1999. november 28-án a szervezet bejelenti, hogy december 3-án véget vet a tűzszünetnek.

2000. november 21-én agyonlövik Barcelonában Ernest Lluch volt spanyol egészségügyi minisztert. A szocialista politikus meggyilkolása után majdnem egymillió ember vesz részt a tiltakozó demonstráción.

2004-ben az ETA párbeszédre szólítja fel az akkor hatalomra jutott spanyol szocialista kormányzatot, de jelzi: folytatja fegyveres harcát.

2004. október 10-én José Luis Rodríguez Zapatero miniszterelnök a harc befejezésére kéri az ETA-t, miután sikerült őrizetbe venni a szervezet feltételezett vezetőjét, Mikel Albisu Iriartét, azaz ,,Mikel Antzát".

2005. május 6-án a spanyol legfelsőbb bíróság két ETA-tagot összesen 2775 év börtönre ítél egy 2003. karácsonyi összeesküvés miatt: ekkor pokolgépeket akartak elrejteni egy madridi vonaton.

2006. március 22-én az ETA állandó tűzszünetet hirdet, amely két nap múlva lép életbe.

2006. december 30-án gépkocsiba rejtett pokolgép robban a madridi repülőtéren, megölve két ecuadorit. Ez arra kényszeríti Zapaterót, hogy megszakítsa a békefolyamatot.

2007. január 9-én az ETA vállalja a felelősséget a repülőtéri robbantásért, de azt állítja, hogy az állandó tűzszünet továbbra is él.

2007. április 8-án a szervezet közli, hogy kész újabb kötelezettségeket vállalni a békefolyamat érdekében, ha a kormányzat leállítja támadásait Baszkföldön: itt ugyanis a rendőrség feltételezett ETA-tagokat vett őrizetbe.

2007. június 5-én az ETA bejelenti, hogy felmondja a 15 hónappal korábban meghirdetett tűzszünetet.

2007. december 1-jén feltételezett ETA-tagok rálőnek két, titkos misszión lévő spanyol rendőrre Franciaországban: az egyik azonnal meghal, a másik négy nappal később.

2008. január 14-én Zapatero leszögezi, hogy nincs semmi esély a béketárgyalásokra az ETA-val. Közli: az egyedüli lehetőség az, ha a szervezet egyoldalú lépést tesz, és megadja magát.