Az ezzel járó várháborúkat többnyire megőrizte az utókor emlékezete, talán azért is, mert számos dalt, irodalmi (vers, próza, színpadi játék) és képzőművészeti alkotást ihlettek. (Utóbbiak esetében  a legismertebbek talán a Dobozi Mihály és hitvese, Egri nők, Dobó Katica, Zrínyi kirohanása, Budavár visszavétele című festmények.)
A várháborúk nyitányának a déli végvárvonal összeomlása, Nándorfehérvár – ma Belgrád – eleste (1521. augusztus 29.), a mohácsi csatavesztés (1526. augusztus 29.), Buda csellel történt török megszállása (1541. augusztus 29.), továbbá a kőszegi csoda, a Vas vármegyei Kőszeg hősi, sikeres védelme (1532. augusztus 10–29.) tekinthető. A várak török ostroma és bevétele – Szeged (1552), Temesvár (1552), Szolnok (1552), Drégely (1552), Veszprém (1552 és 1683 között összesen tízszer cserélt gazdát), Fülek (1554, szlovák neve Filakovo), Esztergom (1543 és 1683 között többször  foglalták el és vették vissza),  Szigetvár (1566), Győr (1594), Diósgyőr (1598), Eger (az 1552-es „csillagok” és 1596-os elvesztése), Kanizsa (1600), Érsekújvár (1663) stb. – jelzi a királyi Magyarország zsugorodását a szultán birodalmának javára, ami több helyen lehetetlenné tette a vármegye intézményeinek működését, régiók pusztultak, néptelenedtek el.
Erdély és a hódoltsági terület között Temes­vár (visszafoglalására tett sikertelen kísérletek Báthory Zsigmond erdélyi fejedelem alatt, 1595–1597–98),  Lippa, Jenő (Borosjenő, román neve Ineu, Arad megye), Sólymos és Arad vára, továbbá a Temesköz  többször képezték hadakozásra okot vagy alku tárgyát, hol ide, hol oda tartoztak, 1660-ban pedig Várad is török kézre került (32 évre, 1692-ig). Az 1622-es mikulovói  (nikolsburgi) békeszerződésben a Habsburgok elismerték Erdély igényét hét felső-tiszai vármegyére (Borsod, Abaúj, Zemplén, Szabolcs, Ugocsa, Bereg és Szatmár), Munkács és Ecsed várakkal többek között.
Az Erdélyi Fejedelemségben a vármegyei vezetői tisztség egyértelműen tekintélyt, politikai súlyt kölcsönzött betöltőjének. A fejedelmek közül korábban többen, így Bocskay Ist­ván (Bi­har), Bethlen Gábor (Hunyad), Bethlen István (Hu­nyad, Máramaros), I. Rákóczi György (Bor­sod), Rhédey Ferenc (Küküllő, Máramaros), Bar­csay Ákos (Hunyad-, de lugosi és karánsebesi főbán is volt), Kemény János (Fehér) várme­gyei főispánok is voltak. Thököly Imre tízesztendős  gyerekként, II. Rákóczi Ferenc pedig 18 évesen lett Máramaros, illetve Sáros vármegye örökletes főispánja. Másoknak (ha ők nem is) felmenőik voltak vármegyei vezetők: Rákóczi Zsigmond apja Zemplén vármegyei alispán, Báthory Gábor apja pedig Kraszna vármegyei főispán volt.
Az örökletes főispánság főúri családokhoz, az örökös főispánság pedig valamilyen főpapi vagy országos világi méltósághoz kötődött. Szat­már vármegye örökletes főispánjai például a gróf Károlyi családból, Máramaros vármegyé­ben pedig – sorjában – a Bethlen, Rhédey és Thö­köly grófi családokból kerültek ki. Bihar vármegye örökös főispánja a  váradi püspök, Csanád vármegyéé a csanádi püspök, Alsó-Fe­hér vármegyéé az erdélyi vajda, később az erdélyi fejedelem, Pest vármegyéé a nádor (a király után a legmagasabb közjogi méltóság), Moson vármegyéé pedig maga a király volt. Amennyiben az örökletes vagy örökös főispáni cím viselője valamilyen okból nem töltötte be ténylegesen a főispáni hivatalt, helyette főispáni jogkörrel rendelkező adminisztrátort neveztek ki.
A vármegye önkormányzati testületei, a vár­megyei közgyűlés és a vármegyei törvényszék a 16. századra teljesen kifejlett alakzatot mutatott. A közgyűlés saját, a vármegye területére érvényes rendelkezéseket fogadott el, megválasztotta a vármegye hivatalnokait és követeit a kétkamarás rendi országgyűlés alsótáblájára. Az Er­délyi Fejedelemségben, majd a 17. század utolsó évtizedétől a Habsburgok által külön kormányzott Erdélyben külön erdélyi országgyűléseket tartottak (1537–1866). 1722-ben megalakították a Helytartótanácsot, mint a bécsi magyar ud­vari kancellária (s ezen keresztül az uralkodó) és a vármegyék között közvetítő országos kormányzati szervet. Erdélyi megfelelői ezeknek a bécsi erdélyi udvari kancellária (1694–1867), illetve az erdélyi Gubernium (főkormányszék, 1695–1869) volt.

(folytatjuk)