Ennek következtében 1849. október 6-án, a császári haditörvényszék ítélete alapján, Pesten kivégezték Batthyány Lajos miniszterelnököt, Aradon pedig a honvédsereg tizenkét tábornokát és egy ezredesét. A megtorlásnak különböző formái voltak: kivégzések, bebörtönzések, vagyonelkobzások, besorolás a külföldön állomásozó osztrák haderőbe és mások.

Erdélyben már 1849 augusztusában szigorú katonai diktatúrát vezettek be, amelynek éle a magyarság ellen irányult. A Székelyföldön ezt különös élességgel alkalmazták a szabadságharcban kiemelkedő szerepet betöltők ellen. Az amúgy is nagy szegénységgel küszködő Háromszékre majdnem megfizethetetlen hadisarcot róttak ki, s az egész Székelyföldön elkezdődött a forradalomban és szabadságharcban tisztségeket betöltők összegyűjtése. 1849. október 18-án Kolozsvár mellett kivégezték a székelyföldi katonai ellenállás kiemelkedő szervezőit, a csíkszéki Tamás András ezredest és Sándor László őrnagyot.

Wohlgemuth altábornagy, Erdély katonai és polgári kormányzója parancsot adott haditörvényszékek felállítására, amelyek sietve elkezdték működésüket: 72 honvédtisztet és 25 polgári személyt ítéltek halálra. Először a császári haderőből a honvédséghez átállt tisztekre mondták ki a halálos ítéletet; köztük többen a Székelyföld védelmében vettek részt, így Papp Mihály alezredes, Beke József, Papp Vilmos, Szabó Nándor és Szabó Károly századosok. Aztán a politikusokra és a polgári közigazgatás tisztségviselőire került sor. Ezek: Berde Mózes és Demeter József háromszéki, Dósa Elek marosszéki, Mikó Mihály gyergyói országgyűlési követek és sokan mások. A fogságra ítéltek száma több százra rúgott. A halálos ítéleteket később súlyos börtönbüntetésre változtatták.

Az abszolutizmus idején a székelység nagy része ugyanazt tette, mint a magyarországi és erdélyi magyarság: a passzív ellenállást választotta, és mélyen megvetette azokat, akik állami hivatalt vállaltak, s a hatalmat kiszolgálták.

Ugyanakkor a Székelyföldön egy vakmerőségig bátor értelmiségi és birtokosokból álló csoport az aktív ellenállás megszervezésére vállalkozott, s mozgalmukat a történelem Makk—Gál-féle összeesküvés néven ismeri. Makk József honvédezredesnek sikerült megnyernie az emigrációban élő Kossuth Lajos, Magyarország volt kormányzójának beleegyezését abba, hogy a szabadságharc újrakezdése érdekében Magyarországon és Erdélyben titkos szervezetet alakítson.

Az Évszaki rendszer nevet viselő szerveződés élén Erdélyben Török János marosvásárhelyi tanár, Gálffy Mihály udvarhelyszéki birtokos, valamint Horváth Károly háromszéki nemes állt. Segítette őket Bartalis Ferenc bibarcfalvi (Udvarhelyszék) birtokos is. Az összeesküvés szálai Bukarestben Nagy József szabómester házában futottak össze, nála találta meg az osztrák rendőrség a tagok névsorát. Ennek alapján tartóztatták le 1852. január 24-én a vezetőség több tagját, akik közül hetet: Török Jánost, Horváth Mihályt, Gálffy Mihályt március 10-én Marosvásárhelyt, Váradi Józsefet és Bartalis Ferencet Sepsiszentgyörgyön felakasztották. Később Bertalan Lászlón és Benedek Dánielen is végrehajtották a halálos ítéletet.

A rendkívül kegyetlen ítélet azonban nemcsak a szabadságharc vértanúinak a számát, de az abszolutizmussal szembeni ellenállást is fokozta a székelység körében.

