Mivel Horváth Károly nem árulta el társait, nem vallott, és az áruló Bíró Mihály nem ismerte a háromszéki mozgalomban részt vevők nevét, így itt senkit nem vettek őrizetbe. Ezért indulhatott újra Három­széken 1852. július derekán az új titkos katonai szervezkedés. Makk József úgy vélte, hogy itt a küzdőszellem, az osztrákellenesség töretlen. Beke György szavaival élve úgy gondolta: „csak szervezőre, vezetőre és puskára van szükség, a többi megy magától”. Makk tervében szerepelt az is, hogy a Török János vezette mozgalom letartóztatott tagjait kiszabadítsa. A titkos szervezkedés vezetőjéül Várady Józsefet, az egykori negyvennyolcas huszárt szemelte ki, akiről tudta, hogy elszánt szabadságharcos. Veres Sándor leírja, hogy Várady Moldva felől, a Gyimesi-szoroson, illetve annak környékén kelt át a havasokon, de „előbb azonban pár hétig a később bárósított Koeminger úrnál tar­tózkodott Comăneşt vidékén”.
Egy 2006-ban megjelent, Gáll Sándor életét bemutató könyv szerint Váradyt Gáll Sándor küldte Erdély határára azzal a pa­ranccsal, hogy a „moldáv–vlah [román] területen foglalja el helyét, és ott hajtsa végre feladatait”. Küldetése állítólag úgy szólt, hogy „ne menjen át a határon, ne vállaljon semmilyen kockázatot”. Gáll visszaemlékezése szerint „Váradi jó katona volt, [de] hiányzott belőle a tapasztalat és a konspirációs készség”, ezért engedett Makk rábeszélésének és jött Háromszékre is. Úgy tűnik, hogy az emigráció e két vezetője között a mozgalom újraindításának kérdésében nem alakult ki egységes álláspont. Egyértelmű viszont, hogy Makk irányította a második, Székelyföld délkeleti régióiban indított új megmozdulást is.

A katonai szervezkedés
Várady kezdetben a Sepsiszentgyörgy melletti kis faluban, Szotyorban, Nagy Tamásné lakásában kapott rejtekhelyet. A hónap végén az ugyancsak Szentgyörgy szomszédságában lévő faluba, Zoltánba költözött Benkő Rafaelné házába. Itt formailag Benkőné szolgája lett. A valódi szolga Bálint Áron közhonvéd volt. Bálint szökött katonaként rejtőzködött itt. Hamarosan Várady leghűségesebb munkatársa lett, a szervezési körutakra együtt jártak. Mivel e mozgalomba „szinte minden értelmes ember be volt már avatva”, rendszerint a falubíráknál, a falusi jegyzőknél szálltak meg, és fogtak a felkelés megszervezéséhez. A katonákkal gyakorlatokra is sor került. Nagyszámú földművest szerveztek be, így az osztrákellenes mozgalomnak már tömegalapja is lett. A titkos székhelyen sokan felkeresték Váradyt, elsősorban a mozgalom vezetői, és megkezdték a szabadcsapatok szervezését, amibe bevonták a csíki titkos szervezetet is.
A Bukarestben székelő Makk ezredessel való kapcsolattartásra Bartalis Ferenc, Szabó Áron és Bogyor Sámuel bibarcfalvi gazdálkodó vállalkozott. Borvízkereskedői útlevelük lehetővé tette számukra a szabad mozgást. Ők hozták Makktól az írásbeli és a szóbeli utasításokat.
Egy alkalommal, amikor Váradyék Mak­sán tartottak megbeszélést, az egyik helybeli résztvevő felkereste a szentgyörgyi kerületi kapitányt, és elárulta Várady tartózkodási helyét. A csendőrök kora hajnalban Kovács István kapitány vezetésével körülvették Benkőné zoltáni lakását. Váradynak és inasának az utolsó pillanatban sikerült elbújnia. Búvóhelyeiket előre elkészítették az árnyékszék ajtófáinak mindkét oldalán, a bélésben, ezért nem találtak rájuk. Váradyék innen a biztonságosabb Mátisfalvára mentek. Három hétig Benő Miklós házában tartózkodtak. A házigazdájuk, lelkes szervező, mintegy 50 emberből álló szabadcsapatot toborzott, és jelentős mennyiségű fegyvert, golyót, lőport is vitetett Bibarcfalvára.
Később visszatértek Zoltánba. Időközben, 1853 nyarán Várady súlyos mellhártyagyulladást kapott. Mivel a környéken nem volt megfelelő és megbízható orvos, Bálint Áron, Szász Lukács, Bartalis Ferenc egy éjszaka szekéren átvitte Bibarcfalvára, ahol Bartalis, majd Szabó Áron lakásán ápolták. A közeli Barótról naponta kijárt hozzá Jakabházi doktor. Az orvos fiatal korában Hunyad vármegyében élt, és jól ismerte a Várady családot. A beteg néhány hét alatt talpra állt, folytatta a szervezést. Miután Makk ezredes több sürgető utasítást küldött neki, Várady 1853. augusztus végén – Nagy Samu egykori negyvennyolcas térparancsok által – Csík­sze­redából Bibarcfalvára hívatta Vischer Ká­rolyt, az egykori negyvennyolcas honvédszázadost. Feladatul szabta a csíkszéki titkos szervezet építését, és tervezték együttműködésük még szorosabbá tételét. A kapcsolattartást Bartalis Ferencre, illetve a csíkcsatószegi Györffy Józsefre hárult.

A felkelés leverése
Várady kis csapatát 1853. október 2-án indítja Bibarcfalváról Csíkszentkirály irányába, és a község melletti erdőségben állítja fel főhadiszállását. Úgy tervezte, hogy itt várja be a háromszéki és a csíki szabadcsapatokat, majd az egyesült hadakkal elfoglalják Csíkszereda és Sepsiszentgyörgy városi adóhivatalait. A pénzt a sereg létszámának növelésére, a felszerelésre és az ellátásra fogják felhasználni, majd a jól felkészített székely csapatok egyesülnek a külföldről érkező hadsereggel. Azonban a sereg lélekszámának növelésére tett erőfeszítés nem mindig vezetett sikerhez. A kis csapat élelmezése, a nyugta ellenében történő rekvirálás a lakosságban ellenszenvet keltett. Épp ezért hozzáfogtak az élelmezés biztosításának megszervezéséhez. A csíki szervezet részéről Györffy József élelmet szállított a táborba, a csíkszentkirályi erdőbe. Amikor Várady Bertalan Lászlót és Benedek Dánielt bízta meg, hogy a tábor számára vágómarhát szerezzen, ők a zsö­gödi erdőben lefoglalták a csíkszentléleki bíró, Szakács József két ökrét. Mivel a lakosság nem tudta, hogy Váradyék milyen célból táboroznak ott, a bíró a falusiak élén az ökör nyomát követve eljutott a katonai táborig. A dühös csíkszentlélekieket csak lövöldözéssel sikerült elűzni. Ennek híre eljutott a csíkszeredai katonai főbiztoshoz. Miután a kiküldött megfigyelők megerősítették a korábbi híreket, hogy egy felkelő fegyveres csapat tanyázik a kerületben, 1853. október 6-án nagyszámú katonaságot küldtek Várady kis csapata ellen. Várady elrendelte a visszavonulást Erdővidékre, de az útra készülődő csapatát a nagyszámú császári katonaság meglepte. Várady csa­pata szétszéledt, és három szekér poggyász, fegyverek is a támadók zsákmányává váltak.