Honvédként végig részt vett a szabadságharcban. A nagyszebeni csatából sebesülten, viszontagságos körülmények között került haza. Barótról nősült, és kinevezték Háromszék vármegye dúlóbiztosának. Naplót írt visszaemlékezéseiből, a szabadságharc főbb mozzanatairól, amely a Kászoni Gáspár-féle gyűjteményben található. Sírja – több más jeles baróti személyiség síremlékével együtt – az 1968-ban megszüntetett régi temetőben megsemmisült. Feliratát Kászoni Lajos feljegyezte: "Bár a test eltemettetett /Az érdem nem felejtetik. / Bitai Bajkó Lajos / Magyar királyi állami tisztviselő / Élt 61 évet / Meghalt 1891. február 9-én. / Béke hamvainak." A Székelyföld című lapban 1888-ban közölt emlékeiből tudjuk, hogy 1848 novemberében Kökösben tartózkodott. 1871 táján Hosszúfaluban lakott, és egy háromszéki Vérkönyv összeállítását kezdeményezte. A sajtó útján, nyomtatásban is kiadott körlevelében arra kérte fel a háromszéki községek elöljáróságát, hogy az "1848. március 15-ik után hazánk lobogója alatt és a két év hadjárat folyamában a csatatéren elestek, vagy táborozás alatt távol övéiktől elhaltak, avagy más körülmények között (mint például Köpecen) meggyilkoltakat egytől egyig, pontosan, tisztán és lelkiösmeretesen" falvanként vegyék számba. Arra kérte az illetékeseket, hogy az általa összeállított pontok szerint ne csak a hősi halottakat és polgári áldozatokat írják össze és küldjék el címére, vegyék számba a vértanúkat, a külföldön elhalt menekülteket és a fogságban elhunyt politikai foglyokat is. Kezdeményezésének eredményeiről adatok hiányában, sajnos, semmit nem tudnak a témakörben jártas kutatók. Bajkó álmát pótolta Demeter Lajos és Demeter László 2008-ban megjelent Honvédnévkönyv című kötete. A szabadságharc 150. évfordulója alkalmával bazalt emlékoszlopot állítottak Bajkónak a baróti posta előtti téren, a Magyar­országra származott Bitai–Bajkók pedig kopjafát a bitai református templom előterébe a család jeles tagjainak emlékére (Szabó Jenő helybeli népi faragómester munkája).