Évenként újítják meg a plájásokra (határőr katona) vonatkozó különféle utasításokat, melyeknek hangneme akkor szigorodik, amikor a járvány újra felüti a fejét. 1760-ban például a megfélemlítés eszközeit is használva hozzák mindenki tudtára: ,,a plájákra ezelőtt kiparancsolt s felállított akasztófák mellé magas oszlopok állíttassanak és a pravarikátorok félelmére magyarul, németül és olául fekete táblákra sárgán leírva: valaki pestises vagy aziránt gyanúba lévő helyről tilalmas utakon az országba titkon bejönne, ezáltal már életét vesztette és felakasztatik". Ha a határőr katona kiáltására az idegen nem állana meg, lőjék agyon — hangzik az utasítás. A Déli-Kárpátok vonalát Dévától Háromszékig a szokásos határőrökön kívül katonákkal erősítsék meg. A falvak biztonságát is fokozni kellett, a kivezető utcákat a falukapu kivételével el kell keríteni. Az őrzést egész napra kiterjeszteni, az útlevél nélküli személyeket pedig fogságba helyezni. Az 1760. december 24-én kelt guberniumi leirat arra figyelmeztet, hogy Havasalföldön a járvány felütötte a fejét, ezért a már említett védvonalat 230 gyalogos és 70 lovas katonával erősítsék meg. Ebből Háromszékre 20 gyalogos és 10 lovas katonát állítottak ki. 1761-ben a pestis átterjedt Moldvára is. Az egységes védekezést kiterjesztették Erdély déli részéről a keleti határokra is. Kettős védvonalat alakítottak ki. A belsőt civil és katonaőrökre bízták, a külsőt pedig egészségügyi felvigyázókra (sanitatis vigil), a védőrendszer a Vaskaputól Radnáig húzódott. A hosszú védvonal megerősítésére immár 460 gyalogost és 100 lovast rendeltek, ebből Háromszékre 40 gyalogost és 20 lovast. A helyi őrszolgálat megerősítését is elhatározták, mely elsősorban a szabadparasztokra vonatkozott, kevésbé a jobbágyokra és zsellérekre.

A birodalomnak nagyszámú katonára volt szüksége, a hosszas örökösödési, majd a hétéves háború idején ez egyre nyilvánvalóbbá vált. Ezért évenként a vármegyék és székek számára fejadagot állapítanak meg, a tyrót a kötéllel fogott katonák tekintetében. 1760-ban a maksai székgyűlésen jelentik ki, hogy ,,mely falvak tyroikat ki állították tüstént meghirdessék, hogy többé nem tartoznak, hogy annyival inkább is a megfélemlítettek lecsendesedjenek". Az 1760-as esztendőre például Háromszéknek 52 tyrót kellett kiállítani, míg 1761-ben csak 22-t. Minden alkalommal a katonák toborzásánál az erőszak mellőzését hangsúlyozzák, mely elvárásnak nemigen tudtak megfelelni, a lakosság ösztönzésére pedig kijelentik, hogy miután leszerelnek, három évig adómentességben részesülnek.

