Az iratokat a Mikes-kúriában tartották, a fiatal levéltárosnak nem engedték meg az összes levél átköltöztetését, mert tartoztak bérrel a Mikes családnak. Pünkösti József levélben értesítette erről Béldi Lászlót, és kérte hathatós segítségét.
"Méltóságos Cam. és Ad­mi­nistrátor Ur
A Méltóságos Camerárius és Administrátor Ur parancsolatja szerint ezen Nemes Háromszék archivumát által akarván Uzonból S. Szent­györgyre szállittani, egy részit minden hiba nélkül által is szállittattuk, de mikor a hátra maradott két thékát el akartuk volna hozni Uzonból, N. Mi­kes udvari udvarbirája, T. Jenei Jóseff Ur abból az okból, hogy az árenda még nincs kifizetve, ellen állott, és ki nem adta, ez annyival is inkább méltatlanság, hogy maga T. Jenei Ur is meg esmeri, hogy T. Csia Sámuel notárius Ur által vette az illető cassából, s a pénzzel Uzonba ment, de akkor odahaza nem találván átal nem adhatta, s most mégis Csia Ur miánn ezen Nemes Háromszék legdrágább kincse veszedelembe forogjon.
Instálom a Méltóságos Ca­me­rárius és Administrátor Urat, méltóztatnék oly hathatósan parancsolni T. Csia Sámuel urnak, és az fenn emlitett udvarbiró Jenei urnak, hogy az universitás levele ne periclitálódjék, s majd én tartozom még is a levelekről számolni. Mely alázatos s hivatalos jelentésem mellett, midőn a Méltóságos Cam. és Admi­nistrátor Ur hosszas és szerencsés életéért esedezném, alázatos tisztelettel maradtam.
S. Szentgyörgy, 17 aug. 1825. Alázatos szolgája, Uzoni Ifj. Pünkösti Joseff.
Pünkösti Józsefnek sikerült a levéltárat Sepsiszent­györgyre átköltöztetnie. Az általa letétbe helyezett levelekről így tájékoztatja Három­szék adminisztrátorát:
"A Méltóságos Cam. és Ad­ministrátor Ur parancsolatja szerint ezen Nemes Háromszék arhivumát Uzonból S. Szentgyörgyre nov. 26-án minden hiba nélkül egészen által költöztettem, mely alkalmatossággal kötelességemnek tar­tom nagyságodat a következendők kieszközlésére instálni:
1.-ben ezen levéltartó olyan rendetlen, hogy itt sem levelek holléte megigazitására tiszta útmutató, sem a levelek elrendezésében semmi nincsen. Látszik ugyan egynéhány esztendöknek ugymint ab. anno 1764–1802-ig való actáknak regestruma, de sem az ezelötti, sem az azutánni acták rendbe nincsenek, söt oly rendetlen hevernek, hogy itt nem kevés bajjal esik valakinek valamely levél kiadásával szolgálni, azonban pedig a leveleket is a szüntelen való hiányosság miatt szakadnak, melyet segél
2. A levéltartó thékák nem léte, ugy hogy asztalon egy-egy darab deszkán, ládákban és a földön is vagyok kéntelen a leveleket tartani, ha tudatik is valamely levél holléte, mégis idő kell az egymáson nyomban heverő levelek közül való kiválasztásra. Minden archivi actáknak alig van 5 kisded thékájuk, azok is, melyek vagynak, gyengék és elromladoztak.
Instálom azért a Méltóságos Cam. és Administrátor Urat méltóztassék ezen arhivum rendbeszedése kieszközlésében segedelemmel lenni, hogy a szükséges levéltartóknak fundus applicitáltassék, s ezen nagy kiterjedett rendetlen/: melyben csak 40 esztendő vagyon rendbe szedve:/ levéltári levelei registrálására legalább három individumok illő fizetés mellett rendeltessenek – hogy ezen arhivum is, valamint a több ügyekben is székekbe rendbe szedve legyenek. Mely alázatos és hivatalbéli esedezésem melett Nagyságodat alázatosan tisztelvén s fenebb alázatos jelentésemre bölcs rendelésétől várván, maradok a Méltóságos Cam. és Ad­ministrátor Ur, különös patrónus Uramnak.
S. Szentgyörgy, 2. 10. 1825. Alá­zatos szolgája, Ifj. Pünkösti Jóseff, Nemes 3 Szék archiváriusa."
Háromszék levéltárát 1657-ben és 1661-ben a tatárok feldúlták. Pün­kösti József mindent megpróbált, hogy rendszerezze az anyagot, de azt nem tudhatta, hogy 1849-ben az orosz tisztek a Lábas Háztól az első kocsmáig sárba dobálják a bekötött leveleket, s végigtaposnak, végigsétálnak rajtuk.
1658-ban és 1849-ben a Háromszéki Levéltár pótolhatatlan károkat szenvedett, melyek a múlt pontos felidézését sokszor megnehezítik.