A felhívásra először a gyergyóiaknak kellett választ adniuk. A bizottság 1762. július 24-én Alfaluba, a szék egyik legnagyobb településébe szállt ki, majd Gyergyószentmiklóson látott munkához, miközben albizottságok járták a falvakat.
A székelység válasza a felszólításra erős öntudatról árulkodott: ők mindig szabadok voltak, katonáskodni saját törvényeik és kiváltságaik szerint szoktak, közülük választott tisztek s magyar vezényszó alatt, s csak ilyen feltételek mellett hajlandók a fegyvert felvenni. A székelyek mindenütt erősen hangoztatták azt, hogy a katonáskodó szolgálat összeegyeztethetetlen az adózással, amelyet a Székelyföldön bevezettek. Augusztusban végül is megtörtént az első összeírás Gyergyóban, Csíkban, Kászonban, majd Háromszéken is. A nép mindenütt óvást emelt, és régi szabadságjogainak tiszteletben tartását kérte, de az összeíró idegen tisztek főbelövéssel, kerékbetöréssel, akasztással fenyegetőztek, s pálcázni is kezdték az ellentmondókat. Az összeírás az Udvarhelyszékhez tartozó Bardóc-fiúszékben folytatódott, különösebb incidens nélkül, de a szabadságjogok követeléséről a székelyek sehol sem mondtak le.
A mindenhol megnyilvánuló kisebb-nagyobb ellenállás az udvarhelyszéki Homoródalmáson csapott nyílt ellenszegülésbe: az itteniek s hat ide rendelt szomszédos falu, majd újabb 43 település szabad székelysége jelentette ki, hogy nem hajlandó az összeírást elrendelő parancsnak engedelmeskedni. Buccow személyes megjelenése Udvarhelyen mit sem ért, és az odavezényelt német katonaság sem volt hatásosabb. A szék népe az Udvarhely melletti szombatfalvi réten összegyűlve, egységes emlékiratot terjesztett elő. Az udvarhelyszéki ellenszegülésnek nem maradt el a hatása Csík-, Gyergyó- és Kászonszékben, valamint Háromszéken sem.
1762. október 22-én a Gyergyószentmiklósra berendelt, korábban már összeírt székelyek határozottan kijelentették: szabadságjogaik megerősítése nélkül nem hajlandók letenni az esküt. Mivel Buccow sem jogaik megerősítését, sem azt nem ígérte meg, hogy saját tisztjeik lesznek, s az országból nem viszik ki a katonákat, sőt, a kéréseket előterjesztő két küldöttet, Ambrus Ferencet és Bartalis Mátyást letartóztatta, a nép türelmét vesztve, megrohanta a tábornok tartózkodási helyét, aki jobbnak látta menekülni, mintsem a feldühödött székelyekkel szembeszállni. Az ellenállás azzal vált teljessé, hogy a gyergyóiak a már kiosztott fegyvereket visszaadták, s hazamentek. A tábornok-gubernátor Csíkban és Háromszéken sem ért el több eredményt, mint Gyergyóban, de mindenhol akadt néhány megvesztegetett székely, aki engedelmeskedett a császári tiszteknek — ezeket a nép Buccow katonáinak nevezte.
A szervezők azonban tudták, hogy még nem merítették ki a nép megtörésének minden lehetőségét: a fegyvert elfogadókat az ellenállók ellen tüzelték, s a határőrnek kiszemelt egész népességet a nemesekre és a polgári tisztségviselőkre uszították, mondván, hogy azok minden bajnak okozói. A nép a maga módján értelmezve a hallottakat, úgy gondolta, hogy a nemesség cserbenhagyta őt, s elárulta a székely szabadságot. Mivel a sorozóbizottságok tagjai általában ismert nemesek voltak, a nép általánosított, s az egész nemességet vádolta, átkozta. Terrorizmus és anarchia lépett fel, nem egy helyen véres összeütközésekre is sor került. Mindez nem változtatott azon, hogy a székelyek többsége sem Csíkban, sem Háromszéken nem volt hajlandó a fegyvert felvenni régi szabadságjogainak biztosítása nélkül. Erőteljesen hangsúlyozták, hogy nem fognak egyszerre katonáskodni és adót fizetni.
