1754–55-ben az illyefalvi pálosok újabb építkezésbe kezdtek, mivel az 1738-as földrengéskor nagyon megrongálódott a templom. A rendház birtokán „fájdalmas Boldog Asszony tiszteletére” új templomot emeltek. A torony megépítésére Mária Terézia császárnő 240, Kálnoki Antal generális 110, Kozma József főkormányszéki tanácsos 300, Székely Elek 160, Hollaki János 200, Biális Ferenc 100 forintot adományozott – olvashatjuk Csáki Árpád Pálos misszió Háromszéken a 18. században című, 2003-ban megjelent kötetében.

1778-ban elkészül a templomtorony, és egymázsás harangot is öntetnek a pálosok.

II. József reformtörvényei a pálos rendet is eltörölték a birodalom területén, az illyefalvi pálos rend tagjai 1786-ban Lengyelországba távoztak. Burján Lőrinc az utolsó illyefalvi pálos atya, aki a rend feloszlatása után püspöki jóváhagyással Illyefalván maradt, és 1797-ig világi papként szolgált a missziótól átvett plébániatemplomban. A pálos rend illyefalvi tagjai által 1701 és 1786 között gyarapított vagyona 12 000 forintot tett ki. A rend távozása után a templom tulajdonában maradt a pálosok közel száz évig gyűjtött könyvtára is.

Az 1802-es és 1806-os földrengés hatalmas károkat okoztott a templomon, ekkor omlott le a templom tornya, tönkretéve a teljes tetőzetet.

Cserei Miklós, Háromszék adminisztrátora 1814-ben gyűjtést szervez az illyefalvi templom kijavítására. Háromszék négy alkirálybírójának küldött leveleiben felszólít mindenkit, hogy adakozzanak. Az adakozás sikeres volt, 1814-ben sikerült 1000 forintot összegyűjteni, amellyel hozzáfogtak a templom újjáépítéséhez.

„Sepsiszentgyörgyön lakó Menegesz János nevezetű kőműves pallér az illyefalvi katolikus templom építését felvállalván, a következendő pontok alatt lévő munkáknak tökéletes végbevitelére köteleztetik, úgymint:

1. A régi templomnak délről való oldalfala addig leromboltatván ahol az ablakok szoktak kezdődni, arra a templom nagyságának minéműségéhez képest illendő három ablakot csináljon, melyek közül kettő a templom, a harmadik pedig annak kórusába szolgáljon.

2. Ugyanazon mostan fennálló templom két oldalfalának a napkeleti végére fundamentumából szegletes arkusra sanctuariumot s arra három ablakokot úm. délről és északról obloncákot, napkeletről pedig oválist építsen úgy, hogy a templom világának hossza a napnyugati falig mérve 12 német öl legyen.

3. A napnyugati végbe kőlábakra keresztboltra kőkórust s annak a frontján kő könyökölőt nemkülönben abba feljáró kőgrádicsot s ennek végig fel kőtartozót építsen.

4. A templom nagyságának minéműségéhez képest elégséges nagyságú sekrestyét két ablakokkal a délről való oldal mellé ragasszon.

5. Ugyan a déli falán a bérakott régi principális ajtót megnyitván, annak elejében két ablakú kőtornácot rakjon és mivel mindez mind a sekrestye mind pedig a sanctuarium újonnan ragasztatván a templomnak falaihoz.

6. A tornác és a sekrestye legyenek a templom kórusa és sanctuariuma pedig fa boltozással, minthogy ez szerint sem a következendő földingás által meg nem romolhatnak a falak.

7. A templom vagy a sekrestye és tornác is pádimentumoztassanak. Egy nagy és egy kis oltár alá asztal, ahhoz való lépcsőkkel együtt kőből ragasztassék, nemkülönben ha kívántatni fog a prédikáló székbe feljáró grádics kőből legyen.

8. A régi két oldalfalaknak belső részén a haszon nélkül lévő nagy vakajtók a falak erőssége kedvéért berakattassanak, és a templom falai sekrestyének és a tornácnak mind kívülről s mind belülről nemcsak szépen kipalléroztassanak, hanem efelett kívül-belül díszesebb legyen és kasztelekkel felépíttessenek. A kripta újra megboltoztassék szintén mint ennek előtte volt, és abba béjáró ajtó nyittassék kívülről, mely ne a templomba, hanem a szabad levegőre nyíljon.

10. A templomra nemkülönben annak sekrestyéjére és tornácára új szarvazat készíttessék, megléceztessék és végre cseréppel és mésszel és famunkával befedettessék.

11. Megkívántatik, hogy ezen tíz pontok alatt feljegyzett kőművesi és ácsi munkák az architektumnak régulái szerint legyenek és egyszersmind állandók, úgyhogy ha földingás nélkül 10 esztendőnek lefolyása alatt szembetűnő változást, romlást szenvednének, azon esetben Menegesz János őkegyelme tartozzék költségén ingyen reparálni.

A fennebbi pontok tartása szerint felállítandó templomnak megépítését, beszarvazását, befedését előbb is nevezett Menegesz János kőműves pallér Szentgyörgy hava negyedikén 1814-ben felvállalá 1000 rénus forintokért úgy hogy, neki és embereinek az 1000 forintokon kívül 20 köböl elegyes búzát nemkülönben melléje segítségül munkásokot, apró műveseket adjunk.

Ácsot pedig és kőműves legényeket ő fog állítani és fizetni.”

(Sepsiszentgyörgyi Levéltár, Fond 8, dos. 2127, fila 3 – 1814)

Menegesz János görög építőmester volt, aki Brassóból költözött Sepsiszentgyörgyre.

Az 1814–18-as aszályos esztendők hamar kimerítették az 1000 forintos előirányzott összeget, de sikerült a templom déli oldalához hozzáépíteni a sekrestyét.

A templom alatti kriptákhoz nem hagytak ajtót, és ahogy tervbe volt véve, a templomot kőpádimentummal rakták ki. A templomtornyot nem építették meg az említett anyagi gondok miatt, mai formáját 1868-ban nyerte el.