Az olyan összegyűlésekben minden némű excessusok véghezmenetele történhetvén szükséges lett volna, hogy azoknak eltávoztatására a nemes regiment által is a kivántató vigyázások iránt megkivántató rendelések megtétettek volna. Melyre nézve kérem, hogy ezután hasonló dolgokban a nemes regiment is előre tudósíttassék, nehogy a történhető szerencsétlenségek a felsőbbségtől vigyázatlanság gyanánt tulajdoníttassanak". Hadiállapot idején, mint amilyen a francia háború is volt, a törvénykezés és székezés folytatása akadályokba ütközött. Gróf Mikes János főkirálybíró 1796-ban kerül olyan helyzetbe, amikor saját hatalmát nem tartja elégségesnek arra, hogy az adódott ügyben határozatot hozzon, ezért segítséget kér felettesétől, gróf Bánffy György kormányzótól. A szeptember 6—7-re meghirdetett székgyűlés és az utána következő derékszék ideje egybeesett ugyanis a gyalogezred soraiból kimasírozásra induló katonák előkészületeivel. Félő volt tehát, hogy a falvak katona résztvevői számára elküldött meghívók megzavarhatták volna a háborúra való nyugodt felkészülés ütemét, esetleg akár nyugtalanságot is gerjeszthetettek volna a határőrök soraiban. Az ezredparancsnok szerint a gyűlést el kellene halasztani a katonák eltávozása utánig, amit 1796. szeptember 17-re tűztek ki. A székvezető aggodalmát viszont az elhalasztásból következhető bonyodalom fokozta: ,,ha észreveszi a katonaság, hogy a marchális széket csak az ő kimenetelük miatt halasztottam légyen el, abból könnyen gyanú és gyűlöltség érhetne". Ezért a megoldást a hivatali felettesétől várta: ,,méltóztassék excellenciád kegyes rendelését bocsájtani, hogy noha most a marchális széket elhalasztottam, ha mindazon által alkalmatlanabbul a katona renden lévők sürgetnek a marchális széknek tartására abban az esetben tarthatók még kimenetelük előtt marchalis széket vagy sem, noha mind magam, mind az alattvalók teljes igyekezettel azon lesznek, hogyha szintén valami nyughatatlanság vagy békétlen engedetlenség ütné ki magát azt minél jobb móddal lecsendesítsük mind azon által, ha a szép módok nem használnának, minémű módon kellessék velük bánnunk és mihez magunkat alkalmaztatni, arról is excellenciádnak kegyes rendelését alázatosan elvárom". A fenti példák is bizonyítják, hogy a hadikészültségben lévő katonák kedélyállapotának alakulását szorongással figyelte a szék vezetése, és mindenféle izgatottságot gerjesztő hatások rossz következményeitől óvták őket, akár olyan áron is, hogy a közgyűlések megtartásáról is hajlandóak voltak lemondani. Birodalmi érdek volt a háborúbeli sikeres helytállás, ezért mindent ennek a közös célnak rendelnek alá. Több esetben a katonai vezetők elutasítják a székgyűléseken való megjelenést hadi jellegű elfoglaltságaikra hivatkozva. Így történt 1797-ben is, amikor Ernst ezredest, a gyalogezred parancsnokát hívják gyűlésre. Meg nem jelenését azzal indokolja, hogy a hadi helyzetre való tekintettel magas rangú törzstisztek érkezését várta, generális Martinit és feldmarschall Liental tábornokot, mely alkalommal az ezred kimasírozása előtti hadi szemlét kellett előkészíteni. A székgyűlések elhalasztása csak rendkívüli esetekben volt lehetséges, általában hadikészültség idején volt indokolt, esetleg társadalmi zavargások, idegen betörés, támadás veszélye esetén. Ilyen év volt az 1821-es, amikor Havasalföld irányából riasztó híresztelések érkeztek Erdélybe az ottani nagyméretű parasztlázadás kitöréséről. A felnagyított események pánikhangulatot idéztek elő, különös tekintettel a Havasalfölddel határos törvényhatóságokban. A gubernium ebben a helyzetben jobbnak látta a közgyűlés elnapolását békességesebb időkre. 1821. március 30-i utasításában mindenféle székgyűlés elhalasztását rendelte. Megjegyzendő, hogy Béldi László a felkelés méreteiről szóló felnagyító és torz híreszteléseivel, túlzott aggodalmaskodásával felesleges félelmet keltett Háromszéken, az ennek megfelelő intézkedései pedig nem nyerték el a felettes hatóság egyetértését. A főkormányszék részéről meg is pirongatták a riadalmat okozó székvezetőt.

