Ennek ellenére a közgyűlés igazságszolgáltatásbeli hatásköre nem meghatározó, és a szakosodott bíráskodási testületekkel szemben nem jelentett valós kihívást. Az 1791—92-es országgyűlés törvény útján szabályozta a bíráskodás szerkezeti felépítését. A törvénykezési folyamat alapfóruma a faluszéke volt, tagjai a falubíró és az esküdtek. Azok felett ítélkeznek, akik a faluközösség erdejében vagy kaszálóján kárt tesznek, de a személyek közötti viszályokban is igazat tesznek. A folyton működő táblák megszüntetésével visszaállítják a bíráskodás régi menetét az alsófokú ítélőszékek újbóli megszervezésével, melyeket al- vagy viceszékeknek neveznek. Elnökük az illető kerület vezetője, alkirálybírája, tagjai a székgyűlésen megválasztott hat-hét táblabíró. Háromszéken minden széknek külön alszéke volt, szám szerint tehát négy. A fellebbviteli törvénykezési hatóság a derékszék volt. Évenként négy törvénykezési időszakban tevékenykedtek. Az általános gyakorlat szerint a székgyűlés befejezése után tartották a bíráskodást. Elnök a főkirálybíró, tagjai: tizenkét választott táblabíró. A derékszék legalább hét tag jelenlé­tében volt ítélőképes. Háromszéken egyetlen ilyen másodfokú bíróság működött. Akik az itteni döntéssel elégedetlenek voltak, a királyi táblához fordulhattak jogorvoslatért.

1791. Szent András havának kilencedik napján Miklósvárszéken székgyűlést tartottak, melyen az országgyűlésnek és a királyi akaratnak megfelelően újjáalakították az alsófokú bíróságot, a fiúszéket. A törvényes keretek újjászervezésétől mindenki a bíráskodási eljárás felgyorsítását és az elmaradt peres ügyek gyors rendezését várta. Ezért választották meg és eskették be a fiúszéket alkotó táblabírákat. Itt is érvényesült a vallási egyenlőség elve, minden felekezetet két személy képviselt: a katolikusokat Donáth György, Thuri Miklós, a reformátusokat Bodor István és Cserei Miklós, míg az unitáriusok közül Donáth Mihályt és Péterffy Sámuelt választották.

Noha az igazságszolgáltatás részletezése nem tartozik a tanulmány témájához, mégis megemlítjük, hogy a kettészakadt társadalom katonai felének civil igazgatásba való bekapcsolódása — az adminisztrációba, a bíráskodásba — nehézkesen történt, mert a katonai vezetés nem akarta elfogadni azt a törvényes szabályozást, mely szerint civil megbízatásuk idején a katonák önkormányzati vagy igazságszolgáltatási szerepvállalás esetén mentesültek a határőrség befolyásától. A katonák védelmét a perekben a katonai ügyvéd biztosította. 1834-ben a gyalogezred parancsnokságának utasítása értelmében a katonák a peres ügyek esetén minden alkalommal Intze József hadnagy, katonai ügyvéd jogi védelmében részesültek. 1805-ben guberniumi rendelkezés pontosította azt az előírást is, hogy a lófő rendből választott bírákat a katonai büntetések alól felmentik. Zavart és feszültséget okozott a katonatiszteknek az a szokása, hogy még az ítélethirdetés előtt közölték beosztottjaikkal a perek várható eredményét, de jóslataik nem minden esetben váltak be. A hasonló kellemetlenségek elkerülése végett, a székgyűlés észrevételezése nyomán, 1804-ben az ezredparancsnokság körrendeletben figyelmezteti tisztjeit, hogy óvakodjanak jóslatokba bocsátkozni.

A fellebbviteli fórum — derékszék — egybegyűlése esetén munkálatait általában mindaddig folytatta, amíg a napirenden lévő ügyek jogorvoslatot nem nyertek. 1794. június 12-én Mikes János főkirálybíró a törvénykezés összehívását azzal indokolja, hogy ,,az apelatio mellett fenn függő perek számosan meggyűlvén, szükségesnek lenni tartottam, hogy Kézdiszéken Maksán folyó hó 25—26—27—28-án derékszék tartassék, ahol az apelatus civil és kriminális cauzák, melyek ezen Háromszék derékszékét illet és assentáltassanak és definiáltassanak, úgy az universitas concluzuma szerint, akik örökség dolgában pereket kezdeni kivánják elővétettesenek". 1795-ben Mikes János tájékoztatta a kézdiszéki alkirálybírót, hogy a gubernium utasításai alapján esztendőnként legalább négy derékszéket kell tartani, ezért a szeptember 14-én Maksára meghirdetett törvénykezési ciklust egész hétre tervezte. 1814-ben Cserei Miklós, Háromszék adminisztrátora törvényszéki elnökségének felelősségét firtatja: a derékszékre fellebbezett perek anyagából készített kivonatot szeretné látni, hogy mint elnök ismerje meg az előforduló perek tárgyát, ha a bírák ezt nem tennék meg, magukra vessenek, hogy ,,érdemük szerint fogom acceptálni és traktálni".

