Mary Ellis a háború elején lett a légi szállítási kisegítő szolgálat, az Air Transport Auxiliary (ATA) tagja, a BBC közszolgálati műsorszóróban elhangzott felhívásra jelentkezett, amelyben női pilótákat toboroztak. A repülés igen népszerű volt a két világháború között a szigetországban, számos civil és kereskedelmi pilóta akadt. Mary Ellis kiskorától rajongott a sebességért, és mint A Spitfire Girl című életrajzi kötetében fogalmazott, amióta az eszét tudta, repülni akart.
Végül hetvenhatféle típusú gépen repült a világháború idején, az általa leszállított gépekből hozzávetőleg négyszáz Spitfire volt. A századik születésnapja alkalmából tartott meglepetéspartin azt mondta, mindig is ez vadászrepülő volt a legkedvesebb gépe: „Odáig vagyok érte, ez mindenki kedvence. A szabadság jelképe szerintem.” Az ünnepségen is repült, a Spitfire egy kétüléses változatában vitték fel.

Egy korábbi interjúban felelevenítette: a frontvonalra érkezve előfordult, hogy a férfiak nem hitték el, ő volt a pilóta, és csak a gépet átkutatva fogadták el a tényt, hogy valóban ő ült a kormánynál.

Mary Ellis – lánykori nevén Wilkins – a háború után, 1950-ben Wight szigetére költözött, a Sandown repülőtér igazgatója lett. 1961-ben férjhez ment egy pilótához.
Az ATA fantasztikus személyiségként méltatta őt. Az idén százéves brit királyi légierő Red Arrows nevű híres műrepülő századának leghosszabb ideig szolgáló tagja, Mike Ling pedig a légi szállítási kisegítő szolgálat legendájának nevezte őt a Twitter közösségi oldalon közzétett bejegyzésében. „Remélem, isznak egy jól megérdemelt sherryt Joy Lofthouse-szal odafönt” – írta az ATA egy másik, 94 éves korában tavaly elhunyt híres tagjára utalva. A légi szállítási kisegítő szolgálatban 166 nő repült, hamar rájuk ragadt az Atagirls elnevezés. Az ATA pilótái közül 174-en vesztették életüket a világháborúban a gépeket szállítva, köztük 15 nő.