A középkori Európa nem ismerte a vallási türelmet, a római katolikus egyház a tanaitól való minden eltérést eretnekségnek bélyegzett. Nem hozott megértést vagy türelmet az övétől eltérő vallási felfogások iránt a reformáció sem, legnagyobb alakjai úgy vélték, hogy a lelkiismereti szabadság, a más hiten lévők megtűrésének a gondolata a sátán találmánya, amelynek célja, hogy az emberekben kételyt ébresszen, és meggyöngítse a hitet.
Miután az évtizedes vallásháborúk során nyilvánvalóvá vált, hogy egyik fél sem tudja a másikat meggyőzni vagy térdre kényszeríteni, az együttélést valamilyen formában rendezni kellett. A Német-római Birodalomban 1555-ben megkötött augsburgi vallásbéke kimondta ugyan az evangélikus vallás egyenjogúságát a katolikussal, de a szabad vallásválasztást és -gyakorlást nem engedte meg. Az akié a föld, azé a vallás elv alapján az alattvalóknak követniük kellett a fejedelmek vallását.
Magyarországon az 1526-os mohácsi vészt követően gyorsan elterjedt a protestantizmus. Erdélyben az 1550-es évekre a lakosság nagy része a lutheri reformációhoz csatlakozott János Zsigmond fejedelemmel együtt, katolikusnak csak a Székelyföld egy része, Csíkszék és néhány főúri család maradt meg. Az 1557. évi országgyűlés törvényben bevett vallássá nyilvánította az evangélikus vallást, s a katolikussal azonos jogokat biztosított számára. Amikor a magyar lakosság és a fejedelem a reformáció kálvini irányzatához csatlakozott, az 1564. évi tordai országgyűlés bevett vallássá nyilvánította a kálvinizmust is. Az erdélyi reformáció harmadik ága akkor alakult ki, amikor a reformátusok egy része az unitáriusnak nevezett antitrinitárius (Szentháromság-ellenes) tanokhoz pártolt, így tett udvari papja, Dávid Ferenc hatására János Zsigmond fejedelem is.
Ezek után tartották 1568-ban az újabb tordai országgyűlést, amely egyenjogúsította az unitárius vallást is, így alakult ki a négy bevett vallás. Az országgyűlés addig sehol nem ismert mértékben foglalta törvénybe a lelkiismereti és vallásszabadsághoz való jogot, pontosabban a gyülekezetek számára a szabad lelkészválasztást. A rendek által elfogadott határozat kimondta: „Midőn helyökön a prédikátorok az evangéliumot prédikálják, hirdessék, kiki az ő értelme szerint, és az község ha venni akarja, jó, ha nem penig senki kényszerítéssel ne kényszerítse az ű lelke azon meg nem nyugodván; de oly prédikátort tarthasson, az kinek tanítása ő néki tetszik. Ezért penig senki (...) az prédikátorokat meg ne bánthassa, ne szidalmaztassék senki az religióért senkitől, (...) mert a hit Istennek ajándéka.”
Erdély e téren messze megelőzte Európa fejlettebb nyugati részét, s vallási toleranciában példát mutatott a világnak. Államvallás nem volt, az uralkodói hatalom fölötte állt az egyházinak, de nem volt joga a vallások között bármilyen szempontból különbséget tenni. A vallási türelmetlenségben izzó Európában Erdély a felekezeti béke szigete lett, e törvény tiszteletben tartása teremtette meg annak lehetőségét, hogy a keresztény felekezetek viszonylagos békében élhessenek egymás mellett, saját szellemi értékeikkel gazdagítsák szülőföldjüket.
A Magyar Unitárius Egyház az 1568. évi tordai országgyűlés vallásügyi határozatától kezdődően számítja létét. A reformáció legifjabb egyházának zsinata 2002-ben január 13-át egyházi ünneppé, a vallásszabadság emléknapjává nyilvánította.