A templom első orgonájáról való feljegyzést az 1827-ben tartott püspöki vizsgálószék jegyzőkönyvében találtam meg: „A Mennyezete most festékes és tarkán párkányosan táblázva a nap nyugati Kar hasonlólag tarkásan festett, a Nap keleti éneklő Karon pedig, melynek feljárója a Templom­ból Grádicson vagyon, márványosan festett borítékú Közepibe vagyon helyeztetve egy 5 mutatios, hátul nyomó Claviaturáju, Ekklésia tagjai személyes adományaikból készített szépen megfestett tzirádájú Orgona”. Szíjjal húzott hangszer volt, mert megjegyzik az iratok, hogy a harangozó „orgona húzás körül is mereibe negligens”.  Az 1848-as forradalom idején a falu szomorú sorsában az egyházközség is osztozott, „ezüst, ónedények, szövetek, ládák, levelek és könyvek (…) mind elraboltattak”. Az erdélyi orgonakészítés és -javítás történetének szempontjából érdekes adatra bukkantam: 1859-ben „Gondnok atyafia előterjeszti az orgona megromlása kijavíttatását. Ekklésiánk méltánylá észrevételét és határozza, hogy legsürgösebben tudósítsa a zabolai énekvezér Urat, hogy jöjjön le és ha edgyezhetünk, ujjítsa meg Szt. Mihály napra”. Pozsony Ferenc akadémikus, néprajzkutató Zaboláról szóló könyvéből kiderül az énekvezér neve: Szabó Lajos, akiről az író megjegyzi. „1848-ban még azt is feljegyezték, hogy a kántortanító kitűnő orgonista”.  Valószínű, hogy értett az orgonák javításához is. Szépen szolgált az orgona egészen 1890-ig, amikor egy orgonaművész, Pálfi Jenő, „ajánlkozott a már ugyis szándékolt romlott orgonánk javítására”. A vállalkozó a fúvókat kijavította és újrabőrözte, a gépezetet kijavította és a szélládában levő szelepeket újrabőrözte, új rugókkal látta el. De ugyanúgy a fából és cinből készült sípokat is kijavította, valamint egy kemény vászonnal az orgona tetőzetét beborította por ellen, és „az elősípok háta mögét egy vékonyabb vászonnal bevonta”. Mindezen javításokért az orgonamester 60 forintot kapott. A javítás nem tudta megoldani a felmerülő problémákat, ezért 1895-től létrehoztak egy orgonaalapot, amelyet állandóan növeltek az egyházközség hívei adományokkal és az e célra szervezett bálok bevételével. Az egyházközség aranykönyvében az utolsó adományozás 1924-ből, az új orgona megépítése utáni évből való. Emellett 1919-ben egy harmónium vásárlása érdekében is gyűjtenek, 112 személy 3003 koronát adományoz.
Az egyházközség 1921-ben megbízza a lelkészt, hogy tárgyaljon a brassói Carl Eischenk orgonaépítő mesterrel egy új orgona építésének ügyében. Az egyházközség felajánlja, hogy a régi orgona újrahasznosítható részeinek felhasználásával tegyen egy árajánlatot. Az orgonamester küld egy költségvetést, mely szerint „20 000 lei körül fog az orgona kerülni”. A költségvetésbe belefoglalt változatok (regiszterek) mellett a keblitanács egy erősebb változat (oktáv) elkészítését is kéri. A kérdés, mint mindig, a pénz előteremtése volt. A lelkes kökösi közösség erre is talált megoldást. Az E. K. Tanács Kolozsvárról küldött levelében „beleegyezését adja abban, hogy a Harmonium alap vagyonát 3652 L., a Közgazdaság 1921. évi számadásán szereplő maradványt 3606 L., továbbá a Templom alaptól is a még a hívek adományai által nem fedezhető összeget” az orgona készítésére fordítsák. Óriási erőfeszítés egy kis közösség részéről! 1922 április 14-én megkötik Kö­kösben a szerződést. Az orgona elkészítéséhez a karzatot kibővítették. Egy évvel a szerződés aláírása után, 1923 áprilisában a jegyzőkönyvek a kész orgonáról tudósítanak: „A keblitanács az orgonával meg van elégedve, annak úgy kiállítása mint hangja a keblitanács tetszését megnyerte s így az orgonát az építőtől átvette.” Carl Eischenk 1000 lej értékben a régi orgona fúvóját, játszóasztalát és a sípokat átvette.
Az egyházközség lassan tud fizetni, az orgonaművész levélben kéri az egyház­kö­z­séget, hogy a 32. orgonájáért járó összeget egyen­lítse: „kérem szépen amennyire lehet nekem jövő vasárnapra a szenteléskor valami pénzt is adni”... A kor dokumentumai megőrizték a segédmunkások nevét is: Lűtz Vilmos, Orbán Ferencz, Stáncsuj János és Martis János. Az egyházközség az orgona szentelését 1923. november első vasárnapjára tervezte. Erre az eseményre Ferenc József unitárius püspököt kérték fel, de „koránál fogva nem jöhetvén, helyette dr. Boros György egyházi felügyelőt küldi ki és bízza meg az orgona felszentelésével”. A főpásztori levélből idézek: „Fogadjátok főpásztori áldásomat, felszentelendő orgona hangjai is szolgáljanak hithűségetek, búzgóságotok és áldozat készségetek fokozására, megszilárdítására.” A hangszer „7 szóló és 2 szerkezeti változattal biró, pedálos orgona”. A szentelésen felolvasott orgonatörténetből még megtudjuk, hogy a sípokat külföldről rendelték, és ezek kései érkezése miatt kellett a felszentelést újratervezni. Sajnos, a kökösi hívek nem örvendhettek sokáig az orgona hangjainak: 1954 nov. 21-én a helybéli lelkész vall: „… éjfél után 1 órakor érkeztem haza. A templom és a papilak alig 100 méterre fekszenek egymástól. Semmi füstszagot nem éreztem. Csendesen havazott. Éjfél után 2 óra lehetett, amikor elaludtam. 3 órakor feleségem arra lett figyelmes, hogy a harangokat verik félre. Felkeltem és az ablakhoz futottam. Ekkor még semmit nem láttam. Kiáltások hangzottak. Ég az unitárius templom! Egy vödör vízzel a templomhoz szaladtam. A templom keleti oldala, ahol az orgona volt, már égett. Akik korábban érkeztek és belsejébe tudtak menni, különös hírről beszéltek. A lángok valósággal ugráltak a padokon, mintha gyúlékony anyaggal lettek volna leöntve. Ablakok, ajtók épek voltak, nyomokat nem látni. A szószékterítőt, az Urasztalát és terítőjét megmentették, egyéb minden elégett. Az üszkös romok felett du. 3 órakor (22-én) istentiszteletet tartottunk, amelyen egyházi éneket Kiss Dénes énekvezér fia vezetett.”
Ennek az orgonának elvesztése után, sajnos, nem épült újabb, harmóniummal és elektromos orgonával kísérték és kísérik a kökösiek az istentiszteleti énekeket. Ott­jártamkor az idős harangozó asszony felsóhajtott: „Milyen jó lenne az orgona, az az igazi!” Reméljük, Isten segedelmével a kökösi unitáriusoknak sikerül orgonát építeniük, hisz többször bebizonyították kitartásukat.