Mindenféle elnyomatás és üldöztetés ellenére a székelyek nagyon bíztak Kossuth külpolitikájának sikerében, s várták a szabadságharc újrakezdését. Azonban a népesség nagy többségét kitevő földművelők késedelem nélkül munkához láttak, s igyekeztek rendbe hozni a családi gazdaságot. Az üldöztetés elől szülőfalujában, a marosszéki Szentgericén bujkáló Jakab Elek történész ámulattal figyelte, hogy a hadszínterekről, fogságból hazatérő férfiak egyik napról a másikra milyen egyszerűen és természetes módon cserélték fel a fegyvert az eke szarvával: szántottak-vetettek, házat építettek, szőlőt gondoztak, családot alapítottak. Pedig bizonyosra vehető, hogy a székely köznép csak ugyanazt tette, amit az elmúlt századok folyamán, amikor is egy-egy háborús pusztítás után ott kellett folytatni a munkát, ahol korábban kényszerűségből abbamaradt. Úgy véljük, a székelység helytállásának volt ez a záloga.

Ugyanolyan tenni akarás jellemezte a birtokosság és az értelmiség egy-egy csoportját, amelynek élén gróf Mikó Imre háromszéki származású politikus állt, aki 1854-ben kiadta az Erdélyi Gazdasági Egyesület újraalakítására vonatkozó felhívását, illetve szervezni kezdte 1859-ben az akadémiai jellegű Erdélyi Múzeum-Egyesületet. A székelység mindkét említett országos intézmény megalapításában és működtetésében tevékenyen kivette a részét. Háromszéken 1858-ban olyan gazdasági egyesület létrehozását tervezték, amelyhez Csíkszék és a barcasági magyarság is csatlakozni kívánt, a központi szervezet viszont fiókegyesületek létesítését szorgalmazta, hogy az összetartozás szálai ne gyengüljenek. Végül is az Erdélyi Gazdasági Egyesület igen eredményesen működő intézménynek bizonyult, amely az 1949-es erőszakos betiltásáig fennállt. Nem volt könnyű újraindítani az iskolákat sem, de ezek végül is az 1852—53-as tanévben már elkezdhették működésüket. A székelység életerejét bizonyítja, hogy a fennálló nehéz viszonyok közepette is iskolaalapításra sor került: 1859-ben Sepsiszentgyörgyön beindították a későbbi híres Református Székely Mikó Kollégium első osztályát. Nem érdektelen adat, hogy Mikó Imre az iskola pecsétnyomójára jónak látta a napot és a holdat metszetni, merthogy, amint mondotta, mindkettőnek ugyanaz a rendeltetése: a világosság terjesztése, illetve a sötétség oszlatása.

A társadalom átalakulási folyamatai is figyelemre méltóak. A korábbi rendi szerkezetek válaszfalai folyamatosan gyengültek, s bár a tudat még hosszú ideig őrizte az emléküket, új falusi földművelő-társadalom volt kialakulóban, amennyiben a korábbi határőri rend, a szabad székelység, a kisnemesség és a jobbágyság folyamatosan összeolvadt. Ennek előfeltétele volt természetesen a jobbágyok felszabadítása 1848-ban. A székelyföldi jobbágyfelszabadítás — erről már az 1848-as fejezetben szóltunk — részben már az önmegváltás útján valósult meg. Ez nagyrészt úgy történt, hogy a jobbágy, amennyiben székely örökséges földtulajdonon élt, birtokának egy kisebb részét visszahagyta a földesurának. Az egységesülő szabad kisgazdatársadalomból csak a föld nélküli zsellérség, napszámosság maradt ki, s ez komoly társadalmi feszültség forrásává vált néhány évtized alatt.

Jelentős politikai fordulat Erdélyben az 1859—60-as években következett be. A Székelyföldön a változás abból állt, hogy a főbb közigazgatási tisztségeket ismét választás útján kezdték betölteni, ami kétségkívül lépést jelentett az alkotmányosság visszaállítására. Azonban az 1860-ban kiadott Októberi Diploma és az 1861. februári pátens által meghirdetett politika, amely Erdélyt is bekebelezte volna az osztrák összbirodalomba, nem talált maghallgatásra a magyarság körében, s néhány évre újra elodázta az alkotmányosság visszaállítását. Ekkor Erdély magyarsága is, gróf Mikó Imrével az élen, visszatért a Deák Ferenc-féle passzív ellenállás politikájához, bojkottálta az 1863-as erdélyi tartományi országgyűlést, viszont megjelent az 1865-ös kolozsvári országgyűlésen, amely kimondta Erdély és Magyarország újraegyesítését. Erdély magyarsága elfogadta az Ausztriával való kiegyezést, amelytől gazdasági fejlődést remélt a történeti Magyarország keretében. Ugyanezt várta a Székelyföld is. Meg kell azonban jegyeznünk, hogy a székely nép nagy többsége a kiegyezést kényszerű megoldásként értelmezte, s hű maradt 1848—49 hagyományához.

