Az 1914. június 28-i szarajevói merénylet és az azt követő egymás utáni hadüzenetek nyomán elrendelt mozgósítások során Háromszékről a gyors átképzésre vagy azonnali frontszolgálatra behívottak Brassóban, Nagyszebenben és Marosvásárhelyen állomásozó ezredekbe voltak kötelesek jelentkezni. A mozgósítást nem kerülhették el a kollégium tanári karának tagjai sem. Augusztus első napjaiban Dániel Viktor és Döme Bálint rendes tanárok tartalékos hadnagyként, illetve népfelkelő főhadnagyként vonultak be, három helyettes tanár: Benkő Gábor, Fülöp István és Dúzs Gergely pedig mint tartalékos kadétőrmester, illetve hadapródjelölt.
A háborús események hatása gyorsan érezhetővé vált: a tanévnyitást a tanfelszerelések időbeni beszerezhetetlensége miatt október 5-re halasztották; a fiú polgári iskolában hadikórházat rendeztek be, így a Mikó kénytelen két osztálytermet átadni a polgári iskola négy osztályának; a főgimnáziumi osztályok tanulói a Vöröskereszt Egyletet segítették a vasúton érkező sebesültek kórházba szállításában; a végzős diákok a városi pótkórházban irodai munkát végeztek; az iskola elöljárósága hadikölcsönökkel támogatta a hadsereget.
1915 októberének első napjaiban érkezett a szomorú hír: Benkő Gábort szeptember 30-án Galíciában egy közelharcban szíven szúrták és elesett. (Emlékére 2018-ban táblát helyeztek el a kollégium falán).
Benkő Gábor emléktáblája a kollégium falán
Döme Bálint matematika–fizika szakos tanár Péter Mózes igazgató részére a frontról küldött levelében az általa létesített alapítvány történetét így adja elő: „1915. október 7-én jöttünk Szerbiába, 8-án nagy ágyútűzbe kerültünk. Szedte áldozatát, mint a tüzes istennyila. Gondoltam, lehetetlen ebből megmenekülni. Ha végzet az, hogy itt kell vesznem 1000 K – írva egy ezer koronás – alapítványt teszek a fizikai szertár javára.”
Részlet Döme Bálint alapítványtevő leveléből
Közben folytatódtak a sorozások: az 1915. márciusi, júniusi népfelkelői szemléken sokan vonultak be, de VII. és VIII. gimnáziumi osztályokból önként is jelentkeztek frontszolgálatra. A bevonult diákokat csak a bevezetett hadiérettségire engedték haza. A harctéri események jelentette veszély egyre erősebben érezteti hatását a lakosság körében. A kollégium elöljárósága 1915. június 30-i gyűlésén az iskola értékeinek veszély esetén biztonságba helyezéséről, s szükség esetén menekítéséről határozott. Augusztus 1-jén az internátusban, a tornateremben és a földszinti osztálytermekben az újonnan érkezett hadtápparancsnokság és a hadtápzászlóalj egy része kapott elhelyezést.
A legnagyobb veszélyt a Székelyföldre betörő román hadsereg jelentette, melynek híre, bár augusztus 27-én éjjel megérkezett, köztudomásúvá csak 28-án reggel vált. Reggel 6 órakor Bálint Dénes polgármester értesítette Csutak Vilmost, a kollégium újonnan kinevezett igazgatóját, 9 órára a város kiürítését is elrendelték. Az igazgató hatósági segítség hiányában magához vette az intézmény és mint a Székely Nemzeti Múzeum őre azok értékeit (értékpapírok, takarékkönyvek, kötvények). Váratlanul találkozott a kollégium pénztárosával, akinek megőrzésre átadta a vagyontárgyakat, majd távozott a városból. A mikeszászai állomáson ismét alkalomszerűen összefutottak, Csutak visszavette az értékeket és vonaton Kolozsvárra vitte, s azokat az egyházkerület igazgatótanácsának adta át. Eközben Reznek Károly volt mikós diák, a városban állomásozó 5/2 sz. honvédüteg parancsnoka augusztus 28-án a bevonuló román katonaság elől a kollégium zászlóját és az 1905-ben az országos tornaversenyen elnyert zászlót mentette feltételezhetően szüleinek komollói otthonába. (Ezeket később, az ojtozi frontról visszatérve 1918. december 4-én adta át Csutaknak.)