Erdély védelmi övezetének megszervezése tulajdonképpen a birodalom keleti határainak védelmét jelentette. A déli és keleti határok megóvását csak jól felkészített haderő kialakításával érhették el, amely képes lehetett megszűrni a ki-be áramló szökevényeket, és az esetleges katonai betörés veszélyétől is mentesíthette a fejedelemséget. Ezért volt olyan fontos a román és székely határőrezredek minél gyorsabb felállítása. Főszerepet játszott ebben Adolf Nicolaus Buccov báró, akit 1761. március 10-én Erdély katonai parancsnokává neveztek ki, rövid idő múlva hatalma egy újabb megbízatással, a királyi biztossággal bővült. Nyilván, nem véletlenül Erdélybe helyezése után röviddel, 1761 júniusában háromszéki és csíki látogatásra indul. Antos István sepsiszéki alkirálybírónak jutott az a megbízatás, hogy a magas rangú vendéget Brassóban fogadja, és onnan Háromszékre kalauzolja. Itt-tartózkodása alatt nem szűkölködhetett finom ételekben és italokban. Erre az alkalomra a rozspálinka mellett Brassóból tíz-tizenkét veder óbort kellett hozni, ezenkívül Kálnoki generálist bízták meg a tokaji aszúbor beszerzésével. Az ételek elkészítésénél nem hiányozhatott a kövér borjú, tehénhús, bárány, majorság, vadhús és hal sem. Lehetséges, hogy a háromszéki vezetők megsejtették az elkövetkező idők szoros kapcsolatát Buccov tábornokkal, ezért is gondolhatták, hogy az első benyomások fontosak lehetnek a későbbi együttműködés során. A jó ételek és italok fogyasztása pedig bizonyára fokozta a vendéglátók iránti rokonszenvet.

A határőrség bevezetésével egy eddig ismeretlen rendszer épül rá a szabad székely társadalomra, az önkormányzatiság lehetőségével élő székelység egy részét behálózza a parancsszóra épülő katonai szervezet, mely kettéosztotta a hatalmi szempontból eddig homogén közösséget. A civil hatalom mellé felzárkózik az eszközeiben jóval erőteljesebb katonai uralom. A lakosság érdekeivel merőben ellenkező határőri intézmény létesítésében nyújt segédkezet, és bábáskodik megszületésénél a szék vezetője, gróf Mikes Antal. Szerepe ellentmondásos. Kezdetben, 1762-ben felettesei elmarasztalólag szólnak működéséről, mint negatív példát emlegetik, hogy később teljes fordulat álljon be magatartásában, olyannyira, hogy még a császárnő is elismeréssel és dicsérettel illette buzgólkodását. 1762 kora őszén Mikes Antal a szervezésben tapasztalt erőszakosságot nehezményezi: ,,Schröder ezredes és Zambler kapitány méréskor megtaszigálták és pálcával ütötték a népet, az első főbelövéssel, szekéren megtöréssel, felakasztással, örökös jobbágysággal fenyegette, ily módon kívánta engedelmességre téríteni a népet." Mikes a helyi viszonyok ismerőjeként a siker lényeges feltételének tartotta volna, ha magyar tisztek irányítanák a határőröket, hisz nekik szívesebben engedelmeskednének, mert megértik parancsaikat, míg a német ajkúakat gyanakvással és ellenszenvvel fogadják. Buccov tábornok az udvarnak küldött jelentésében észrevételezi, hogy ahol a szék tisztjei támogatták a katonai bizottság működését, mint Csíkban, sikereket értek el, ahol azonban az elöljárók idegenkedést tanúsítottak velük szemben, mint Háromszéken és Udvarhelyszéken, a lakosság ellenállásával találkoztak. A helyzetjelentés hatására a királynő 1762. november 8-án levélben dicsérte meg báró Bornemissza Pál csíki főkirálybírót, és kifejezte méltatlankodását gróf Mikes Antal lanyhasága és kétszínűsége miatt. Utasítja a főkormányszéket, hogy Bornemissza főkirálybírót nyilvánosan is dicsérjék meg, Mikest pedig intsék meg. 1762. december 1-jén a bécsi udvar már homlokegyenest ellenkező értékelést készít a határőrség szervezésében elért eredményekről. A Buccov tájékoztatása alapján kialakult vélemény szerint Bornemissza Pált marasztalták el, míg ez esetben Mikes Antalról írtak elismerően. Antos István sepsiszéki alkirálybírót pedig érdemei elismeréseként pénzjutalomban is részesítették. 