, míg szélessége a déli oldalon 15 méter, a központi részen 24 méter, az északi végén pedig 15–16 méter. A várat régen a déli oldalról lehetett megközelíteni. A keskeny, szekerek számára járhatatlan út (1 – lásd az alaprajzot) átkelt a Nagyág-patakon, majd egy kaptató után az oldalban folytatódott, míg végül S alakban visszakanyarodva felkapaszkodott a gerincre, s tovább haladt a vár nyugati oldala felé.
Az erődítmény külső védelmét itt a várfaltól 14 méterre található, a gerincet keresztben átvágó 4–5 méter széles és mintegy 3 méter mély, a patakok völgyéig lefutó védőárok (2) biztosította, amely egykorú a várral. Az 1,65–1,70 méter vastag, laposra hasított helyi kőzetből, morzsalékos, viszonylag kevés meszet tartalmazó habarcs felhasználásával épített, egykor bevakolt várfal csak néhány kő magasságáig maradt fenn (0,45–0,85 méter). A falak vonala a keleti és a nyugati oldalon követte a plató peremének vonalát, míg a déli és az északi oldalon egyenesen, a gerinc tengelyére merőlegesen záródott. Lepusztult állapotából kifolyólag nem lehet megállapítani magasságát, de a Csonka-torony és a várfal találkozási pontján egy ellaposodó, felfekvő felület figyelhető meg, amely a fal (vagy legalábbis a gyilokjáró) magasságát a korabeli járószinttől mért 3,5–4 méteresre teszi. Bejárata nem maradt fenn ugyan, de a várfal vonalának felszínre kerülése, valamint a terepviszonyok újraértelmezése révén sikerült beazonosítani a toronytól mintegy 30 méterre északnyugatra azt a helyet, ahol a vár egykori kapuja (3) lehetett. Ásatás hiányában azonban nem lehet megállapítani, hogy létezett-e kaputorony, vagy a bejáratot csak a két párhuzamosan futó falszakasz köze képezte.
A 7,50 méter átmérőjű, 2 méter falvastagságú, 3,25–3,40 méter belső méretű, eredetileg a tetőszerkezettel együtt mintegy 20 méter magas, viszonylag jó állapotban fennmaradt déli öregtorony (a Csonka-torony) (4) a vár legkésőbb emelt, a már álló várfalhoz ragasztott építménye. A torony hatszintes volt (földszint és öt emelet), és a negyedik szint kivételével fából készült födémek választották el egymástól. A harmadik emeleti, boltívvel fedett helyiségben kandalló volt beépítve, amelynek füstelvezetését a torony falába vágott kémény biztosította, és ablakfülkéjéből a falba épített, annak görbületét követő kőlépcső vezetett következő szintekre. A legfelső emeleten a tornyot körülölelő, a falba mélyített gerendákra támaszkodó erkélyszerű védőfolyosó húzódott. A torony bejárata az első emeletről nyílt (a torony körüli feltöltődés miatt ma a földszinten található), de a falazatot ajtónyílások törték át a második és a legfelső emelet szintjén is, amelyeken keresztül a várfalra, valamint a torony védőfolyosójára lehetett kijutni.
A vár kincskeresőárkok által szabdalt belsejében nem figyelhető meg semmilyen építmény nyoma, de feltételezhető, hogy fából vagy kőből emelt lakó- és gazdasági épületek álltak ott.
Az északi torony (5) helyén jelenleg csak egy nagyméretű, mintegy 22–25 m átmérőjű, a vár belső területénél 2,5–3 méterrel magasabb halom található. Az egyetlen fennmaradt, Orbán Balázstól származó 19. századi leírás alapján feltételezhető, hogy ez is kör alaprajzú lehetett, és átmérője mintegy 20 százalékkal volt nagyobb a Csonka-toronyénál.
A vár északi végét a déli oldalon találhatóhoz hasonló méretű, kialakítású és vonalvezetésű árok (6) választotta el a gerinc többi részétől, megnehezítve az észak felől érkező támadók dolgát.
A déli torony környékén végzett ásatás és tereprendezés nagyon gazdag, cserépedény-töredékekből, szögekből, nyílhegyekből, bronztűből, egy övcsatból álló leletanyagot hozott a felszínre. Sajnálatos azonban, hogy a leletanyag csak a torony és környéke relatív keltezéséhez (14. század) nyújt támpontot, ugyanis legnagyobb része nem a járószintekből, hanem a fölöttük található, a kincskeresők által kitermelt és szétszórt földből került elő. Ennek ellenére keltezi a torony használatának idejét, és figyelembe véve, hogy az egy későbbi időszakban épült, a vár építése a 13. század második felére tehető.
