Romániát 2012-ben kártérítés fizetésére kötelezte az Emberi Jogok Európai Bírósága amiatt, hogy évtizedeken át nem hozott döntést a Batthyáneum visszaszolgáltatása ügyében. A strasbourgi bíróság azért marasztalta el az államot, mert 1998-ban sürgősségi kormányrendelettel szolgáltatta vissza a Batthyáneum épületét az egyháznak, de a tényleges visszaszolgáltatásra nem került sor, a restitúciót ugyanis a Szociáldemokrata Párt Fehér megyei szervezete megtámadta. A Gyulafehérvári Táblabíróság 2003 októberében jogerős ítéletben utasította el a visszaszolgáltatást arra hivatkozva, hogy Batthyány Ignác püspök az egyházára és Erdélyre hagyta az értékes könyvtárat, Erdély pedig jelenleg Románia része.
Az 1998-ban elindított visszaszolgáltatás csak az ingatlanra terjedt ki. A 2002-ben elfogadott restitúciós törvény immár az ingatlanokkal együtt államosított ingóságok visszaszolgáltatásáról is szólt. Az e törvény alapján benyújtott újabb visszaigénylési kérvényt szeptemberben tárgyalta a bíróság, és nemrég értesítette a főegyházmegyét a kedvezőtlen döntésről. „Arra hivatkoztak, hogy a visszaigénylő nem azonos a telekkönyvben szereplő egykori tulajdonossal. A könyvtárat és a csillagvizsgálót ugyanis az érsekség kérte vissza, a telekkönyvben viszont tulajdonosként a Csillagda bejegyzés szerepel” – magyarázta az általános helynök. Hozzátette, általános gyakorlat volt egykor, hogy nem magát az egyházat, hanem az egyház valamely belső egységét tüntették fel tulajdonosként. Elmagyarázta, ma is az érsekség tulajdonában van a Csillagda nevű szőlős, ennek a bevételeiből fedezték egykor a könyvtár és a csillagvizsgáló fenntartási költségeit.
A Batthyányi Ignác püspök által alapított könyvtárban őrzik a Romániában fellelhető kódexek, ősnyomtatványok mintegy háromnegyedét, értékük felbecsülhetetlen: egyikét, a 810-ből származó Codex Aureust 25 millió dollárra biztosították, amikor 2002-ben rövid időre Németországba szállították.