1763-ban a buccovi jelentésből kitűnik, hogy a Kálnoki-bizottság hozzáértő ténykedése nyomán a megbolygatott nyugalom rövid idő alatt helyreállt. Mikes Antal továbbra is élvezte a hatalom bizalmát, felettesei szerint bölcsessége és buzgalma eredményeként Háromszéken nyugalomra lehetett számítani. Ez az értékelés azonban csak részben fedte a valóságot, mert történtek olyan események is, amelyek a lakosság nyugtalanságára utaltak. 1763. július 14-én például Lécfalván gyűlést tartottak a fegyverfelvételt megtagadó székelyek, ahol a hangadók a kisnemesek soraiból kerültek ki. A gyűlés hangulata határőrség-ellenes volt. A szervezőbizottság érzékelte a lakosság elutasító magatartását a katonaság szervezésével kapcsolatosan, felhívták ezért Mikes Antal és Daniel István udvarhelyszéki főkirálybíró figyelmét a székükben uralkodó állapotokra, utasítják őket, hogy a gyanúba keveredett falvakba személyesen szálljanak ki, és az összeesküvéstől a népet tartsák vissza, nehogy utólag kötelességmulasztással vádolhassák meg őket. A határőrség szervezésében érdekelt székely székek rendszeresen tartották a kapcsolatot egymással, tudták ezáltal a háromszékiek, hogy Csíkban valami rendkívüli esemény készül. Ezért a háromszékiek is gyorsan döntöttek, az 1763 karácsonyát megelőző napokban Hatolykán gyűltek össze, s ott határoztak tiltakozó beadványok elkészítéséről. A benyújtandó folyamodványokat viszont egyeztetni kívánták volna a csíkiakkal. Mikes Antal 1764. január 3-án értesíti a szervezőbizottságot, hogy 1764. január 2-án Csík felé a kérelmezési beadványok kézbesítése céljából Háromszékről tömegesen elindultak. Az események alakulását illetően balsejtelmek gyötörték, rossz következményektől tartott. Mikesnek a lakosság lecsendesítésére tett kísérletei azonban megkéstek. 1764. január 8-án, a madéfalvi vérengzést követő napon írta azt a körlevelét a háromszéki felekezetek espereseinek, amelyben arra kéri a papságot, hogy vallástól függetlenül törekedjék a népet lecsendesíteni, és az uralkodói akaratot elfogadtatni vele. A hatalom a megtorlással jelezni szerette volna azt a szándékát, hogy a huzavona, az egyezkedések ideje lejárt, és a császári parancsot végre fogják hajtani. Ellenvetést nem tűrő hangnemben küldik utasításaikat a munka mielőbbi befejezésére. Mikes Antallal is közölték: személyesen járja be a falvakat, és akadályozza meg a további lázongásokat, mert aki ettől fogva is a parancs ellen szegülne, halálbüntetésre számíthat. 1764. január 20-án Mikes Antal a bizottsághoz küldött levelében kedvező változásokról tudósít: a lakosság most már önként jelentkezik az összeírásra és a fegyver felvételére, a kedélyek lecsendesítése érdeké­ben pedig a Madéfalváról hazaérkezőket nem zaklatták, és perrel sem fenyegették. Az ellenállás megszűnésével már csak idő kérdése volt a sorozás sikeres lebonyolítása, melyet március első napjaiban be is fejeztek.

Nehéz feladat a főkirálybíró szerepét a székely határőrség megszervezésében tárgyilagosan értékelni. Összbirodalmi érdekről lévén szó, az esetleges ellenkezés csak hátráltatta volna a császári akarat érvényesítését, megakadályozni ezt úgysem állt senkinek módjában. Ha valaki kimutathatóan ellenséges magatartást tanúsított volna az országos érdekkel szemben, azonnal kicserélték volna egy megbízható, császárhű személlyel. Úgy gondoljuk, hogy Mikes Antal nem vitte túlzásba a hatalommal szembeni lojalitást, sőt, kezdetben nemtetszésének is hangot adott a sorozóbizottság működésével kapcsolatosan, később azonban akkora nyomás nehezedett rá, hogy képtelen volt tovább ellenkezni.