Széles körű vita folyik az unió szintjén a génmódosított növények termesztéséről. Az új agrárminiszter, Stelian Fuia úgy nyilatkozott, hogy Románia mindenképp igazodik az uniós rendelkezésekhez.
A romániai gazdák már többéves tapasztalattal rendelkeznek a génmanipulált növények termesztésében. 1999 óta termesztenek herbicid-rezisztens (gyomirtókkal szemben fokozottan ellenálló) szóját az ország déli megyéiben, 2006-ban például a szója vetésterülete elérte a 130 000 hektárt.
A 2007. január elsejei uniós csatlakozás óta azonban ezzel fel kellett hagyniuk, akkor ugyanis egyetlen hibridkukorica-vonal, a kukoricamoly-rezisztenciát hordozó MON810 rendelkezett termesztési engedéllyel. Azóta további két vonal, a MON 863-as és az NK 603-as kapott hasonló engedélyt. Az uniós csatlakozás drámaian csökkentette a szója romániai vetésterületét, a gazdák ugyanis nem nagyon érdekeltek a sokkal drágább és kevésbé hatékony "hagyományos" szója termesztésében. A hazai termelők sérelmezik, hogy habár az unió szintjén tiltják a génmódosított szója termesztését, az importját engedélyezik, így az amerikai, kanadai, brazil és argentin gazdákkal szemben hátrányos helyzetbe kerültek.
A volt román szakminiszter, Valeriu Tabără a génmanipulált növények engedélyezése mellett foglalt állást. A génmanipulált szója esetében próbálkoztak is az engedélyezéssel, de az unió szakbizottsága nem válaszolt a beadványra, így a glifoszát (teljes gyomirtó szer) alapú szerekkel szembeni ellenállásra génkezelt szója termesztése idén sem engedélyezett. A szaktárca érvként azt hozta fel az európai élelmiszer-biztonsági hatóságnál (EFSA), hogy a laborvizsgálatok eredményei szerint a génmanipulált kukoricahibridek élelmezésben való alkalmazása nem vezetett semmiféle toxikus tünetekhez, a vérben, vesében és májban nem mutattak ki egészségre káros anyagot. A franciaországi vizsgálatok is hasonló eredménnyel jártak.
Uniós szinten is egyre többen termesztik ezeket növényeket, 2008-ban a MON 810-es kukoricavonalat közel 100 000 hektáron vetették Spanyolországban, Portugáliában, Csehországban, Szlovákiában, Németországban és Romániában. A terület nálunk is egyre nőtt, 2008-ban a MON 810-est közel 7200 hektáron, főleg a déli megyékben. Az utóbbi két évben a bevetett területek mértéke alaposan, 1000 hektár alá csökkent, de ez legfeljebb azzal magyarázható, hogy a kukorica kártevője, a moly csak elszórtan jelentkezett nálunk.
Az unió nemrég újabb növényfaj, az ipari felhasználásra szánt burgonya esetében hozott engedélyező döntést. Az új, a Basf Plant Science kutatói által létrehozott, génmanipulált, Solanum tuberosum L, EH 92-527-1-es, rövidebb nevén Amflora burgonyafajtát a magas keményítőtartalom miatt engedélyezték – egyelőre csak a zárt rendszeres termelést Németországban, Csehországban és Svédországban.
A megyei mezőgazdasági igazgatóság nyilvántartása alapján Háromszéken még nem termeltek génmanipulált kukoricát és burgonyát. A hatályos törvényi rendelkezések roppant szigorúak, a termesztőknek be kell jelentkezniük az igazgatóságon és a környezetvédelmi hatóságnál is. A bejelentkezés határideje május elseje.