Első figyelemre méltó munkájának a paksi templomot tartotta, mely karcsú, tűhegyes csúcsban végződő tetőzetével, ívelt kapubejáratával, egyéni stílusával országos hírnevet szerzett. Stílusának karakteres hordozója a néhány évvel előbb épült siófoki evangélikus templom. De az ő hírnevét öregbíti a Pázmány Péter Katolikus Egyetem piliscsabai épületegyüttese vagy a középkori hangulatot keltő Stephaneum is. Jelleg­zetes stílusjegyeit hordozza újabb munkái közül a makói Hagymaház, az egri uszoda. Építészként fő műve az 1992-es sevillai világkiállítás magyar pavilonja. Máig száznál több különböző funkciójú, jellegzetes stílusjegyeket hordozó, a hagyományos alapanyagok s főleg a fa felhasználásával készült épületének hagyományőrző szerepet is szánt, a fát nem díszítőelemként, hanem szerkezetként használta. Organi­kusnak nevezett építészetének szándéka és célja, hogy egylényegűvé váljék az épület a környezettel, szervesen illeszkedjék a tájba. A kissé historizáló, olykor romantikus, a népies formavilágot átszellemítő, jelképekben gazdag épületek tagadhatatlanul védjeggyé váltak. A jurtasziluett, a szabálytalan ablak- és ajtóformák, a maguk természetességében meghagyott fatörzsek mint tartó- és/vagy díszítőelemek, a honfoglalás kori mitológiai utalások határozzák meg építészetét.
Hitte és vallotta, a népművészetnek különös, megkülönböztetett a szerepe a magyarság életében: (...) A magyar népművészet olyan univerzális, ősi tartalmat hordoz, amelyben megszólal valami egyetemes. Ugyanez vonatkozik a népi építészetre is. Olyan fantasztikus világot jelenít meg, amit követni kell, ahogy Bartók is tette a pentatóniával, a 20. század legmodernebb zenéjét hozva létre belőle."
S számtalan interjújának egyikében azt is elmondta, mit jelent ez az építészetben. (...) A lakásnak van egy, az élettel átszőtt centruma, a többi részfunkció. Ez a parasztház. Egy pitvaron keresztül bemegyek az életbe, mert ezt régen így hívták, ahol ott az asszony, egy olyan lakókonyha, amelyikből egyik oldalra nyílik a tisztaszoba kis ház esetén, másik irányba a kamra, de van úgy, hogy egy másik szoba is. Nem egy szellőzetlen és megvilágítatlan előszobán keresztül botorkálok be, hanem belépek az életbe. Nem a pénzről szól a történet, hanem az életről. Ezért hívjuk élő építészetnek. Ráadásul a magyar nyelv rendkívül plasztikusan és tisztán használja azokat a terminus technicusokat, amelyek egy épületre vonatkoznak. Egy oszlopnak feje, törzse, lába van. Egy homlokzatnak van két szeme, az ablaknak szárnya és szemöldöke, kapunak szárnya stb. Tehát a magyar nyelv magával hordoz olyan régi, történelemben használt építészeti elemeket, amelyekre mi már nem emlékezünk vissza.
Stílusa iskolát teremtett, értékközpontú tudásának továbbadását élete központi feladatának tekintette: – A Kós Károly Egyesülés működtet egy Vándoriskolát. Végzett építészek jelentkeznek, három és fél éven át vándorolnak az egyes cégek között, és utána le kell tenniük a mestermunkát, ami csak megépült épület lehet. Ez alatt a négy év alatt ember lesz belőlük. Aki pedig nem, az elmegy.
S amikor Magyarországon árvíz vagy a vörösiszap pusztított, a Ma­kovecz-iskola sietett a bajbajutottak segítségére: – Jelentem, több száz ház épül Kolontáron és Devecserben, a Mis­kolc melletti Felsőzsolcán pedig már 130 házban laknak is. Mi nemcsak tervezőként voltunk jelen, hanem szervezőként, és jelentem, hogy Kolontáron 134 000 forintért építettek egy négyzetméter lakást, holott ennek az ára 250 000 fölött van. (...) Kivitelezők is fölvállalják azt a veszteséget, amit ilyenkor illik fölvállalni. Kivéve a bankokat.
Néhány műve Erdély földjén áll: Kolozsváron és Vargyason református, Csíkszeredában katolikus templom, Sepsiszentgyörgyön református ravatalozót építettek, s egyszer talán Temesváron is elkészül az Új Ezred­év néven megálmodott református templom, melyet az ott élő magyarság kulturális központjának is szánt.