A székgyűlés, mint a törvényhatóságnak az élet minden területét átfogó, döntéshozó és jogszabályalkotó testülete, jól meghatározott szabályzat és normarendszer alapján működött. Szerkezeti felépítésétől a gyűlések levezetéséig, a témakörök megválasztásától a jegyzőkönyv szerkesztéséig minden központilag kidolgozott tervezethez igazodott. A megszokottól való eltérés, a szabályok be nem tartása, a gyűlések lefolyásában észlelhető mindenfajta negatív megnyilvánulás a kormányzat éles hangú bírálatát vonta maga után. Úgy gondoljuk, hogy Háromszék vezetésének a gubernium és a király általi előnytelen megítélése a napóleoni háborúkig vezethető vissza, amikor az itteni nemesség a rájuk erőltetett hadisegélyt visszautasította, arra hivatkozva, hogy adókivetés csak az országgyűlés hozzájárulásával eszközölhető. Ezután Háromszék hosszú időn keresztül, rossz megítélésének köszönhetően, a főkormányszék érdeklődésének homlokterébe került, és a helyi hatóságok működésével szembeni kifogások, bírálatok talán a kelleténél is szigorúbbak lettek. A Bodokon 1817. január 13-án tartott székgyűlésen súlyos szabálysértések történtek. Mindez Cserei Miklós székvezetésének utolsó heteiben történt, mert ami itt érte őt, halmozva a francia háború idejéből való sikertelenségekkel, lemondásához vezetett. 1817 márciusában már kinevezték az új székvezetőt, gróf Béldi Lászlót. A bodoki gyűlésen többféle szabálytalanság is előfordult. Teljességgel hiányzott innen a katonarendi lakosság, ezért ezt a székely nemzet ősi alkotmánya értelmében nem tekinthették valódi képviseleti gyűlésnek. Cserei Miklós székvezetőt több résztvevő arra kényszerítette, hogy szándékával ellentétben nem a törvényesen megválasztott assesorokat nevezze ki hivatalukba, hanem az általuk támogatott személyeket. Bevallása szerint ,,ez egy olyan történet volt, amellyel meggyőződésem ellen kellett a sokaságnak engednem". A főkormányszék 1817-es leirata a császári méltatlankodásra hivatkozva a gyűlés eltörlésére hozott határozatot. Megelőzőleg a gyűlés jegyzőkönyvét a királyi kancelláriához küldték, amelyből a király meggyőződhetett a súlyos szabálytalanságokról, hogy tulajdonképpen Bodokot megelőzően egyesek Oltszemen gyűltek össze tanácskozásra, ahol elhatározták a katonarend kizárását a székezésről. Erőszakosan, hangoskodva: ,,a jórend megvetésével és a votizánsok elcsábítása tartatott légyen, az ilyetén vakmerő és merész cselekedetnek megzabolázására és fenyítésére az idén augusztus 29-én kelt kegyelmes dekretum által őfelsége azon marchalis congregationak minden munkáit és végzéseit megsemmisítette és azt is parancsolta, hogy azon sértő beszédek, melyeket gróf Mikó Miklós és Székely Sámuel tartottak a közelebb tartandó marchalis székben a protokollumból törültessenek ki és semmisítsenek meg".

