A középkori Európa nem ismerte a vallási türelmet, a római katolikus egyház a tanaitól való minden eltérést eretnekségnek bélyegzett. Nem hozott megértést vagy türelmet az övétől eltérő vallási felfogások iránt a reformáció sem, legnagyobb alakjai úgy vélték, hogy a „libertas conscientiae”, a lelkiismereti szabadság, a más hiten lévők megtűrésének a gondolata a sátán találmánya, melynek célja, hogy az emberekben kételyt ébresszen, meggyöngítve hitüket.
Miután az évtizedes vallásháborúk során nyilvánvalóvá vált, hogy egyik fél sem tudja a másikat meggyőzni vagy térdre kényszeríteni, az együttélést valamilyen módon rendezni kellett. A Német-római Birodalomban 1555-ben megkötött augsburgi vallásbéke kimondta ugyan az evangélikus vallás egyenjogúságát a katolikussal, de a szabad vallásválasztást és -gyakorlást nem engedte meg. Az akié a föld, azé a vallás elv alapján az alattvalóknak követniük kellett a fejedelmek vallását.
Magyarországon az 1526-os mohácsi vészt követően gyorsan elterjedt a protestantizmus. Az 1542-től önálló Erdélyi Fejedelemségben az 1550-es évekre a lakosság nagy része a lutheri reformációhoz csatlakozott János Zsigmond fejedelemmel együtt, katolikusnak csak a Székelyföld egy része, Csíkszék és néhány főúri család maradt meg. Az 1557. évi országgyűlés törvényben bevett vallássá nyilvánította az evangélikus vallást, és a katolikussal azonos jogokat biztosított számára. Amikor a magyar lakosság és a fejedelem a reformáció kálvini irányzatához csatlakozott (a szászok megmaradtak lutheránusnak), az 1564. évi tordai országgyűlés bevett vallássá nyilvánította a kálvinizmust is. Az erdélyi reformáció harmadik ága akkor alakult ki, amikor a reformátusok egy része az unitáriusnak nevezett antitrinitárius (Szentháromság-ellenes) tanokhoz pártolt, így tett udvari papja, Dávid Ferenc hatására János Zsigmond fejedelem is.
Ezek után tartották 1568. január 6–13. között az újabb tordai országgyűlést, amely egyenjogúsította az unitárius vallást is, így alakult ki a négy bevett vallás. Az országgyűlés addig sehol nem ismert mértékben foglalta törvénybe a lelkiismereti és vallásszabadsághoz való jogot, pontosabban a gyülekezetek számára a szabad lelkészválasztást. A rendek által elfogadott határozat kimondta: „Midőn helyökön a prédikátorok az evangéliumot prédikálják, hirdessék, kiki az ő értelme szerint, és az község ha venni akarja, jó, ha nem penig senki kényszerítéssel ne kényszerítse az ű lelke azon meg nem nyugodván; de oly prédikátort tarthasson, az kinek tanítása ő néki tetszik. Ezért penig senki ... az prédikátorokat meg ne bánthassa, ne szidalmaztassék senki az religióért senkitől, ... mert a hit Istennek ajándéka.”
Erdély e téren messze megelőzte Európa fejlettebb, nyugati részét, a vallási toleranciában példát mutatott a világnak. Államvallás nem volt, az uralkodói hatalom fölötte állt az egyházinak, de nem volt joga a vallások között bármilyen szempontból különbséget tenni. A vallási türelmetlenségben izzó Európában Erdély a felekezeti béke szigete lett, e törvény tiszteletben tartása teremtette meg annak lehetőségét, hogy a keresztény felekezetek viszonylagos békében élhessenek egymás mellett, saját szellemi értékeikkel gazdagítsák szülőföldjüket.
A Magyar Unitárius Egyház az 1568. évi tordai országgyűlés vallásügyi határozatától kezdődően számítja létét. A reformáció legifjabb egyházának zsinata 2002-ben január 13-át egyházi ünneppé, a vallásszabadság emléknapjává nyilvánította.