Mai elnevezését a déli torony felső részének omlása után kaphatta, ugyanis már a 18. századtól kezdve Csonka-várként említik, míg az Ika-vár elnevezést elsősorban Ferentzi János, majd Orbán Balázs, a legendás Ika vezérre hivatkozva ragasztotta rá. Elképzelhető, hogy a középkor folyamán a várat egyszerűen csak Újvárnak nevezték, hogy megkülönböztessék a tőle nem messze fekvő, a Hegyes-tetőn található kora vaskori erődített településtől, melyet Óvárnak is neveznek.
A várról, amely a középkori Kézdiszék területén állt, nem ismerünk semmilyen okleveles adatot. Létezik ugyan egy 1580-ból származó, felsőcsernátoni birtokperrel kapcsolatos irat, melyben a tanúk megemlítik Csernáton vára három évtizeddel korábbi ostromát, amelyet néha a Csonka-várra szoktak vonatkoztatni. Az esemény azonban nagyobb eséllyel köthető az alsócsernátoni templomvárhoz és annak az 1551. novemberi moldvai-török betörés alatt lezajlott, más forrásból egyelőre nem ismert ostromához.
Okleveles adatok hiányában nem tudni, hogy ki lehetett a tulajdonosa, de jó eséllyel vehető számításba a torjai birtokát 1307-ben az Aporoknak eladó Udvar fia András. Noha csak ebben az egyetlen oklevélben szerepel, és további sorsáról nem rendelkezünk adatokkal, személye mellett érvként hozható fel, hogy a kézdi székelyek közé tartozott, tehát e szék területén lehettek még birtokai, ha megengedhette magának egy tekintélyes birtoktest elidegenítését. Emellett a Csernáton-patak és mellékvizei völgyét csak egy átjárható gerinc választja el a Torja-patak völgyétől, ami akár egy korábban összefüggő birtoktömb meglétét is feltételezheti. Ezenkívül az oklevél két felnőtt fiáról, Fulkunról és Istvánról is említést tesz, ami alapján joggal feltételezhető, hogy a 14. század első évtizedében sor kerülhetett a megmaradt birtok megosztására is. Elképzelhető, hogy ennek következtében emelték a Csonka-vár déli tornyát, és a Torja-völgy eladására éppenséggel az építéshez szükséges anyagi fedezet előteremtése miatt került sor. Az egyazon vár területén található, két különálló lakótorony nem csak a Csonka-várra jellemző, legjobb példa erre a torockószentgyörgyi vár, ahol a Torockai család tagjai egy időben két különálló lakótoronnyal rendelkeztek. Amennyiben az 1360-ban a Bálványosvár, valamint a Peselnek és Kászon folyó közti terület elosztását megakadályozó, ezért utóbb elmarasztalt Máté nevű vajdai ember Felkunnak nevezett apja azonos Udvar fia András Fulkun nevű fiával, úgy elképzelhető, hogy a várat a 14. század hetedik évtizedében még lakták. A puszta névazonosság mellett e Felkun fia Máté háromszéki származása mellett szól az is, hogy a peres ügyekben eljáró vajdai vagy királyi embereket az elöljáró hatóság környezetéből vagy a jogügylet helyszínének tekintélyes lakosai közül választották ki.
A Csonka-várhoz tartozó falvakat és azok számát homály fedi. Annyi mindenesetre feltételezhető, hogy a két Csernáton, valamint a Csernáton-patak völgyében található elpusztult települések – a sarkantyúleletéről ismert Bartafalva és a kisméretű, mára már teljesen elpusztult templommal rendelkező Szentkert-Remete – ide tartoztak. Amennyiben elfogadható, hogy a vár Udvar fia András és fiai tulajdona volt, akkor építésének idején még a vár alárendeltségébe tartozott a Torja-patak völgye is a maga két falujával. E székelyföldi viszonylatban hatalmasnak mondható birtok jövedelme elégséges lehetett ahhoz, hogy a vár a 13. század végére megépüljön.
A vár végnapjairól nem rendelkezünk egyelőre semmilyen adattal, de előfordulhat, hogy a birtok a család kihalása után, a székelyek és a nemesség közötti konfliktusokat elkerülendő, nem adományozták el, hanem visszaszállt a helyi közösségekre.