Kísérlet történt a belső szolidaritás helyreállítására is. Zöld Péter csíkszentléleki plébános néhány faluban a nemeseket, lófőket és gyalogokat arra esküdtette, hogy egymást segítik Buccow ellen. Háromszéken az ellenállók 13 pontból álló felhívást juttattak el a falvakba, hogy semmiképpen fel ne vegyék a fegyvert. A székely székek vezetői is megpróbálták szorosabbra fűzni kapcsolataikat, hogy együtt védekezzenek a külső nyomás és a belső zűrzavar ellen, de egységes álláspontot nem sikerült kialakítaniuk. Nem akadt vezéralak. A székelység forrongott, érezte, hogy öröklött életmódja, szabadsága forog veszélyben. A nép elvárta volna, hogy a székek vezetése s a tekintélyes nemesség összefogjon vele az idegen hatalom erőszakoskodásai ellen, de mindez elmaradt. A Habsburg-hatalom képviselői idejében meghiúsították az ilyen próbálkozásokat, s főleg sikeresen gyakorolták a sokféle rendre, rétegre bomlott székely társadalom megosztását. Arra is gondolnunk kell, hogy a Rákóczi-szabadságharc leverése után, néhány évtized alatt Erdélyben bárói és grófi címek osztogatásával, birtokadományozásokkal, valamint magas hivatali tisztségek révén sikerült császárhű vezető elitet létrehozni — természetesen, a Székelyföldön is. Ennek az elitnek a képviselői a császárnő rendelkezéseit előrébb valónak tartották, mint a régi székely autonómia maradványainak s a székely társadalom szabadságjogainak a védelmét. Ne feledjük: a ,,Metamorphosis Transsylvaniae" időszaka volt az, amelyet a Habsburg-hű báró Apor Péter olyan plasztikusan leírt, fájlalva mégis — amint már szóltunk róla — a régi patriarchális viszonyok eltűnését.
A királynő is természetesen tudomást szerzett a székelyek ellenállásáról. 1763. január 6-án kelt leiratában kifejezte, hogy a határőrségben csak az önként jelentkezőket írják be, Buccowot pedig báró Siskowich altábornaggyal váltotta fel, akinek megbízásából az új bizottság tagjai: gróf Lázár János és gróf Bethlen Miklós más tervet dolgoztak ki a határőrség megszervezésére. Ennek alapján készült Mária Terézia új rendelete, amely ismét előírta két gyalogezred és egy huszárezred felállítását. A rendelet kimondta: egyelőre Csík-, Gyergyó- és Kászonszéket, valamint Háromszéket és Bardóc-fiúszéket vonják be a szervezésbe, de ha a szükség úgy kívánja, a többi székre is ki kell terjeszteni a szervezést. Az új terv szerint — béke idején — a szolgálatban lévő gyalogok négy, a lovasok pedig nyolc krajcár zsoldot kapnak élelmezésre. Háborúban a rendes hadsereggel azonos bánásmódban részesülnek. Békében az adó egyharmadát engedik el, háborús időkben pedig a határőrök teljes adómentességet élveznek. A hadban elesettek özvegyeinek adómentesség jár. A tisztek egyelőre idegenek lesznek, de később közülük is neveznek ki olyanokat, akik arra érdemesnek bizonyulnak. Ruházatuk a népviselet lesz, amelyet maguk állítanak elő.
A királynő rendelete nem elégítette ki a katonarendet: inkább adóznak, mintsem ilyen feltételek mellett katonáskodjanak — mondották. Persze, nem tudták, hogy a királynő már elejtette az önkéntesség elvét, sőt, kötelezővé tette a határőrséget a székelyek számára. A Siskowich-féle új bizottság ennek értelmében és szellemében kezdte meg 1763 őszén munkáját. Először Gyergyószentmiklósra szállt ki, ezt megelőzően azonban mindenhol kihirdették az önkéntesség megszüntét: ,,Már most nem függ senkinek a maga tetszésétől: akar-e katona lenni vagy nem, mert ezen kötelességet a szabad székelyektől a régi hadakozási szokások a törvények súlyos büntetési terhe alatt kívánják meg, amit a választott nemzeti fejedelmek alatt is teljesítettek, s most is büntetéssel rá fognak kényszeríttetni." (...) A népet azzal is fenyegették, hogy, ha a fegyvert fel nem veszik, birtokait elkobozzák, és románokat telepítenek rá. Nem csoda, hogy a megfélemlítettek kisebb része hajlandó volt felvenni a fegyvert, s maga is terrorizálni kezdte az ellenállókat. Nem túlzás úgy látni, hogy polgárháborús hangulat alakult ki Csíkban s Háromszéken, bár a nagy többség az idegen hatalmi erőszaknak bátran ellenszegült.
Gyergyóban a székelyek többsége az ígéretek és fenyegetőzések hatására ismét elfogadta a fegyvert, s december 18-án a kért esküt — jelentős fegyveres erő jelenlétében — letette. A bizottság mégsem örülhetett gondtalanul a sikernek, mert tudomására jutott, hogy a közeli Madéfalva lakossága az erdőkbe menekült. Másnap, miközben Jenőfalván folyt az esketési ceremónia, hír érkezett, hogy nemcsak Madéfalva, hanem Madaras, Rákos, Taploca, Szentmihály, Szépvíz és más falvak népe is felhúzódott az erdőkbe, ahol a téli zord idő ellenére táborozni kezdett. A bizottság azonban nem tágított szándékától: katonaszökevénynek nyilvánította a falvakból elmenekült férfiakat, s fej- és jószágvesztés terhe mellett megtiltotta, hogy azoknak bárki élelmet vagy szállást adjon. A katonaság pedig megbízatást kapott arra, hogy Madéfalván űzze ki az otthon maradt nőket, gyermekeket a házakból.