A székelyek az Osztrák—Magyar Monarchiában

Az 1848—49-es magyar szabadságharcot orosz segítséggel sikerült leverni, s utána egy évtizednyi időre az osztrák önkényuralmat visszaállítani, de hosszú ideig fenntartani már nem volt lehetséges. Ausztria kénytelen volt megosztani a politikai hatalmat Magyarországgal, s ennek következtében jött létre az Osztrák—Magyar Monarchia vagy közismertebb nevén Ausztria-Magyarország. Az új állam 1918-ig állt fenn, és az európai nagypolitika egyik meghatározó hatalma volt.

Ausztria azért kényszerült a kiegyezést elfogadni, mert világossá vált, hogy Magyarországnak az osztrák birodalomba való beolvasztása nem járhat sikerrel; a magyar vezető politikusok, élükön Deák Ferenccel, azért keresték a megegyezést Ausztriával, mert az ország jövőjét csak így látták biztosíthatónak. Deák Ferencék a Magyarországgal szomszédos szláv népek és a románok egységtörekvéseiben látták azt a veszedelmet, amely az ország területi épségét fenyegette. Annál inkább kellett erre gondolniuk, mivel az ország nemzetiségeinek nem kis része már korábban, 1848—49-ben hajlandó volt összefogni a magyar szabadságharc ellenségeivel, a Habsburg-hatalommal és a cári Oroszországgal.

Az osztrák—magyar kiegyezés jogi keretei és Erdély

Az 1867-ben létrehozott Osztrák—Magyar Monarchiát közjogilag két egyenrangú fél alkotta: Ausztria és Magyarország. A két részt az uralkodó személye kötötte össze, és az ún. közös ügyek. Közös volt a külügy, hadügy és részben a pénzügyminisztérium, de minden más területen önálló minisztériumok működtek mindkét országban.

A kiegyezési törvények elismerték a Magyar Szent Korona országainak (Magyarország, Erdély és Horvátország) egységét és kormányzati önállóságát, s egyenrangú félnek tartották Magyarországot Ausztriával. Az új rendezésben a magyarság jövője biztosítottnak látszott. Európára a német és olasz egység megszületése, illetőleg a francia—porosz háború után hosszan tartó békekorszak köszöntött. Az uralkodó liberális államrendszerek az Osztrák—Magyar Monarchia fennállását szükségesnek tartották, hogy biztosítsa a térség geopolitikai egyensúlyát, s gátja legyen a cári Oroszország expanziós törekvéseinek.

A kedvező előjelek ellenére azonban sokakban felmerült az a nagy kérdés, hogy sikerül-e a magyarságnak az új helyzetben is megtartania a közelmúlt küzdelmeiben kialakult egységét és a vele egy hazában élő nemzetiségekkel megtalálnia a békés egymás mellett élés lehetőségét. Kossuth Lajos élesen ellenezte az Ausztriával való szövetkezést, mert a Habsburg-monarchia valamikori felbomlását elkerülhetetlennek tartotta, s akkor a vele szövetkezett Magyarország fennmaradása is kérdésessé válhat. Kossuth érveit a kiegyezés hívei egyöntetűen visszautasították, a magyar függetlenség mellett kiállók viszont üdvözölték.

Magyarország és Erdély újraegyesítésének ügyét az 1868. évi 43. törvénycikk 18 szakaszban szabályozta. Az első paragrafus a jogfolytonosság elvét hangsúlyozta: ,,Miután már az 1848-ik évi kolozsvári I. törvénycikk által Erdély minden lakosa nemzetiségi, nyelvi és vallási különbség nélkül egyenrangúnak nyilváníttatott, s Erdélyben minden ezzel ellenkező törvény eltöröltetett, az addig létezett politikai nemzetek szerinti területi felosztások, elnevezések s az ezekkel összekötött előjogok és kiváltságok, amennyiben valamely nemzetiséget mások kizárásával illettek volna, megszüntettetnek; és az egyesült Magyarország és Erdély összes honpolgárainak egyenjogúsága polgári és politikai tekintetben újabban is biztosíttatik." A fentieket az egyházak, köztük a görög katolikus, örmény katolikus és görögkeleti egyház ,,önkormányzati szabadságát, jogegyenlőségét" biztosító 14. paragrafus egészítette ki.