A csíkszeredai katolikus templom elsőként készült el az erdélyi Makovecz-templomok közül. 2003. október 18-án Nagyboldogasszony és a magyar szentek tiszteletére szentelték fel a tervezője szerint "építészeti magyar magzatot". A kéttornyú centrális templom a magyarság múltját és jövőjét ötvözi. A tornyok előtt kapubejáratok, fölöttük öt-öt kereszt hirdeti a keresztény magyarság tíz évszázadát. A kapumotívum a szentírásból és a helyi hagyományból való: Tárjatok kaput, hadd vonuljon be az igaz nép, amely őrzi a hűséget.
A kolozsvári Donát úti református templomot 1994–97 között tervezte, az alapkövét 1998-ban tették le, és 2008. május 4-én szentelték fel. "Tíz évig épült, s nem kaptunk engedélyt, míg az előtte húzódó úton el nem készült egy ortodox templom, de végül sikerült."
A vargyasi református templom. "(...) Vargyasról felhívott a nagytiszteletű úr, hogy van egy düledező fatemplomuk, tervezzek helyette valamit. Mondtam, ha ledöntik, szóljanak. Ledöntötték, és alatta XIII. századi kora román kori templom alapjait találták. Mélyen leástunk: faragott kövek kerültek elő, rózsaablak és még sok minden." Köztük egy azonosíthatatlan, kőből faragott tárgy, melynek oldalán rovásírással Szent Mihály neve szerepel. Makovecz szerint a lelet európai szenzáció, mivel az eddigi ismeretek szerint a Szent Mihály-kultusz legkeletibb állomása Gyulafehérvár volt. Vala­mennyit beépítették az új Isten Házába. 2005-ben szentelték fel. "Ezekből és sok új gondolatból meg az innen-onnan kapott adományokból megépítettük a református templomocskát. Amikor elkészült, és körülállták a szomszéd falvak népei is, s a templomkert tele volt emberekkel, és fölzengett az ének, hogy Tebenned bíztunk eleitől fogva, az olyan pillanat volt, amikor az ember csöndesen azt mondja magában: rendben van, megérte."
A sepsiszentgyörgyi új református ravatalozó teveit Incze Sándor református esperes kérésére 1998-ban rajzolta meg Makovecz Imre. A Vigasztalás Házát 2005 szeptemberének végén szentelték fel. A ház halotti templom, ősi hagyományokat idéző dombház, ahol a torony a felszálló lélek, a kupola pedig a mindenséget jelképezi – jellemezte az épületet tervezője. Egyszer, amikor szem­revételezte a mun­kálatokat, nevetve mondta: Látják, pápista létemre ismét a protestánsoknak dolgozom. Amikor elő­ször erre jártam, friss, zöld tájban állt e szépséges templom, most körben e szürke, jellegtelen betonrengeteg... Értette a munkások nyelvét, pillanatok alatt tisztázták, miként illeszthető össze két hajlított gerenda, vagy hogyan bírja a mifelénk erős széljárást az épület törékenynek ható, égbe röppenni látszó szárnya. Szemmel láthatóan lenyűgözte őket a különösen szép feladat, az építész egyénisége, s egy ügyes kezű atyhai ács mondta búcsúzóul: Akit elsőnek ravataloznak itt fel, az meg van élve.
Hármashalom-oltár. Csíksom­lyón épült, 1996 őszén szentelték fel. A világhírű csíksomlyói pünkösdi búcsún magyarok milliói csodálják a nagy építész alkotását. "Amikor felkértek a munkára, azt mondtam, szét fogják szedni a románok. Szerencsére tévedtem, nem szedték szét."
Makovecz Imre mind művészként, mind közéleti emberként a magyar élet kiemelkedő személyisége volt, és Kós Károly életmunkáját követve a társművészetek organizátora is egyben. Több alapítványnak adott neve szárnyat, kurátora volt a Balassi-kard nemzetközi költői nagydíjnak, s a Magyar Művészeti Akadémia alapítójaként több mint negyven írót, képzőművészt, zenészt, építészt tömörített maga köré Magyarország határain kívülről is. Isteni segédlettel építő ember, kortárs művészetünk egyik legnagyobb magyarja távozott közülünk – szavaival élve – föld és ég, mélység és magasság eggyé illesztőjeként.