Súlyosbította a helyzetet, hogy időközben Háromszékről mintegy 700 fegyveres székely érkezett, a csíkiak pedig előjöttek a hegyekből, s több mint kétezren együtt vonultak be Madéfalvára. Az eseményeket pontosan követő bizottság ultimátumszerű felszólítást küldött a faluba, azt kérdezve: akarnak-e a királynő rendeletének engedelmeskedni s meghallgatásra a bizottság előtt megjelenni. Ugyanabban a felszólításban megparancsolták a helybelieknek, hogy a nem falubelieket a házakból űzzék ki, a háromszékiek pedig menjenek haza. Jutalmat ígértek azoknak, akik a ,,zavarok okozóit" feljelentik. Madéfalváról — sietve — két követ érkezett azzal a kéréssel, hogy vízkereszt ünnepe miatt válaszukat a következő napra halaszthassák.
A bizottság azonban a haladékot nem szavazta meg, sőt, elhatározta, hogy véget vet az engedetlenségnek. Siskowich tábornagy utasította Caratto ezredest, hogy az Okelli-ezred négy századával, a rendelkezésre álló másfél század vértessel, harminc huszárral és két ágyúval vegye körül a falut, s verje szét az ott összegyűlt székelyeket. A királynőhöz küldött jelentésben a bizottság azzal indokolta lépését, hogy többre tartja a köznyugalmat a kevesek veszedelménél, s jobban látja a székelyek lázadását elnyomni, annál inkább, mert a felség is erre utasította.
Caratto ezredes a parancsot kíméletlenül hajtotta végre. 1764. január 7-én hajnali négy órakor ágyúval lövetni kezdte a falut, több házat felgyújtott, az utcára tódulókat a kivezényelt katonaság lőtte, kaszabolta. Ellenállás aligha lehetett, így a mészárlásnak nevezhető katonai akció gátlástalanul szedhette áldozatait. A halottakról szóló adatok eltérnek: 185—500 között mozognak, a valóságban 200—250 körül lehetett a helyszínen megölt székelyek száma. Sokan kaptak sebet, s több mint 400-an foglyul estek, ,,őket vallatások után sorra szabadon engedték". A falu egy része leégett.
A madéfalvi vérengzés véget vetett a ellenállás minden formájának, s 1764 telén és tavaszán mind Csíkban, mind Háromszéken 4982 család került be a határőri névjegyzékbe, itt alakult meg az I. székely gyalogezred 4212 határőrrel és 5166 növendékkel. A huszárezredhez Csíkban 770 főt soroztak be. Háromszéken és a katonailag hozzá csatolt Bardóc-fiúszéken a II. gyalogezredet szervezték meg 3651 határőrrel és 4382 növendékkel. A huszárok száma itt 1049 volt.
Az 1764. január 7-i véres események után bűnvizsgálati eljárás kezdődött, de nem a vérengzést kitervelők ellen. Siskowich alezredes már január 9-i jelentésében megfogalmazta a vád tárgyát: engedetlenség, lázadás. A háromszéki mozgalom irányítói, Balogh László és Óvári János valószínűleg Madéfalván életüket vesztették, a harmadikként megnevezett Olasz Sámuel ellen elfogatási parancsot adtak ki. A csíkiak vezetői a szépvízi Miklós György és a madéfalvi Szilveszter Tamás voltak. Siskowich a ,,lázadók" tanácsadóiként Beke István delnei és Zöld Péter csíkszentléleki plébánost nevezte meg. Ez utóbbiakat Bajthay római katolikus püspökre bízták, aki Gyulafehérvárra rendelte, s ott fogságba vetette őket. A bűnvizsgáló bizottság ítéleteit a közben elhunyt Buccow helyett kinevezett Hadik András lovas tábornok vizsgálta felül, s némileg enyhítette, de így is sokan szenvedtek fogságot, börtönt.
Ennél súlyosabb társadalmi következménye is volt a ,,bűnvizsgáló bizottság" felállításának, az, hogy jelentős mértékben fokozta a székelyek kivándorlását Moldvába, ami már a bizottsági munkálat alatt elkezdődött. Több ezer székelyt úgy megrémített a szervezés brutális módja, hogy inkább választotta a bujdosást, semmint szülőföldjén az idegen hatalom fegyveres szolgálatát. Ők nagyrészt Bukovinában telepedtek le Hadik András támogatásával, s létesítették a Fogadjisten, Istensegíts, Hadikfalva, Andrásfalva és Józseffalva településeket.
