Mikes János főkirálybíró aggodalommal teszi szóvá mindezt: ,,bizonyos tudosításokból úgy esvén értésemre, hogy ismét nevezetesen Háromszékre megint oly lázasztó írás ment volna ki, mely által székünkben katonáskodó primpillusok és pixidariusok arra ösztönöztettek, hogy tovább mindaddig fegyverrel ne szolgáljanak, amig közülük a priomorok is magukat arra rea nem veszik, hogy maguk is közülük szintén úgy mint ők katonáskodjanak, melynek minémű következései lesznek kivált a mostani környülállásokban amidőn azon nép elött ugy is nagy gyanúban és gyülöltségben vagyunk". Ezért munkatársait megbízta, hogy a lázító levelet vagy másolatát kézre kerítsék. Az ő értesülései szerint Illyefalván egy Lukáts nevű katona készítette a nemességellenes röpiratot. Kéri az eset katonai kivizsgálását, és a tettes felelősségre vonását.

A rossz hangulathoz és az emberek között felhalmozódott feszültségekhez nyilván a hosszas francia háború is hozzájárult. Az 1793-ban kitört háborúskodás kisebb-nagyobb megszakításokkal két évtizedig tartott. A nagy emberáldozatot, rengeteg pénzt és anyagi javakat felemésztő hadiállapot a társadalom minden rétegét érintette. A legtöbb szenvedés, nélkülözés természetesen a szülőföldjüktől több száz kilométerre elhurcolt katonáknak jutott, akik közül sokan Nyugat-Európa harctereiről soha nem tértek vissza. A jobbágylakosságra a szék területén átvonuló katonaság élelmezése, elszállásolása és a lovak takarmányozása hárult, de az itthon maradt határőrtisztek tűzifával, fuvarral való kiszolgálása is nagymértékben őket érintette, nem is beszélve a soraikból származó, önként jelentkező, vagy erőszakkal katonává tett paraszt népességről. A nemesség, noha közteherviselési mentességet élvezett, háború esetén hatályba lépett az insurectio, azaz a nemesi felkelés, mely egy ilyen kimerítő hadiállapot esetén mindenkire vonatkozott, ezenkívül pedig több esetben is pénzfelajánlást, értékek gyűjtését szervezik a nemesség körében, minden esetben teljes sikertelenséggel. 1794-ben guberniumi felszólítást intéznek a nemességhez, hazafias érzelmeire hivatkozva kérik a pénz, illetve arany-, ezüsttárgyak önkéntes felajánlását. A nemesség viszont ezt általános érdektelenséggel fogadta. Miklósvárszékről például Gazdag Benedek dúlló jelentette: ,,el is menttem minden posessor urakhoz és ezen circularist mindenütt szóról szóra felolvasttam, de sehol is egy pénzt sem igérvén a circularist küldöm vissza a nemes tisztséghez".

A hadsereg kiegészítésére irányuló erőfeszítések kezdetben az önkéntesség elvét hangsúlyozták, később viszont, amikor a katonaszükséglet egyre nyomasztóbbá válik, már nem beszélnek önakaratról, hanem csakis a parancs teljesítéséről. 1796-ban például Háromszékről húsz katona kiállítását rendelik: ,,azon székben található minden gazdaság és mesterség folytatására nem szükséges vagy pedig uraság szolgálatán kivül levőkből, koborlókból, imitt-amott lappangó és vándorló emberekből szeptember 19 és 20 napjai között való éjszaka előre maga rendeléseit a dúllókhoz és falus birákhoz megtévén annyit fogasson el, amennyiből azon fenn specifikált tyroknak számát kiállítani reméli".

A székelyföldi határőrezredekből szervezett zászlóalj már az 1793. év tavaszán csatlakozott a külhonban hadakozó reguláris csapatokhoz. 1793. március 4-én Szebenből, a főhadikormánytól érkezett a parancs a kirukkolásra: az első és második gyalogezredből egy zászlóaljat alakítottak, hozzájuk csatlakozott még a huszárezred négy százada. A gyülekezés és indulás Kézdivásárhelyről történt.

