Magellán 1480 körül született Porto vagy Sabroza városában nemesi családban. Szüleinek elvesztése után II. János király feleségének udvarában nevelkedett, elsajátította a térképészet és a navigáció tudományát. Huszonöt évesen szállt először tengerre, a portugál flottával eljutott Indiába, Afrikába, Kelet-Indiába, számos tengeri csatában harcolt, egy sebesülése miatt élete végéig sántított. Ellenségei azonban rossz hírét keltették az udvarban, és bár az ellene felhozott vádak nem bizonyultak igaznak, elvesztette az új király, I. Manuel kegyét és kegydíját. A sértődött felfedező odébbállt, és a spanyoloknak ajánlotta fel szolgálatait.

A fűszerekben gazdag Indiába és Távol-Keletre vezető út ekkor már évtizedek óta izgatta a felfedezők képzeletét. A portugálok és a spanyolok az 1494-es tordesillasi szerződésben felosztották egymás közt a felfedezésre váró területeket, a portugálok délre és keletnek, Afrika megkerülésével próbálkoztak, a spanyolok nyugat felé indultak. Magellán már sejtette, hogy a Föld gömbölyű, ezért megkerülhető, és viszonylag könnyen sikerült meggyőznie a fiatal I. Károly spanyol királyt (V. Károly néven német-római császár), hogy kerülő úton is el lehet jutni a portugálok által ellenőrzött Fűszer-szigetekre, a mai indonéziai Moluka-szigetekre. Károly jóváhagyta Magellán terveit, és vállalta, hogy a kincstár felszerel számára öt hajót, amelyeket két évre elegendő készlettel is ellátnak. A felfedezendő földek kormányzójának is kinevezték, és tíz évre monopóliumot kapott az általa talált útvonalra.

Magellán a tengernagyi lobogót a 110 tonnás Trinidadra húzatta fel, flottája 270 emberrel a fedélzeten 1519. augusztus 10-én indult el Sevillából. 1520 januárjában a La Plata torkolatában horgonyoztak le, majd továbbindultak délnek, de a hideg és a rossz időjárás miatt úgy döntöttek, Patagóniában telelnek át. 1520. május közepén a felderítést végző Santiago egy sziklás parton szétzúzódott, de a legénység megmenekült. A maradék négy hajó augusztus végén indult tovább, és októberben meglelték a keresett átjárót, amelyet Magellán a mindenszentekről nevezett el (ma az ő nevét viseli). Az átkelés a vártnál nehezebbnek bizonyult, több mint egy hónapig bolyongtak a szigetek közt, míg valóban kijáratot leltek. A vidéket az in­diánok által gyújtott számtalan tűzről Tűzföldnek nevezték el, a nagy vizet pedig, amelyre kijutottak, Csendes-óceánnak. Magellán ekkor azt hitte, célja elérhető közelségben van, de csalódnia kellett: csak 110 nap és 17 ezer megtett kilométer után, 1521. március 6-án érték el Guamot, majd tíz nappal később a Fülöp-szigeteket. Mivel nem ilyen hosszú útra készültek, a víz megromlott, az emberek éheztek, skarlátban szenvedtek, kikötéskor már csak 150-en voltak életben. Cebu szigetén az uralkodót rávették a kereszténység felvételére, de Magellán a nyugati fegyverek fölényében bízva botor módon belekeveredett a helybeliek összetűzésébe, és 1521. április 27-én egy csetepatéban elesett. Halála után az expedíció egyre apadó létszáma miatt az egyik hajót felgyújtották, a maradék kettő 1521 novemberében rábukkant az áhított Fűszer-szigetekre. A megrongálódott Trinidadot hátrahagyták, a Victoria viszont a Jóreménység-fokát megkerülve, súlyos szenvedések és nélkülözések után 1522. szeptember 6-án hazaért Spanyolországba.

A legénységből csak 18-an érkeztek vissza, teljes bérüket ők sem kapták meg, anyagilag viszont kifizetődött a vállalkozás, a fűszerek még nyereséget is hoztak. A hajóút során számos ismeretlen állatot láttak, felfedezték a déli féltekéről látható csillagképet, a Magellán-felhőt, és az is kiderült, hogy szükség van a dátumvonalra: a visszaérkezők ugyanis hiába vezették pontosan a hajónaplót, egy nap eltérésben voltak az otthon maradókkal. Az expedíció a világ térképeinek teljes átrajzolását is eredményezte: kiderült, hogy a földfelszín nagyobb részét tenger borítja, amely egységes világóceánt alkot.