Több óra után végül letartóztatták azt a hősszerelmes egyiptomi férfit, aki eltérítette a MS181-es belföldi egyiptomi járatot, amely Alexandriából szállt fel, és eredetileg Kairóban kellett volna leszállnia – ehelyett Cipruson landolt.
Az elkövetőt Seif Eldin Mustafának hívják, egyiptomi állampolgár és az Alexandriai Egyetem állatorvosa. A férfi több dolgot követelt: az egyiptomi ellenzék néhány bebörtönzött női tagjának szabadon engedését; menedéket akart kapni Európában; illetve beszélni akart Cipruson élő exfeleségével, aki miatt szeretne politikai menedékjogot kapni az országban. A helyi televíziónak nyilatkozó szemtanúk szerint a férfi érzelme kimutatása gyanánt arabul írt levelet korábbi feleségének. A ciprusi elnök, Nikos Anastasiades az eset során arról beszélt, hogy nem terroristával, hanem egy fülig szerelmes férfival van dolguk. Ennél kicsit markánsabban fogalmaztak az egyiptomi külügyminisztériumnál: „ő nem terrorista, hanem egy idióta. A terroristák őrültek, de nem hülyék. Ez az ember viszont hülye.” Hozzátették, hogy szerintük a robbanóöv csak egy hazugság, amit később megerősített az egyiptomi légügyi hatóság első embere, Sherif Fathy, aki elmondta: „úgy nézett ki, mintha robbanóöv lenne a férfi derekán, de nincs nála robbanószer”. Joannisz Kaszulidesz ciprusi külügyminiszter később, a túszdráma után adott sajtótájékoztatóján szintén azt közölte, mobiltelefontokokból összeeszkábált robbanóöv-utánzattal ijesztgetve térítették el az EgyptAir járatát.
Cipruson az eset alatt válságstábot állítottak fel a rendkívüli helyzet kezelésére. A lárnakai repülőtérre közlekedő gépeket egy másik ciprusi légikikötőbe irányították át. Az izraeli légierő az eset miatt vadászgépeket küldött a Földközi-tenger fölé.
A BBC megkérdezett egy repülésbiztonsági szakértőt az eseményekkel kapcsolatban. David Learmon szerint a pilóta helytelenül cselekedett, amikor követte az állítólag bombamellénnyel felszerelt gépeltérítő utasításait. Ugyanis a kapitánynak a protokoll értelmében teljesen meg kell bíznia a biztonsági ellenőrzésben, és azt kell feltételeznie, hogy utas nem csempészhet fel robbanószerkezetet a fedélzetre.