Az 59 éves Junckert a 751 tagú EP-ben titkos szavazás során, 422 szavazattal, 250 ellenében, 47 tartózkodás mellett választották meg az unió központi javaslattevő-végrehajtó intézményének vezetőjévé. A szabályok értelmében 376 voks is elég lett volna a megválasztáshoz.
Az uniós országok állam-, illetve kormányfőinek testülete, az Európa Tanács június 27-én Brüsszelben döntött úgy – David Cameron brit és Orbán Viktor magyar miniszterelnök ellenszavazata mellett –, hogy Junkert jelöli a tisztségre. A Lisszaboni Szerződés – amelynek a szabályai alapján most először választottak európai bizottsági elnököt – kimondja, hogy a tagállami csúcsvezetőknek az EP-választások eredményének figyelembevételével, a megfelelő konzultációk lefolytatása után kell bizottsági elnököt jelölniük. A május 22–25-i EP-választásokon a néppártiak szerezték meg a legtöbb EP-mandátumot, csúcsjelöltjük pedig Junker volt.
A szavazás előtti vitában Manfred Weber, a néppárti frakció vezetője úgy vélekedett: „Jean-Claude Juncker a megfelelő ember a megfelelő időben, aki a konszenzust testesíti meg.” Weber szerint a néppártiak négy fő célkitűzése a következő öt évre a növekedés, a monetáris stabilitás, a nemzeti parlamentek szélesebb körű bevonása, valamint a határain túlra is tekintő Európai Unió lesz.
A szocialisták részéről Gianni Pittella frakcióvezető támogatásáról biztosította Junckert, ám hozzátette, hogy e támogatás nem feltétlen. Szerinte meg kell találni a megfelelő egyensúlyt a pénzügyi stabilitás biztosítása és a szükséges befektetések között. Azt mondta, hogy a növekedéshez és az új munkahelyek teremtéséhez több befektetésre, szociális téren erősebb Európára és nagyobb szolidaritásra van szükség – ez utóbbira különösen a bevándorlók kapcsán.
Az Európai Konzervatívok és Reformerek frakcióvezetője, a brit Syed Kamall szerint „az elvileg a háttéralkukat kizáró választás a gyakorlatban a háttéralkuk iskolapéldájává vált”, ezért a frakció már az eljárás miatt sem támogatja Juncker kinevezését. A liberálisok frakcióvezetője, Guy Verhofstadt szerint a Juncker ellen szavazók „az Európa-ellenesekkel árulnak egy gyékényen, és becsapják szavazóikat, hiszen a háttéralkuk mellett teszik le a voksot”. A radikális baloldali frakciót vezető Gabriela Zimmer kijelentette: nem osztozik a közös eufóriában. Szerinte a demokrácia elbukott, hiszen az EP-választásokon három és félszer annyian szavaztak a konzervatívok ellen, mint mellettük. A zöld frakció társelnöke, Philippe Lamberts Junckerhez intézve szavait úgy fogalmazott: „Igazán szeretnék hinni önnek, és a képviselőcsoportból többen támogatni szeretnék önt, mert úgy látjuk, a ma bemutatott tervek egyértelműen szerény lépést, de lépést jelentek a demokratikusabb Európa felé. Más tagjaink viszont nem bíznak abban, hogy ön végre is hajtja a szükséges reformokat.” A Szabadság és Közvetlen Demokrácia Európája frakciót vezető Nigel Farage kijelentette: nem támogatják Juncker megválasztását. Szerinte „az Egyesült Királyságban senki sem tudta, hogy a választásnak bármi köze is lenne az Európai Bizottság elnökjelöltjéhez”.

Az új elnök programja
Jean-Claude Juncker megválasztása előtt, politikai és szakmai programjának ismertetésekor elmondta, hogy a közös európai értékek, a jogállamiság és az alapvető jogok védelmezése jegyében, ugyanakkor „megfelelő módon figyelembe véve a huszonnyolc tagállam eltérő alkotmányos és kulturális hagyományainak sokféleségét”, alapjogi és jogállamisági biztosi portfóliót kíván létrehozni az általa irányítandó testületben. E terület biztosának lesz a feladata az is, hogy levezényelje az EU csatlakozását az Emberi Jogok Európai Egyezményéhez, amelyet a strasbourgi székhelyű Európa Tanács égisze alatt dolgoztak ki. Az egyezményhez való uniós csatlakozást az EU alapszerződése kötelezettségként fogalmazza meg, de az mind­eddig nem történt meg. Az EU-ban nincs helye diszkriminációnak sem nemzetiség, sem nemi hovatartozás, illetve irányultság, sem etnikai származás, sem vallási vagy más meggyőződés, sem valamilyen kisebbséghez tartozás alapján – hangsúlyozta Juncker. Kilátásba helyezte: fenn kívánja tartani azt a törekvést, hogy e területen – vagyis a diszkrimináció tilalmáról – szülessen uniós irányelv, és rá kívánja venni az egyes érintett tagországi kormányokat, hogy adják fel ezzel kapcsolatos ellenállásukat.
Jean-Claude Juncker az európai növekedés és munkahelyteremtés előmozdítása érdekében is javaslatot fogalmazott meg. Ennek értelmében a köz- és a magánszféra együttműködésével a következő három évben 300 milliárd euróval ösztönöznék a gazdasági növekedést és elsősorban a fiatalok munkahelyhez juttatását. A pénzt – vélekedett – a most is meglevő költségvetési forrásokból, az Európai Beruházási Bank, valamint a magánszektor forrásaiból kell előteremteni anélkül, hogy megsértenék a szigorú deficitszabályokat és az adósságcsökkentést előíró szabályokat. „Újra kell iparosítanunk Európát” – mondotta, megállapítva, hogy az öreg kontinens az utóbbi időben hátrányba került a globális versenyben. Ígéretet tett, hogy jövő februárra kidolgozza a tíz pillérre épülő részletes munkaprogramot a befektetésekről, amelyek az ipari klasztereket, elsősorban az energetikai, a közlekedési, illetve a szélessávú technológiát alkalmazó szektort érintenék.