Amikor a szomszéd országokban, Havaselvén és Moldvában pestis tört ki, a határokat lezárták. A szorosokat, az átjárókat őrállók vagy plájások őrizték. Legfőbb feladatuk a vesztegzárak megszervezése, az egészségügyi őrszolgálat volt. Az országhatárokon felállított karanténok szigorúak. Az 1760-ban kiadott katonai rendelet szerint a határvonalon, a korábban „felállított akasztófák mellé magas oszlopok állíttassanak, magyarul, németül és ólául fekete táblákra sárgán” írják fel, hogy „ha valaki pestises helyről tilalmas utakon az országba titkon bejönne”, azt felakasztják.
Amikor a pestis erdélyi régiót sújt, akkor az illető tájegység határvonalára is állítanak őrséget. Gyakran a városokat és a falvakat is karanténnal veszik körül. De a településen beül is tiltják a közösségi összejöveteleket. Nem engedélyezik a sokadalmakat, a halotti búcsúztatást. Az 1709-es pestis idején katonai parancs tiltja a kocsmákban való gyülekezést, a táncolást, a muzsikálást és bármilyen csoportos összejövetelt. Haller István gubernátor 1709. augusztus 24-én keltezett levelében arról értesíti a sepsiszentgyörgyi városvezetést, hogy a betegség miatt „a sokadalmak tartása a mostani időkben meg nem engedtetik”.
A vesztegzárak szakszerű fejlesztésében Adam Chenot luxemburgi orvos szerepe jelentős. Jól ismeri az erdélyi viszonyokat, tudja, hogy a pestis fő forrása a fertőzött ember és az általa használt tárgyak. Ennek ismeretében több pestisszabályzatot dolgozott ki, amelyet az osztrák birodalomban mindenütt alkalmaztak. A jeles erdélyi orvos, Mátyus István Chenot 1785-ben kiadott szabályzatáról úgy gondolja, az mutatja az orvostudomány fejlődését, „az utazó és kereskedő emberek” javát szolgálja. Az 1790-es és az 1791-es országgyűlés Chenot szabályzatát befoglalja a készülő egészségügyi törvénybe, amely az 1813-as pestisrendeletben is helyet kap. Megszabják, hogy a vesztegzár ideje csak annyi legyen, amennyit „a járványnak az országba való behurcolásának megakadályozása követel, de a személyek, a tárgyak s az állatok fölöslegesen hosszú idejű visszatartásával” ne gátolják a kereskedelmet.

A karantén megszervezése
A karantént rendszerint a Gubernium, illetve a helyi hatóságok legmagasabb rangú tisztviselője rendelte el, illetve irányította. Így például uzoni gróf Mikes Antal háromszéki főkirálybírói minőségében 1756. szep­tember 19-én a Moldvában és Havaselvén kitört pestisjárvány határon való feltartóztatására küld részletes utasítást az alkirálybíráknak. Antos István, a sepsiszéki alkirálybíró feladatává teszi a karantén megszervezését a Barcaság határán. Az Uzonban keltezett levelében Mikes gróf 1756. október 23-án megelégedését fejezi ki a jó szervezésért. Úgy véli, hogy a veszély még nem múlt el, ezért a Bodza-vidéken, a Havasalfölddel érintkező határvonalon a karantént fenn kell tartani. Arra inti a határ menti székely falvak vezetőit, hogy szükség esetén vonják be az őrködésbe a jobbágyokat is.
Az 1760-as katonai parancs alapján betekintést nyerhetünk a karantén megszervezésébe, szigorú előírásaiba. A határőr külföldivel csak húsz lépésről beszélhet. Ha kiáltására az idegen nem hajlandó megállni, és erőszakkal bejön az országba, akkor lelőheti, a hullát a felügyelő jelenlétében megfelelő távolságról elégeti. Ha valaki tilalmas ösvényen, ragályos helyről érkezik, és átlépi a határt, azt felakasztják. Erre a faoszlopokra helyezett többnyelvű táblák is figyelmeztetnek. Ha az idegen rendes úton és ösvényen jön át a határon, azt a veszteglőállomásra kísérik, és a poggyászával együtt „átadják a vesztegzár-állomásnak azokkal együtt, akikkel érintkezett, s kitöltvén idejét, megbüntetik”.
A Havasalföld felé eső határon szervezett vesztegzár hatékonyságának növelésére a katonai hatóság 1760-ban 230 gyalogos- és hetven lovas katonát vezényel ki. Közülük húsz gyalogost és tíz lovast a háromszéki határra küldenek. Mivel a pestis 1761-ben már Moldva felől is veszélyt jelent, ezért a határvédelmet e részeken is szigorítják. A háromszéki határ további erősítésére újabb negyven gyalogost és húsz lovast rendelnek. A szigorú határvédelem fenntartására a határőrök munkáját – váratlan időpontokban – kéthetenként felügyelők ellenőrzik. Mivel a Kárpátokon túl még mindig fel-fellángol a járvány, a vesztegzárat, a lovas őrszolgálatot a következő években is fenntartják.

Belső vesztegzár
A pestis terjedését nemcsak az országhatáron igyekeznek megállítani, hanem a betegség által sújtott régiók határán is. Ez történt 1708 végén Gyergyószékkel: a Fő­kormányszék a ragály megállítására lezáratja a szorosokat. Őrök vigyázzák Gyer­gyószék határait, hogy onnan se ki, se be ne lehessen menni. „Ha valaki onnan kijön, annak meg kell halnia” – olvashatjuk a rendeletben, amelyet a Főkormányszék 1708. december 14-én Korda Zsigmond főhadbiztosnak küldött. A pestist azok a gyergyói cigányok hozták be, akik a kurucok elől Moldvába futottak, s betegen jöttek vissza Gyergyószentmiklósra, és ott meg is haltak. Mivel a fertőzés, a ragály, a korabeli latin szóhasználattal, a contagio gyorsan átterjedt a falusi emberekre is, egyértelművé vált, hogy a pestist azok terjesztik, akik más vidékről érkeznek.

A fertőzött ruhák égetése
1719-ben Háromszékre, Csík-, Gyergyó- és Kászonszékbe azonos tartalmú kormányszéki parancsot küldtek ki, hogy a lakosság a pestisben elhaltak ruháit haladék nélkül égesse el. E körlevél szerint azokat, akik a ruhákat adják-veszik, szigorúan meg kell büntetni, a szabad státusúakat és a városi renden lévőket 24 forinttal, a parasztokat (a jobbágyokat és a zselléreket) kalodázással, illetve veréssel. Az embereket felvilágosították, hogy a fertőzött ruhák is terjesztik a betegséget, mégis akadtak, akik nem hitték el, illetve sajnálták a ruhákat megsemmisíteni. Ezt bizonyítja, hogy száz évvel később, 1819-ben Végh kapitány kénytelen figyelmeztetni körzetének lakosságát, hogy a fertőzött ruha is terjeszti a pestist.