1794-ben újabb csapatokat indítanak a háborúba, július 3—4-én Nagyajtán gyülekezett a három gyalogszázadból kialakított zászlóalj lengyelországi, galíciai ulticéllal. Thury Sándor miklósvárszéki alkirálybíró Mikes Jánosnak küldött jelentésében a következőképpen számol be az indulás előtti napok eseményeiről: ,,5-én Obrister Martini úr egy kis reviziot tartott, mely rövidesen végbemenvén, a három companiát tisztjeivel együtt egy zászlóalj alá beesketette és azután közönségesen a katonaságot a királyhoz való hivségre, tisztjeikhez engedelmességre, becsületeknek, hirüknek, nevüknek megtartására igen szépen intette, mellyel széjjel bocsájtván, hatodik reggel szép renddel és egész csendeséggel megindultak", az országból a borgói szoroson keresztül mentek ki. 1796-ban Mikes János a General Commando parancsolatát tolmácsolva intézkedik a harcokban való további mozgósítást illetően: ,,felséges fejedelmünknek előre nem látható nehéz környülállások miatt a nagyszámú ellenséggel viaskodó hadserege erősen meggyengülvén, annak erősítésére minden haladék nélkül az első székely gyalogregimentből négy compania és ezen második gyalogregimentből két compania katonaság a csíki óbester Klein úr vezérlése alatt egy batalion formájában oly sietséggel útra inditassék, hogy mindenütt szekereken vitetvén minél hamarébb Carolus főhercegnek ármádiájához megérkezzenek". Eredeti elképzelés szerint a csíki négy századot Háromszékre irányították volna, hogy az itteni csapatokkal csatlakozzanak, a hadvezetés ismerve azonban a csíkiak lázongó szellemét, és tartva attól, nehogy a háromszékieket is rossz irányba befolyásolják, más útirányt választott: Udvarhelyszéken, Segesvárszéken, Kőhalomszéken keresztül Fogaras városában kellett egyesülnie a két irányból érkező seregnek.

Amikor a harctéren éppen nem volt szükség a székely csapatokra, akkor sem hagyták nyugton otthonukban maradni, hanem rendfenntartó megbízatással Erdély, illetve Magyarország különböző részeire vezényleték őket. 1799 augusztusában a Benyovszki ezred helyettesítésére az első és második székely gyalogezredből kialakított zászlóaljat Brassóba, Szebenbe, Szászsebesre, Szászvárosba és Dévára irányították. 1799 novemberében pedig az első és második székely gyalogezredből kialakított két zászlóaljat Buda őrzésére rendelték ki a következő útirányt követve: Háromszék, Brassó, Fogaras, Szeben, Szászváros, Hunyad, Arad.

A parasztság életkörülményei a háború okozta pluszterhek miatt az eddiginél is nehezebbé váltak. Kilátástalan helyzetükben tiltakozásként a birtokokról való tömeges eltávozást választják, nem tartván be az ilyen esetekre vonatkozó törvényes előírásokat sem. A zűrzavart csak fokozta, hogy 1802-ben a főkormányszék újabb jogszabályt tett közzé az örökös kötelezettségű és a szabad költözésű jobbágyok megkülönböztetésére. Időközben elterjedt a parasztok között az a tévhit, hogy a rendelkezés értelmében mindenki szabadon elköltözhet földesura birtokáról anélkül, hogy helyettesítőt keresne maga helyett, és az is szárnyra kapott, hogy aki most nem költözik el, többé nem teheti meg. A hatóságok kiderítették, hogy a rémhírek kitalálói és terjesztői besenyői parasztok voltak: Cséplő Tamás, Kováts Mihály és Albert Mihály, akik nemcsak falujukban, de Kézdi- és Orbaiszékben is elmenetelre buzdítottak. Várhegyen, Lécfalván és Szörcsén a parasztok összegyűltek, és elhatározták, hogy mindnyájan uraik jószágából eltávoznak, csoportosan jelentették be távozási szándékukat. A lázadást Várhegyen és Lécfalván viszonylag könnyűszerrel elfojtották. Vezetőiket elfogták, megpálcáztatták, és egyheti börtönbüntetéssel sújtották. Szörcsén a jobbágyság nem akarta megadni magát, és lecsendesítésére karhatalmat rendeltek ki. A 180 katonából álló rendtartó alakulat 1802. október 17-én körbevette a falut, a felbujtókat elfogták, a nyilvánosság előtt megpálcázták, és börtönbe zárták. A megbolydult háromszéki parasztokat azonban nem sikerült lecsendesíteni. Zabolán Horváth Farkas tíz jobbágya szökött el, az erdőn keresztül Havasalföldre menekült. Ezzel az esettel kapcsolatosan az eltávozók által okozott adókiesést fájlalják leginkább a hatóságok, mondván: ebben a háborús helyzetben, amikor az államkassza összes tartaléka kimerült, minden egyes adópénzre az országnak nagy szüksége lenne.