Béldi László székvezetői munkásságának első éveiben a Háromszékről kialakított rossz megítélés kiigazítására törekedett. Az 1818. február 16-án Sepsiszentgyörgyön tartott székgyűlésen kijelentette, hogy nem nyugszik meg addig, míg a székben rend és egység nem lesz, és az igazság haladék nélkül ki nem szolgáltatik. A székvezető annak is tudatában volt, hogy az érdemi munka teljesítése megköveteli a megfelelő infrastrukturális feltételeket. Ezért úgy gondolta, hogy csak akkor lehet valós eredményeket számon kérni Háromszék önkormányzatától, ha a feltételek is adottak lesznek erre. Sürgeti tehát egy önálló épület megteremtésének szükségességét. Fáradozásai ellenére a közigazgatás működése terén az ezután következő években sem történt lényeges változás. A kormányzati szervek továbbra is bírálják a székgyűlések jegyzőkönyveinek szabálytalanságait. Az 1824. június 22-i guberniumi értékelés szerint a szeptember 16-i székgyűlés jegyzőkönyve az elnök és a jegyző aláírását nélkülözi, miként a szék pecsétje is hiányzik róla. A munkálatok összbenyomása a komolyságot hiányolta, és a résztvevők tiszteletét vezetőikkel szemben, ezért aztán a választás tekintetében, de más tárgyakban sem volt egyetértés. A gyűlés lefolyásában zavart keltő körülménynek ítélték a résztvevők némelyikének részegségi állapotát. A többféle szabálysértés következtében a gubernium a jegyzőkönyvet érvénytelenítette, és a választást is megsemmisítette. A főhatóság megkülönböztetett érdeklődését ezután sem kerülték el Háromszék önkormányzatának működésbeli hiányosságai. (...) Az 1830. február 16-i közgyűléssel kapcsolatosan azt kifogásolták, hogy a személyeskedő, részrehajló határozatok miatt érdemi munkát képtelenség végezni. A szakmai tevékenység javítása érdekében kilyéni Székely Mihály főkormányszéki tanácsost küldték Háromszékre, segélynyújtási feladatokkal megbízva. A kiküldött tisztviselő véleménye szerint a székgyűléseken tapasztalt hanyagságok a fegyelmezett légkör hiányában és általában a közigazgatás működésének nem elegendő ismeretében rejlenek, nagymértékben pedig a főkirálybíró és beosztottjai közötti rossz kapcsolatokkal magyarázhatók. Horváth Albert főkirálybírósága idején továbbra is a fegyelmezetlenség, a gyűlésekről való engedély nélküli eltávozások fordulnak elő. 1844. december 20-i levelében bírálja a kézdi- és orbaiszéki alkirálybírákat ezért a meghonosodott gyakorlatért. A székgyűlések, mint a felsorolt példák is mutatják, nem kevésszer az előírásokat mellőzve, szabálytalanul, szervezési és ügyrendi fogyatékosságokat halmozva, céltalanul végződtek. A felettes hatóság vigyázó éberségét mindezek nem kerülhették el, és amikor az előadódott hibák a szimpátia hiányával is társultak, az egyébként szokványos tévedések hatványozottabban jelentkeztek, és a szék amúgy is rossz hírnevét csak fokozták.

A székezésnek fontos feladata volt a tisztújítás. Itt választották meghatározatlan időre a főkirálybírákat, tisztségüket rendszerint halálukig viselték, anélkül hogy újraválasztották volna őket. Kivételt képeztek az olyan esetek, amikor más beosztásba rendelték az illetőt, vagy halál esetében, ritkábban, de előfordult az önszándékú lemondás is. A főkirálybíró a központi hatalom egyetlen helyi képviselője, ezért nem volt közömbös a jelöltek Bécs iránti elkötelezettsége, ennek érdekében esetenként a választások tisztaságát is befolyásolják. S minthogy nem mindennapi esemény volt a főkirálybíró megválasztása, különösképpen pedig tisztségbe helyezése, ezért megadták a módját nemcsak azáltal, hogy ünnepi légkört teremtettek a beköszöntő, méltató beszédekkel és a főkormányszéket képviselő, magas rangú hivatalnokok jelenlétével, de az egészet betetőzte a vendégsereg számára készített sokfogásos díszebéd. 1791-ben gróf Nemes János főkirálybírói beiktatásán két háromszéki származású kormányszéki tisztviselő vett részt: a kilyéni Székely Dávid országos kancellár és a hilibi Gál János főkormányszéki tanácsos. 1794. április 23-án, gróf Mikes János tisztségébe tételekor szintén Székely Dávid és gróf Teleki Mihály, a királyi tábla ítélőbírája asszisztált. Az egész ceremóniának megvolt a sorrendje: kezdődött a birodalom és a császár iránti hűségeskü letételével, majd következett a tulajdonképpeni beiktatás beszédekkel, állásfoglalásokkal. Mikes János főkormányszéki tanácsossá való kinevezésével új főkirálybírót kellett választani 1803-ban, melynek lebonyolításával Koszta István tanácsost bízták meg, gróf Mikes Zsigmond beiktatására azonban csak 1805. július 15-én került sor Bethlen Gergely és elődje, Mikes János tanácsos közreműködésével. 1839. november 8-án, amikor Horváth Albertet főkirálybírói hivatalában véglegesítették, az esemény díszvendége gróf Mikó Imre főkormányszéki, valóságos belső titkos tanácsos és báró Jósika Lajos, Torda vármegye főispánja volt.