Budapest „ezerszer áldott nyolcadik kerületében”, a Józsefvárosban született 1923-ban. A négy polgári osztály elvégzése után szabóinas, majd vasesztergályos tanuló volt. 1944-ben besorozták, a hadseregből megszökött, és Budapesten bujkált. 1945 őszétől négy éven keresztül különböző nyugat-európai országokban dolgozott, többek között bányában, majd a párizsi Renault-gyárban is. Haza­térése után esztergályosként helyezkedett el az angyalföldi Bosch-gyárban. 1951-ben tiltott határátlépési kísérletért Kistarcsára internálták, szabadulása után segédmunkásként, majd ismét esztergályosként dolgozott Angyal­földön.
Fejes Endre 1955 óta írásaiból él, amelyek kezdetben irodalmi folyóiratokban láttak napvilágot. Első kötete, A hazudós 1958-ban jelent meg, a munkástémájú elbeszélésekért 1959-ben SZOT-díjat kapott. 1962-ben a Téli Könyvvásár szenzációja volt óriási kritikai visszhangot kiváltó regénye, a Rozsdatemető, amellyel egy csapásra híressé vált. A könyv első, majd második és harmadik kiadását is pillanatok alatt elkapkodták, később több mint harminc nyelvre lefordították.
A már-már szenvtelenségig tárgyilagos hangvételű, egy jegyzőkönyv rideg pontosságával íródott családregény az oknyomozó riport eszközeivel tárja fel a történelem peremén élő külvárosi Hábetler család több generációjának történetét az első világháborútól az 1960-as évek elejéig. A Rozsda­temető körül 1963-ban kibontakozott heves polémia egyik alapkérdése az volt: mennyire tekinthető tipikusnak az öntudatos létezés helyett a vegetáció szintjén élő Hábetlerék sorsa a munkásosztály egészére nézve. Fejes szemére vetették, hogy műve nem elég „szocreál”, de azért láttak benne „előremutató jeleket” is. A regényből készült színdarab ősbemutatóját 1963 novemberében tartották a Thália Színházban Kazimir Károly rendezésében, az ifjabb Hábet­lert Madaras József játszotta.
Az író következő regénye, az 1969-ben megjelent Jó estét, nyár, jó estét, szerelem egy 1962-ben történt különös bűnesetet dolgozott fel: egy jelentéktelen külsejű fiatal segédmunkás magát görög diplomatának hazudva fiatal nőket csábított el, s a lelepleződéstől félve az egyik lányt megölte. A nagy érdeklődéssel fogadott mű 1977-es átiratából önálló, zenés színpadi változat jött létre, amelyet Presser Gábor dalaival és Har­sányi Gábor emlékezetes főszereplésével nagy sikerrel játszott a Víg­színház. Fejes Endre külföldi „csavargóéveit” idézte fel 1975-ös regénye, a Szerelemről bolond éjszakán.
A hatvanas évek végétől kezdve Fejes a magyar színpadok kedvelt szerzője lett, a munkások, kisemberek világát bemutató színdarabjait (Mo­corgó, Cserepes Margit házassága, Vigyori, Vonó Ignác, Az angyalarcú) sorra játszották a színházak. Önálló kötettel utoljára a kilencvenes évek közepén jelentkezett, Lemaradt angyalok címmel elbeszéléseit közölte, majd Szabadlá­bon címmel saját válogatásában adott közre novellákat és regényrészleteket.
Fejes Endre munkásságáért több elismerést kapott, többek között 1963-ban József Attila-, 1975-ben Kossuth-, 1992-ben Nagy Lajos-díjat. 2003-ban írói életműve elismeréseként a Magyar Köztár­sasági Érdemrend Közép­ke­resztje a Csillaggal kitüntetésben részesült, 2009-ben Prima Primissima-díjat vehetett át.