Gróf Mikes János főkirálybírósága idején, a háború miatt arra kellett Háromszéket felkészíteni, hogy a katonaság mindig harcra készen álljon, semmiben hiányt ne szenvedjen, a hátország pedig minden igyekezetével ezt a célt szolgálja.

1803. augusztus végén gróf Mikes Jánost főkormányszéki tanácsossá nevezték ki, az üresen maradt főkirálybírói hivatal élére új személyt kellett választani, melynek lebonyolításával Koszta István Guberniumi tanácsost bízták meg. A székgyűlés időpontjául 1803. november 28-át jelölték Sepsiszentivánban báró Lusintzkiné udvarházában, a választás azonban tét nélküli formaság volt, mert napokkal azelőtt már főkormányszéki rendelkezés hozta nyilvánosságra az új főtisztviselő kilétét: ,,gróf gubernátor úr, addig is mig azon székben a főkirálybirói hivatal restauráltatnék, gróf Mikes Zsigmondot olyan reménységben, hogy a közjó előmozdításán tökéletesen fog munkálkodni adminisztrátornak rendelvén parancsoltatik. Az adminisztrátorhoz mindenekben illő engedelmességgel és függéssel lenni kötelességüknek ismerjék". Beiktatására 1805. július 15-én székgyűlés alkalmával került sor, ahol már főkirálybíróként említik, az ünnepség hivatalos vendége gróf Bethlen Gergely és előde, gróf Mikes János főkormányszéki tanácsos volt.

A Napóleon elleni hadi események 1805-ben Ausztriának, vele együtt Magyarországnak és Erdély számára is a lehető legrosszabbul alakultak. Napó­leon Austerlitznél tönkreverte az osztrák haderőt, és Ferenc császár egy sor tartományának elvesztése árán kénytelen volt Pozsonyban békét kötni. A francia seregek a háború kezdete óta 1805-ben érték el először a magyar határt. A helyzet súlyosságának megfelelően a lakosságra háruló katonai terhek is fokozódnak. Több alkalommal is gyalogos- és lovasegységeket indítanak a harctérre. A lakosság elégedetlensége, elkeseredettsége nemegyszer nyilvánosan is jelentkezik. A katonák növekvő létszámban szöknek meg alakulataiktól, sokszor még mielőtt állomáshelyükről elindítják őket. A jobbágyok panaszkodnak a terménybeszolgáltatás és a katonai szállítások megszaporodása miatt, ami egyébként a kirukkolások gyakoriságával állt összefüggésben. Az ország nehéz gazdasági helyzetéből adódóan esetenként még az igen alacsony díjakat sem fizetik ki a parasztoknak. A polyáni bíró panaszkodott arról, hogy a Maksára irányuló fuvardíjat nem fizették ki azzal az indoklással, hogy az országnak ,,gratis tartozik forspontozni". Azt is megjegyzi az elöljáró, hogy Háromszéken vegyes lakosságú települések vannak katonai túlsúllyal, a fuvarozás mégis csak a polgári rend számára kötelező. Háromszék vezetőit, a főkirálybírót és a tiszti hivatalt az nyugtalanítja leginkább, hogy annyira megfogyatkozott az otthon maradott katonaság száma, hogy ezáltal a közbiztonság és az ország határátkelőinek védelme már nem volt biztosítható megfelelő mértékben; ,,mivel pedig csaknem minden fegyver fogható katona kimasirozott helységeinkből és mi szélyhelyen lakunk instálom alázatosan excelenciátokat méltoztassanak környékünk csendessége és békessége iránt atyai képpen gondoskodni, annyival is inkább mivel bizonyos az, hogy a feldregimentekből a mostani kimasirozás alakalmatosságával felette sokan dezertáltanak, akikből egyébb nem lehet, hanem tolvaj. Itt a helybeni regimenteknek, hogy fellette hirtelen esett és a reménytelen kimasiroztatás miatt csaknem egésszen rendetlenül maradtanak, el kelletvén a tiszt uraknak majd mind menni, úgy, hogy ilyen kiindítása a népnek soha sem történt" — osztja meg aggodalmait a kormányszékkel gróf Mikes Zsigmond főkirálybíró.