Nem volt könnyű eligazodni a perrendtartásban, az emberek nem tudták, mikor milyen sérelmükkel hova és kihez forduljanak jogorvoslatért. A tájékozatlanság és a nehézkes eligazodás következtében a felettes hatóságokat elárasztják a legkülönfélébb útbaigazítási kérések. 1798-ban egy ilyen jellegű leirat éppen az alapfórum, a faluszéke ítélkezési hatáskörét körvonalazza: ,,az olyattén székek, melyek faluszékének szoktak neveztetni, csak mind arbitratio fórumok úgy tartassanak és a feleknek szabad lenne, hogyha az itélettel meg nem elégednének a törvénytől kiszabott utat követni. Méltoztassék K. F. Igazgató Tanács a Főhadivezérséggel és Kormányszékkel megértetni, hogy mivel az arbitration fórumok olyanok kellettek lenni, melyet a peres felek maguknak önként választanak és az arbitration fórumra való perlekedésre csak úgy utasítassanak, ha mind a két félnek tetszik, s az olyattén szék ne faluszékének neveztessék, annál is inkább mivel a faluszékén nem lehet succesiok iránt való pereket folytatni, hanem csak a határokban esett kártételek, pásztorság őrzése dolgában, s több efféle aproságok iránt való perek."

A bíráskodás szerkezeti felépítésében nemcsak a lakosság nem ismeri ki magát, de a felettes hatóságok sem értenek egyet a folyamat bonyolításával, szeretnék egyszerűsíteni és átláthatóbbá tenni az igazságszolgáltatás szövevényeit. Ezért vonják górcső alá a székgyűlések bíráskodási szerepének megalapozottságát. A főkormányszék a jobb tájékozódás érdekében 1833. december 17-én a székgyűlés törvényes hátterét és szokásjogát firtatja, hogy mikortól fogadja és látja el a panaszos pereket. Arra a kérdésre, hogy mióta él a székgyűlés az ítélethozatal eszközével, a következő választ adták: ,,gyrás székünknek századokon felül való jegyzőkönyve bizonyítja, hogy az 1792-ik esztendeig minden megkülönböztetés nélkül, minden nevű panaszos perek itten is folytanak, csak akkor tett közöttük megkülönböztetést ekkor végezte el, hogy az egy székbeli egyes személyek vagy közönségek panaszai az illető fiú vagy altörvényes széken folyannak, s minthogy ezen időszakig törvényes alszékeinken soha sem is folyt panaszos per, ekkor határoztatott meg az is, hogy azon gyrás székeken csak a négy fiúszékhez közönségeik között támadható panaszos perek vétessenek fel".

A székgyűlés bíráskodási jogának gyakorlásáról a szék irattárában 1720-ból megmaradt, legrégebbi jegyzőkönyvekben fennmaradt perfelvételi és ítélkezési részletes leírások tanúskodnak. Akkoriban mindenféle panaszos per a gyrás széken folyt. 1754-től 1791-ig a jegyzőkönyvekből hiányoznak a peres ügyek, ez a törvénykezési változásoknak és újításoknak tudható be. 1791-től, a régi törvényes állapot visszaállításával egyidejűleg a törvénykezési eljárás is újrakezdődött, és akadály nélkül folytatódott. 1792. január 30-án a rendek azt határozták, hogy egy adott szék keretében a peres ügyek az illető törvényes alszéken kezdődjenek, és csak a társszékek tagjai közötti ítélkezést igénylő panaszok kerüljenek a székgyűlésre. Íme néhány perfelvételi eset a jegyzőkönyekvben lévők közül: 1795-ben gróf Nemes Ádám kezdeményezett eljárást Málnás falu ellen. 1797. június 14-én zaláni Séra Eleknek és Séra Ádámnak Szárazajta elleni panaszos pere kezdődött, a faluközösség a székgyűlés ítélete ellen élt fellebbezéssel, melyet döntőbírói véleményezésre felküldtek a guberniumhoz, ahonnan a válasz az elsőfokú ítélet helyességét igazolta. 1799-ben Kisborosnyói Tompa Jánosnak borosnyói és más sepsiszéki falvak elleni perét a székgyűlés letárgyalta és ítéletet hozott. Az elégedetlen falvak a főkormányszékhez folyamodtak, ahol a hozott ítéletet helybenhagyták. 1816-ban gróf Nemes Ádámnak Nagyborosnyó és Kisborosnyó elleni pere még 1830-ban sem ért véget, 1830-ban étfalvi nemes Imre Elek s részeseinek pere a baróti, baconi, zaláni, oltszemi, málnási lakosokkal a Hatod közterületen ért legeltetésbeli megkárosításáért. Itt is a főkormányszékhez fellebbeztek az elégedetlenkedők.

1835. április 13-án egy guberniumi rendelkezés megvonja a székgyűlés bíráskodási hatáskörét, ám az nem értett egyet ezzel a határozattal, és szándékában állt továbbra is ítéletosztó hatalmat gyakorolni. A renitenskedő testületet fenyegetéssel próbálja jobb belátásra bírni a főhatóság: ,,a nemes szék alkalmaztassa magát a Gubernium előbbeni rendelkezéseihez, mert ez ellenkező esetben ha a gyrás gyűlés előtt folytatott perek a guberniumnak elejibe hozatatnak a gubernium azokat nem fogja felvenni és ami hátramaradás és kár is ezen rendelkezések meg nem tartásától lészen magának tulajdonítsa".

A felettes hatóság a székgyűlésnek a peres ügyekben való részvételét azzal a megfontolással vonja meg, hogy ezáltal a sokszor hangoztatott ügyintézés egyszerűsítését szolgálja.