Polgári foglalkozását bútorüzleti dolgozóként kezdte, 1993-tól az egri Domus Áruház igazgatója volt. A Magyar Labdarúgó-szövetség (MLSZ) nekrológja szerint 1970-ben kezdett bíráskodni, majd már fiatalon, 1984-től vezetett mérkőzéseket a magyar élvonalbeli bajnokságban. Világhírre a kilencvenes években tett szert, nemzetközi sportpályafutásának elismeréseként a futball történetével és statisztikáival foglalkozó nemzetközi szervezet (IFFHS) négyszer választotta a világ legjobb játékvezetőjének 1994 és 1997 között, illetve adta át neki az ezért járó aranysípot. Puhl vezette az emlékezetes brazil–olasz világbajnoki döntőt Los Angelesben 1994-ben, és három évvel később Münchenben a Dortmund–Juventus Bajnokok Ligája-finálét is.

Puhl Sándor – aki Eger és Emőd város díszpolgára volt – 2002 és 2007 között tagja volt a FIFA játékvezetői bizottságának, 2010 óta pedig az MLSZ játékvezető-bizottságának az alelnökeként dolgozott. A játékvezetőt az MLSZ saját halottjának tekinti.