Két volt mikós diák a fronton: József Ákos és nagybátyja József Domokos
Az 1916-os román betörés Székelyföldön eddig nem tapasztalt meneküléshullámot idézett elő. Az Est című hírlap szeptember 16-i számának beszámolója szerint Sepsiszentgyörgy mintegy tizenegyezret számláló lakosságából csupán 583-an maradtak vissza. A Mikó épületét augusztus 5-én foglalta el a beözönlő román katonaság. Menekülésre kényszerültek a kollégium tanárai, többen Kolozsváron találtak ideiglenes menedéket (Végh Endre, Zayzon Ferenc, Demeter Béla, Adorján Gábor). Dr. Kenessey Béla püspök felkérte a magyarországi református középiskolákat, hogy alkalmazzák a menekült tanárokat. Ugyanakkor Csutak Vilmos kérte a békési református gimnáziumot a tanárok és tanulók felvételére, lévén, hogy a hatóságok Békés megyét jelölték ki a háromszéki menekültek részére. Zayzon Ferenc és Adorján Gábor Nagyenyeden, Demeter Béla Karcagon, Végh Endre Kisújszálláson, Petrás György Szarvason nyert ideiglenes alkalmazást. A legtöbb tanuló a késmárki ágostai evangélikus, de főleg a békéscsabai ágostai evangélikus Rudolf Főgimnáziumba iratkozott be. Ez utóbbi igazgatója, dr. Rell Károly iskolai könyvekkel látta el a menekülteket, a szegényebbeket ruházattal is, tandíjmentesség és kedvezményes tápintézeti ellátás mellett. Csutak Vilmossal a kapcsolatot Rell és családja, valamint az ide menekült József Lajos unitárius esperes tartotta fenn, aki maga is a kollégium vallástanára volt.
A szeptember 27-i nagyszebeni és az október 6-i brassói győztes csaták következtében a német és magyar harci egységek október 8–12. között szabadították fel Háromszéket (Szentgyörgyöt október 8-án). A hadtápparancsnokság és a városi tanács kényszerű rendelkezése nyomán a románok kivonulása után a kollégium épületében a hadtápparancsnokság a 918. sz. tábori kórházat helyezte el. A december 24-re tervezett tanévnyitóra végül csak 1917. február 20-án került sor. Csutak Vilmos előzetesen kérte az illetékes kollégiumokat, hogy az ott oktató mikós tanárokat a közelgő évnyitóig mentsék fel, ugyanakkor az iskolakezdést közzétette a jelentősebb napilapokban is. Az oktatás és a vidéki tanulók elszállásolása így is csak a bérbe vett Kaszinóban, a Hungária Szállóban, Demeter Béla lakásán és a Kocsis Károlyné-féle házban, később az üressé vált elemi iskolában és a Csánky Gyula tanfelügyelő által ingyen átadott lakásban kezdődhetett meg. Az addigi átlagos 300 körüli tanulólétszám 188-ra apadt, mivel a frontszolgálatot teljesítő tanulókat csak magántanulóként írhatták be. A tanév folyamán tíz bevonult tanuló halt hősi halált.
Lőrincz János halálhíre
1917. június 20-án Csutak Vilmos kéri az épület visszaszolgáltatását. Július 17-én dr. Bene István gondnok az l. hadsereg egészségügyi főnökével, dr. Tauszig vezértörzsorvossal tárgyal az ügyről. Szeptember 3-án Bálint polgármester jelenlétében újabb megbeszélést tartanak. Megegyezés születik, hogy a tábori kórház parancsnoksága a már üresen álló polgári leányiskola, a Bogdán-ház és a Mikovényi-ház helységeibe költözik, ahová azonban szeptember 13-án a 15. sz. járványkórház parancsnoka, dr. Gábor Arthur ezredorvos ragályos betegeket helyez el. Csutak Budapestre utazik az épület visszaszerzéséért, ahol október 22-én Tóth János tanügyi államtitkár Bartha Albert szállásmester alezredest a Mikó kiürítésére szólította fel. Bartha megígérte, hogy a tantermek részére két barakkot építtet, s mihelyt a német csapatokkal együtt a tanítónőképző épületéből a német kórház távozik, a járványkórházat oda költözteti. Csutak a fentiektől függetlenül az 1917–18-as tanévet és az internátust november 26-án megnyitja. Az I., VI–VIII. osztály 54 bentlakóját a Hungária Szálló 14 vendégszobájába helyezi el. Itt rendezkedik be Glass Ferenc internátusi elnök és felügyelő tanár, Adorján Gábor és Kónya Gábor felügyelő helyettes tanárok.
