Azt, hogy hivatalát több mint negyven éven keresztül megtarthatta, a kormányzat bizalmát feltétel nélkül ki kellett érdemelnie. Ez az időszak pedig emberpróbáló volt, mert egybeesett a Habsburg-uralom erdélyi berendezkedésével, a II. Rákóczi Ferenc vezette osztrákellenes szabadságharc utolsó éveivel. Akkor is posztján maradhatott, amikor a székelység kinyilvánította elkötelezettségét az ország függetlenségéért vívott harcokban való részvételben, és ezáltal felsorakozott a Habsburg-ellenes táborba. Ebben a helyzetben az volt Apor feladata, hogy a császárhoz való hűségét bizonyítsa, és elhatárolja magát rebellis honfitársaitól.

Császárpártiságának és a hatalomhoz való ragaszkodásának bizonyítására rövidesen alkalom is kínálkozott. Az 1716—1718-as osztrák—török háború eseményeiben mellékszereplőként ugyan, de Apor Péternek is szerep jutott. A török hadvezetés azt remélte elérni, hogy a tatárok — akikhez Mihai Racoviţă vajda (1715—1726) csapatai és gróf Eszterházy Antal kuruc tábornagy vezetésével bujdosó kurucok is csatlakoztak — Erdélybe betörve elvonják a Belgrádot ostromló Savoyai Jenő herceg által vezetett osztrák hadsereg egy részét, és ezzel tehermentesítsék a dunai frontot. Apor Péter megtett minden tőle telhető erőfeszítést, hogy megakadályozza az ellenséges csapatoknak Ojtozi-szorosbeli betörését. Ezért az ott állomásozó 300 katona mellé újabb 700 fegyverest mozgósítottak, de így sem bíztak a szoros megvédhetőségében, ezért cselt eszeltek ki (az erősítésként érkezők dobjaikat az osztrákokéhoz hasonlóan szólaltassák meg), és azt a rémhírt is elterjesztették, hogy jelentős osztrák sereg érkezését várják. A csel bevált, a tatárok visszavonultak, és végül Beszterce vidékén törtek be Erdélybe. Ez a harci cselekmény Apor Péter eddig ismert intellektuális tulajdonságain kívül harcbeli eligazodását is dicséri. A jóval átlagon felüli műveltséggel rendelkező ember jó taktikai érzékkel kapcsolódott be egy olyan háborús helyzetbe, amivel élete során sohasem találkozott.

Apja még fia születésének évében, 1676-ban meghalt. Nagybátyja, a dúsgazdag Apor István nevelte, akitől nemcsak vagyont, de számos vonást is örökölt: hivatali törtetést, Habsburg-pártiságot, vakbuzgó katolicizmust, harácsolási ösztönt. Erőltetett házassága Kálnoki Borbálával, amelyből tizenkét gyermek született, 27 év után felbomlott. ,,Örökké háborúságban éltem a feleségemmel, soha csendes életem nem volt" — vallja házaséletéről.

A kuruc szabadságharc leverése után az aktív szerepet vállaló nemesek vagyonát elkobozták. Ez történt Háromszék legismertebb szabadságharcos személyiségével, Zágoni Mikes Kelemennel is, akit távollétében megfosztottak ingóságaitól, és a császárhű Szentkereszti családnak adományozták azokat, akik ezáltal vetették meg lábukat Háromszéken. 1717. február 11-én Szebenben kelt főkormányszéki rendelkezésben Gidófalvi Gábort és Bartha Andrást küldik a helyszínre az elkobzott vagyon felértékelésére. Mikes Kelemen azonban nem az egyetlen birtokos, akit megfosztanak kurucpártisága miatt értékeitől. 1717. július 6-án hasonló tartalmú Guberniumi rendelkezésben Cserei János és Kálnoki Mihály rebellisek ingó és ingatlan tárgyainak összeírását és felértékelését parancsolják.

Az elkövetkező időkre is eligazító érvényű az a leirat, amely által 1731. március 2-án a főkormányszék kötelezővé teszi a szék területén való lakást a főkirálybírói tisztség viselői számára. Ezt minden bizonnyal általánosan betartandó szabálynak tekintették, tudniillik Apor Péter lakhelye amúgy is Altorján volt.

Levelezéseiből, feljegyzéseiből a 18. század első felének erdélyi és háromszéki társadalmi valóságának konkrét vonatkozásai tárulnak elénk: felekezeti feszültségekkel, a katolikusokat belülről bomlasztó ellentétekkel, országos pestisjárvánnyal, szellemi elmaradottsággal és ennek egyenes következményével, a különböző hiedelmekkel és babonákkal, mint a boszorkányság, bűbájosság hivatalos elismerésével és az igazságszolgáltatás állásfoglalásával ezekkel szemben. A művelt, iskolázott Apor Péter világnézete nem egyezett a hatósági véleménnyel, és ennek írásos formában is hangot ad. Felkészültsége alapján többre vágyott a főkirálybíróságnál, guberniumi tanácsos szeretett volna lenni, sikertelenül. Széles körű kapcsolatokat ápolt Erdély jelentős személyiségeivel, de a moldovai vajdával is alkalom adtán eszmét cserélt. Felesége, Kálnoki Borbála, a konyhaművészet elismert szakértője lévén, a moldvai fejedelmi udvar számára főzésben jártas személyeinek tartott felkészítőt.

