Bízva a fejedelmi szabadságlevélben, a székelyek rendkívüli módon igyekeztek kitűnni, s talán döntő módon járultak hozzá a hadjárat sikeréhez, de hazatértük után mégis csalódniuk kellett, mert a székely földesurak nem voltak hajlandóak eleget tenni a fejedelmi ígéretnek, nem szabadították fel a hadjáratból visszatért jobbágyaikat. Emiatt a Székelyföld újabb nagy felkelés színterévé vált, valóságos polgárháború robbant ki és dúlt. Először Marosszéken kelt fel a székelység Károlyi András vezetésével, s mindenfelé azt hirdették, hogy ,,a székelyek közül senki régi urait el ne merje ismerni", aki pedig visszaáll a szolgálatba, ,,halál fia lesz"; a felkelők elleni támadókat pedig ,,fejjel lefelé karóba húzzák" — terjesztették a felkelés szervezői. Nem késtek megmozdulni a gyergyói közszékelyek sem, akik Gál Jánost választották vezérüknek, aztán Sepsi-, Kézdi- s Orbaiszék is felkelt.

De a fejedelmi haderőt gyorsan bevetették, amely Bocskai István irányításával leszámolt a felkelőkkel s a felkelés vezetőivel. ,,...rútul bántanak vala akkor a szegény megszabadult székelyekkel, kik Havasalföldébe mentenek vala Báthory Sigmonddal. Ez dolog a fársángba lőn 1596-ban. Ezeket szemeimmel néztem" — írta Nagy Szabó Ferenc, a kortárs krónikás és emlékíró.

Ez volt a székelyek ,,véres farsangja".

Ezek után a székely társadalom valósággal kettészakadt: a székely nemesség és a közszékelység között már-már átjárhatatlan szakadék keletkezett, ellenfélként, sőt, ellenségként néztek egymásra, s a csalódott, elkeseredett tömegek ezután ahhoz csatlakoztak, aki megígérte szabadságuk visszaállítását.

Így került a székelyek egy része Mihály vajda táborába, akár zsoldosként, akár a szabadság reményével, illetve Georgio Basta császári hadvezér mellé. Nemegyszer történt meg, hogy székely székely ellen keveredett öldöklő küzdelembe, és ebben már látnunk kell a székely autonómia megszüntetésének rossz következményét is; a székeknek ugyanis sikerült megtartaniuk a helyi önigazgatás jogait, de már külön-külön kezdtek politizálni és fellépni érdekeik védelmében.

Tény viszont, hogy Mihály vajda részben visszaadta a székelyek szabadságjogait a katonai szolgálat fejében, ezzel megszerezve a székelyek egy részének támogatását Báthory András (1598—99), majd Báthory Zsigmond ellen. Azonban Mihály vajda egyéni törekvéseivel gyanúba keveredett a császári hatalom szemében, s Basta generális 1601. augusztus 19-én vallon zsoldosaival megölette őt.

A hatalmi küzdelem ezután a Habsburgok képviselője, Basta, Erdély katonai főparancsnoka, illetve a többször lemondó, de rövidesen Erdélybe visszatérő és a fejedelem hatalmat visszaigénylő Báthory Zsigmond között folytatódott. Mivel mindkét félnek érdekében állt a székely katonaelem megnyerése, ígéretekkel vagy erőszakkal igyekeztek őket maguk mellé felsorakoztatni.

Zsigmond, belátva korábbi tévedését, amikor az ígéretét nem váltotta be, új szabadságlevelet állított ki számukra 1601. december 31-én — valószínű, Bocskai István ajánlatára. Azonban így nem sikerült megtartani Erdélyt, ami lehetővé tette, hogy Basta generális mint helytartó valóságos rémuralmat vezessen be az amúgy is sokat szenvedett Erdélyben. Ellene lépett fel Székely Mózes, a híres hadvezér, akit az erdélyi rendek fejedelemmé választottak.

Székely Mózes, az egyetlen székely fejedelem a nemzeti pártot képviselte, s a török segítségével szerette volna Erdélyt megszerezni. A székelység Udvarhely-, Maros- és Aranyosszékből tömegesen állt zászlói alá, Háromszék és Csík viszont császárpárti maradt, kivéve a nemességet. Azonban Székely Mózes Radu vajdától a brassói csatában vereséget szenvedett, a székelyek ismét egymást gyilkolták a hadszíntéren. Olyanszerű pusztulást jelentett ez, amelyet Szádeczky K. Lajos Erdély mohácsi vészeként jellemzett.

Ezután semmi sem vetett gátat Basta rémuralma folytatásának, aki a Habsburg császár nevében uralkodott Erdélyben. Erdély sorsában fordulatot Bocskai István fellépése hoz majd rövidesen.

Összegzésül: a Báthory fejedelmek idején a székelység történetének egyik nagy válságát élte át. Az 1562-es felkelés után elvesztett szabadságjogait tartósan nem sikerült visszaszereznie. A társadalom szétesett, belső ellentétek s harcok miatt nem tudott egységesen fellépni érdekei védelmében. Önigazgatási rendszere a legfelsőbb szintű, autonómiája végleg odalett. Sorozatos felkelései, lázadásai eredménytelenek maradtak.

Hogy mégis mi éltette a székelységet, mi segítette át a legnagyobb válságokon is, az a helyi közösségek mindennapi termékeny élete volt, amelyet később fogunk tárgyalni. Addig is vizsgáljuk meg azt a politikát, amely megállította az egész székely közösség szintjén a köznép további pusztulását, megkísérelte a korábbi rossz döntések következményeit helyrehozni s egységét helyreállítani. A székelymentő politika alapjainak lerakása Bocskai István (1605—1606) nevéhez fűződik. Ennek alkalmazására viszont Bocskai korai halála miatt Bethlen Gábor (1613—1629) és I. Rákóczi György (1630—1648) idején került sor.