Dr. Király Aladár főispán december 22-én Csutak betegsége miatt helyettesét, dr. László Ferencet értesítette, hogy a cs. és kir. 1. hadsereg főszállásmestere elrendelte a 918. sz. tábori kórház költözését a fentebb említett három épületbe, ahol a betegek száma pillanatnyilag megfogyatkozott. Dr. Franta Gregor főorvos január 15-re kiürítette a Mikó épületének 13 helyiségét, s kétheti fertőtlenítési és helyrehozási munkálatok után január 28-án a II–V. osztályok tanulói is megkezdhették a tanulást. Közülük 98 bentlakó Sütő Jenőné és Losonczy Józsefné Gróf Mikó Imre utca 27., illetve 29. sz. alatti házában, és dr. Kovásznai Gábor alpolgármester piactéri 4–4 szobájában kapott elszállásolást. Március 18-án Kovásznaitól dr. Bochkor Oszkárné házába költöztek. Franta doktor március 19-re kiürítette a Mikó nyugati szárnyát is, így április 12-től mindenki visszaköltözhetett a Mikó internátusi szobáiba. Március 23-án Franta a déli szárnyépületben még foglalva tartott négy termet is átengedte, így április 27-én a konviktus elfoglalhatta régi helyét. Ezután csak az internátusi elnök, a kollégiumi főszolga lakása, az ide tartozó melléképületek, a tornacsarnok és a kórházi szekerek részére szolgáló udvartér maradt a tábori kórház használatában. Az idegenbe szakadt tanulók többsége is hazatért, így 313 tanulóval (284 nyilvános, a többi katonai szolgálatot teljesítő magántanuló) kezdődhetett meg az oktatás. Az évzárót 1918. június 16-án tartották. Az érettségi vizsgák egy héttel később értek véget.
Az 1918-ban végzettek tablóján több diák katonai egyenruhában állt a fényképezőgép elé. Írásos baráti fogadalmat tettek a tízéves találkozón való részvételre.
Szeptember 23–25. között Nagy Károly erdélyi református püspök dr. Ravasz László főjegyző, dr. Makkai Sándor teológiai tanár, a kollégium egykori diákja és Pünkösti Pál főszámvevő társaságában sepsiszentgyörgyi látogatása alkalmával felkereste a kollégiumot is.
Az 1918–19-es tanévet szeptember 24-én nyitották, a spanyolnátha járvány miatt azonban október 11. és 1919. január 7. között szünetelt a tanítás. A beiratkozott 383 tanulóból 214 bentlakó volt. Az előírt tananyagot – akárcsak az előző években – tömörítve tanították, egyes tárgyakat (rajz, testnevelés, zene) csökkentett óraszámban tartották. Az októberben fellángolt őszirózsás forradalom következtében az október végén és november elején lezajlott helyi forradalom idején a Háromszék megye Nemzeti Tanácsának elnöksége november 4-én lefoglalta az üresen álló tornacsarnokot a vasúti állomáson levő őrizhetetlen katonai raktári készletek részére. November 5-én ugyanerre a sorsra jutottak a tantermek és az internátusi elnök lakása. Demeter Béla magyar szakos tanár, gazdasági felügyelő a megbetegedett Csutak Vilmos hiányában nem tudta megakadályozni a foglalást. Csutak Vilmos felépülve kérte az épület elhagyását, ígéretet erre azonban csak december 24-re kapott.
Részvételi fogadalom a tízéves találkozón
Az 1918. december 1-jei gyulafehérvári gyűlést követő politikai fordulat Sepsiszentgyörgyön is napokon belül érezteti hatását. December 7-én Țigoian kapitány vezetése alatt 120 főnyi katonaság szállja meg várost, és üti fel tanyáját a Hungária Szállóban. A kollégium helységeiben őrzött magyar katonai javakat Țigoian kapitány a Nemzeti Tanácstól átveszi, s az iskola elöljáróságának kérésére december 28-án átadja az épületet. A kötelező fertőtlenítési és javítási munkálatok után 399 beiratkozott tanulóval január 7-én, most már román fennhatóság alatt indul újra az oktatás folyamata.
