A gályarabper ma is központi szerepet foglal el a magyar protestáns emlékezetben. A pozsonyi rendkívüli törvényszék elé idézett evangélikus és református lelkészek és tanítók pere a protestánsok által gyászévtizedként számontartott 1670-es évek ellenreformációs intézkedéseinek egyik csúcspontja volt. A per eredeti jegyzőkönyvét évszázados lappangás után 1999-ben S. Varga Katalin találta meg az esztergomi Prímási Levéltárban, és 2002-ben jelentette meg kétnyelvű kiadásban, majd – néhány évvel később – önálló monográfia keretében elemezte filológiai és történeti szempontból. Ezzel – Benczédi László és Péter Katalin kutatásait követve – sikerült részleteiben feltárnia a per közvetlen előzményeit és lefolyását.

A januárban kiküldött idézések 1674. március 5-re szólították a lelkészeket és tanítókat Pozsonyba. A peres eljárás többszöri halasztással közel két hónapon át tartott... A törvényszék már a tárgyalás kezdetén kilátásba helyezte a halálbüntetést, amely alól három módon lehetett megmenekülni: katolizálás által, kivándorlással vagy a lelkészi hivatal letétele révén. 1674. április 4-én a pozsonyi érseki palotába hívták a beidézett lelkészeket. Akik hivataluk letétele mellett Magyarországon kívántak maradni, az ajtótól jobbra kellett gyülekezniük, akik pedig a kivándorlást vállalták volna, azoknak balra kellett állniuk.

Az ajtó előterében csak azok maradhattak, akik a halált választották. A jelen levő prédikátorok mindannyian az ajtó előtt maradva a halálos ítéletre vártak.

Lipót természetesen nem írhatott alá ennyi halálos ítéletet, így Bécsből azt az utasítást küldték, hogy négy lelkészt zárjanak be, a többieket pedig száműzzék. Ezt azonban a bíróság nem akarta elfogadni, továbbra is a kötelezvények/reverzálisok aláírását és a száműzetést kívánták elérni. Hosszas, sikertelen eljárást követően végül Kollonich Lipót bíboros javaslatára merült fel a gályarabság lehetősége.

A következő hónapok során sikerült egyre több elítéltet megtörni, rávenni a reverzális aláírására, miután sokukat az ország különböző börtöneibe szállították át. 1675 elejére negyvenkét fogoly maradt a berencsi, komáromi és lipótvári erődökbe szétszórva, akiket az év tavaszán Nápolyba hurcoltak. Útközben hárman megszöktek, heten meghaltak. Az életben maradt 32 foglyot Buccariban és Nápolyban adták el gályarabnak.

Európa protestáns országaiban hatalmas felzúdulást váltott ki a magyar lelkészek sorsa. Svájcban adományokat gyűjtöttek, hogy a nápolyi alkirálynál kiváltsák a prédikátorokat; végül a holland diplomácia ért el komolyabb eredményt. A bécsi holland nagykövet aláírt a reverzálisok nevében, és a Svájcban gyűjtött adományok felhasználásával kifizette a személyenkénti száz tallér váltságdíjat. A francia–holland háború miatt akkor Michiel de Ruyter admirális irányítása alatt jelentősebb holland flotta cirkált a Földközi-tengeren, és az admirális több levélben maga is kérte Fernando Fajard nápolyi alkirályt, hogy segítse a magyar gályarabok szabadon engedését. Erre 1676. február 11-én került sor, a huszonhat még életben levő magyar rabot ekkor szállították a holland admirális hajójára. Emellett a tengermelléki Buccariban eladott csoportból öt túlélő az év májusában szabadult meg II. János György szász választófejedelem közbenjárására. A kiszabadított harmincegy gályarab-prédikátor Svájcban, protestáns német tartományokban, valamint Hollandiában és Angliában talált új otthonra.

Az 1681. évi soproni országgyűlésen elbukott a Habsburg-udvar központosítási kísérlete, és a vallásügyi cikkelyekkel igyekeztek a felekezetek közötti kompromisszumot elérni, ám a gályarabper erős, évszázadokra szóló alapját képezi a magyarországi protestánsok identitásának.