Nagyenyeden látta meg a napvilágot, költő-tanár apját írói nevén, Áprily Lajosként tartja számon az irodalomtörténet. A család 1926-ban Kolozsvárra költözött, Jékely az ottani református kollégium diákja volt három évig, amikor is 1929 nyarán apja úgy döntött: fiai jövője érdekében Budapestre települnek. Jékely az Eötvös Collegium tagjaként magyar–francia–művészettörténet szakon diplomázott 1935-ben a budapesti Pázmány Péter Tudományegyetemen.
Húszéves kora körül már érett költő volt, nemzedékének egyik legnagyobb tehetségeként tartották számon. Versei a Nyugatban, a Szép Szóban, a Válaszban, az Erdélyi Helikonban jelentek meg.
1939-ben megkapta a Baumgarten-díjat, római ösztöndíjasként bejárta Dél-Olaszországot. Vonzotta a latin világ, de honvágya Erdély iránt nem csillapodott. A második bécsi döntés után visszatért Kolozsvárra. Ott ismerte meg Jancsó Adrienne előadóművészt, akit 1942-ben feleségül vett, hamarosan leányuk, majd fiuk született. 1946 augusztusában családjával visszaköltözött Budapestre.
1948-ban Álom című verseskötetét a hivatalos kultúrpolitika „dekadens temetőköltészetnek” minősítette, a könyvet betiltották és bezúzták, Jékelyt kizárták az Írószövetségből. A hallgatás évei alatt műfordításból élt, lírai és prózai életművét – a megjelenés reménye nélkül – gyarapította.
Az irodalmi életbe csak 1956-ban térhetett vissza. Az 1960-as évektől aztán egymást követték verseskönyvei. Gyűjteményes és válogatott kötetei: Csillagtoronyban (1969), Az idősárkányhoz (1975), Évtizedek hatalma (1979). Regényekkel, elbeszélésekkel, esszékkel is jelentkezett. A kultúrpolitika óvatosan kezelte, a tűrt kategóriába sorolta, ezért soha nem kapta meg a rangjának kijáró elismerést. 1970-ben és 1979-ben átvehette a József Attila-díjat, a Kossuth-díjat azonban csak 1982. március 19-én bekövetkezett halála után, jóval később, 1990-ben posztumusz kapta meg.
Jékely verseiben a „nyugatos” és az erdélyi magyar költészet hagyományait elevenítette fel, költészetét ő maga „életrajzi szerkezetű, folyamatos énregénynek” nevezte. Egyik méltatója írta: elegáns és bölcs lovagja volt az irodalomnak.