A rendőrség a Gólyafészek nevű szabadidőközpont építésének 50 millió koronás támogatása ügyében az európai uniós pénzek jogosulatlan megszerzésével gyanúsítja a cseh kormányfőt és munkatársát. A szabadidőközpontot építtető cég, a ZZN Agro Pelhrimov korábban az Agrofert holdinghoz tartozott, amelynek egyetlen tulajdonosa Andrej Babiš volt. A szabadidőközpont építésekor, 2007-ben a cég részvénytársasággá alakult, és ismeretlen tulajdonba került. A következő évben kisebb vállalkozásként jogosultságot szerzett az ilyen vállalatok számára kiírt EU-támogatásra. Ha a Gólyafészek az Agrofert része maradt volna, nagyvállalatként nagy valószínűséggel nem kapott volna uniós támogatást. A cég a pályázatban megszabott határidő letelte után ismét az Agrofert része lett. Az építtető cég utódja, az Imoba 2018 júniusában már visszafizette az államnak az 50 millió koronás támogatást.

Andrej Babiš a kezdetektől fogva tagadja, hogy visszaélés történt. Azt állítja, politikai kampányról van szó, amelynek célja eltávolítani őt a politikai életből. Babiš és Mayerová ügyvédje, miután áttanulmányozta a kiegészített vádiratot, újságíróknak azt mondta, hogy nincs benne semmi lényeges újdonság.

A Gólyafészek-ügyet vizsgáló rendőrség már kétszer, 2019 áprilisában, majd egy hónapra rá azzal zárta le az ügyet, hogy csalás történt az uniós támogatásokkal, ezért vádemelést javasolt az érintetteknek. A büntetőeljárás leállítását Martin Erazim prágai főügyész akkor azzal indokolta, hogy a bizonyítási eljárás során arra a következtetésre jutottak: a szabadidőközpontot építtető cég a kérdéses időszakban megfelelt az uniós pályázatban szereplő kis- vagy középvállalati kritériumoknak, ahogy azt írásbeli nyilatkozatukban is állították. Pavel Zeman országos főügyész azonban felülvizsgálta prágai kollégája döntését, és mindkét esetben új rendőrségi vizsgálatot rendelt el az ügyben.