Háromszék vezetőjeként olyan dolgokba is beavatkozott, amelyek nem tartoztak hatáskörébe. Ilyen volt például a felekezeti élet. Noha az ország legkatolikusabb iskolájában, Nagyszombaton tanult, utána zavaros vallási ügyekbe keveredett, és egy egész egyházmegye klérusával összeperelt, ami nem váltott ki rokonszenvet iránta. A papokkal való viszálya azonban nem rendítette meg mély vallásosságában. (...)

A különböző felekezetek közötti viszony sem volt problémamentes. Ennek egyik megnyilvánulási formája az volt, hogy a többségben lévő katolikusok a protestánsokat a közhivatalokból mellőzni igyekeztek. 1739-ben Benkő Ferenc Háromszéki unitárius főgondnok Apor Péternek arról panaszkodik, hogy az unitáriusokat Sepsiszéken a tisztségek betöltéséből kirekesztették, figyelmen kívül hagyva a felkészültséget és az emberi értékeket. Apor közreműködését kéri az igazságtalanság felszámolásához.

Apor Péter nem hisz a boszorkányságban, és ezzel kapcsolatos nézeteit nem is titkolja. Határozottan ellenzi, és szembeszáll azzal a gyakorlattal, hogy a boszorkánysággal vádolt személyt boszorkánypróbákra, például a vízben való úsztatásra kényszerítsék. 1731. július 4-én egy hasonló eset kapcsán szigorúan bírálja a széki igazságszolgáltatás boszorkányperekeben tanúsított magatartását: ,,megvallom, hogy szomorúan értem a nemes szék deliberátumát az iránt a boszorkányságra pretendáló asszony iránt, hogy a nemes szék usztatás útján akarja megszentenciázni, az mely így lévén contra omnium lenne, mert sem boszorkányt sententia előőtt meg nem usztathatni sem nem torturáztathatni, mert hogyha kegyelmetek közül valaki idegen instanciákat olvasott volna és periálhatta volna, hogy elég ember nem megyen le a vízbe, kivált az, mely asszonyembernek feles gyermekei lesznek, és ezért tiszti kötelességem szerint parancsolom a nemes széknek, hogy usztatásra a nemes szék meg ne sententiazza, mert a nemesség bizony a jus gladiit elvesztheti, melyet, hogy az én tisztségem alatt lenne, nem akarnám." A továbbiakban elmarasztalja a bíráskodásban részt vevő ülnökök felelőtlen viselkedését, gyakori hiányzásaikat, és parancsba adja ki, hogy aki háromszor hiányzik a törvénykezésből, ülnöki minőségét veszítse el. Egy fecske nem csinál tavaszt, tartja a mondás, így volt ez Apor Péterrel is, egymagában képtelen volt megváltoztatni az emberek hiedelemvilágát és a közgondolkodást. A boszorkányperekben pedig továbbra is alkalmazták a boszorkánypróbákat: usztatást, jármon való átbújtatást stb.

1743-ban betegeskedése miatt az országgyűlésen való részvételtől felmentést kér. Az 1744. februári szebeni országgyűlésről a háromszéki követek tesznek jelentést neki. Egyre inkább az elmúlás gondolata foglalkoztatja. 1744-ben a következőképpen vélekedik életéről, közéleti részvételéről: ,,életemnek 68 esztendeje s két helyen való főtisztségemnek 45 esztendeje úgymond annyira erőmben és egészségemben megfogyasztott, hogy nekem az örök boldogságról minden szempillantásban kell gondolkoznom". 1746-ban az országgyűlésre maga helyett József fiát küldi, 1749-ben pedig László fia helyetesíti ugyanott. Látása annyira megromlik, hogy 1749-ben lemondóan írja: ,,az Isten szemem világát teljességgel elvevé". Ebben azonban van egy kis túlzás, mert továbbra is ellátja hivatali kötelességeit, és azért esik neki rosszul az, hogy a Gubernium az udvart úgy informálja, miszerint nem volna már képes munkakörét ellátni, és helyettest akarnának melléje rendelni. Gróf Gyulaffy László erdélyi kancellár 1751-ben megnyugtatja, hogy bár a Gubernium felterjesztésére már intézkedtek helyettesítése ügyében, de ,,ha magát oly állapotban érzi, hogy hivatalának megfelelhet, folyamodjék a királynéhoz, mert a felséges udvarnak nem szándéka, hogy valakit ok nélkül disgustáljon". Ekkor viszont a halál már nagyon közel volt hozzá, elhunyt 1752. szeptember 23-án altorjai udvarházában. Korát messze meghaladó műveltséggel rendelkező ember volt, aki majdnem fél évszázadon keresztül állt Háromszék közügyeinek élén, Habsburg-párti elkötelezettsége és társadalmi gyökerei miatt azonban túl keveset tehetett a vidék szociális, szellemi felemelkedéséért.