Első temploma a 13. században épült, majd a 15. században átépítették gótikus stílusban. A reformáció következtében az unitárius hívek hajlékává vált: „A régi unitárius templom a falu alsó felében állott, ahova később egy kis református templomot építettek, számon tartva azt, hogy a régi templom »kriptája« a mai templom alatt van.”

Orgona épül
Az új templomot 1814-ben kezdték építeni, és 1822-ben fejezték be. Ebbe 1835-ben került orgona. A múltat tisztelő vargyasiak az orgona szekrényének egyik hátsó betétjén az orgona életének fontosabb pillanatait örökítették meg. Papír szerződésdarabok, kézírások, színes műsorfüzetek tanúskodnak a hangszer történetéről. Ezekből megtudjuk, hogy „Készítette ezen Orgonát Serester Dávid Conscriptus: Székel Vargyasi Mlgs. Dániel Elek Nagysága Fő Curátorságában és F. Fejér Vármegye Fő Ispán 1834 július 26-án...” Az orgona festését és részben aranyozását Maurice August Dupont francia menekült és felesége, Szeredai Bán Anna végezték. 1851-ben, a püspöki látogatáskor felvett jegyzőkönyv szerint „a Templom északi végében áll egy szép alaku orgona kilencz hang változatos – két testben, jó ízléssel fehér fényes festékkel és aranyozással díszítve”. Az egyházközség Aranykönyve még részletesebb leírását hozza az orgonának: „két testben készült egy összekötő felső ívezettel, mely felett szép díszes aranyozással ábrázolva van egy kinyított biblia a tizparancsolat látható számaival, mit lábán tartani látszik egy repülő és szájában olajágat hozó galamb”.
1860-ban az orgona rossz állapotát látva, az egyházközség vezetősége április 27-re kihívja Carl Schneider orgonaépítő mestert, hogy nézze meg a hangszert. A mester véleménye: „mind alkottatásában rossz, mind lévő részeinek ércz és faanyaga szinte rossz és mostani állapottyából javítani csak nagyszerű kölcséggel és több részek egészen ki ujításával lehetne”.

Csapások, felújítások
1869-ben a templom tornyába villám csapott, s az orgonafúvó is megrongálódott: a fiatalság istentiszteleteken az orgonás karzatra tódulva, „az orgona fúvóra is döledeznek mi ennek ártalmára van, mert annak kihasadozását eszközli”. A brassói orgonamester által javasolt javítások csak 1881-ben kerülnek újra szóba, a magas költségek miatt. Az orgona régi festése megkopott, sípjaiban sok volt a hiba, és a fúvó is megrepedezett. Végül 1883-ban javítják meg, amikor a vargyasi egyházközség az abban az évben tartott unitárius zsinat házigazdája. Erre az alkalomra „a szép alaku orgonán tett javítás  és díszítés végrehajtatott”.
1900-ban a számadási jegyzőkönyv szerint újrajavították 46 forint 46 krajcár értékben. Az orgonajavításra gyűjtött és megmaradt pénzt orgonaalappá alakították, amelyet 1903-ban más alapokkal együtt a templom javítására használtak fel. 1909-ben Kiss Tamás kántortanító nyugdíjba vonulása alkalmával 187 korona 77 fillért adományozott az orgonaalapba. 1913-ban egy új, modern (pneumatikus) orgona építésének gondolatával foglalkoztak, azonban terveiket az első világháború keresztbe húzta.

Hadászati célból
A háború vége felé, 1918-ban az orgona olyan rossz állapotba jutott, hogy újból foglalkoznak az orgonaépítés tervével. Erre a célra 17 holdnyi erdő fájának eladásával próbálták fedezni a költségeket. Ugyanabban az évben viszont elviszik az orgona homlokzati sípjait hadászati célra. Pontos adataink vannak a kár értékéről: 23,65 kilónyi orgonasípot szállítottak el, amiért az egyházközségnej 474,75 koronát kellett volna kapnia az Országos Fémközponttól. Nem tudjuk, valaha megérkezett-e ez a pénz vagy sem. Ugyanakkor azért is értékes ez az információ, mert az orgonasípok rekvirálását végző Angster cég listáján Vargyas nem szerepel.
1923-ban az egyházközség az elvitt harangja helyett újat öntet, és ennek felszentelési ünnepéhez úgy tartja méltónak, ha az új orgona is elkészül. Gyűjtőíveket hordanak szét, amelyek segítségével 130 000 lejhez jutnak. A megkeresett orgonagyártó cégek árajánlatokat küldenek. Ilyen érkezett a budapesti Rieger, a temesvári Wegenstein és a brassói Einschenk cégtől. A keblitanács végül a Carl Einschenk ajánlatát fogadta el, és szerződést kötött az orgonagyárossal.

Új orgona
Az orgona építéséhez tavasszal kezdtek hozzá. Carl Einschenk egymanuálos-pedálos pneumatikus orgonát épített a régi szekrénybe. A fúvó lekerült a karzat alá, ennek érdekében a padokat eltávolították onnan. Mivel a pénz nem volt elég, újabb gyűjtést hirdetett meg az egyházközség. Az orgona 1925 szeptemberére lett kész. Nagyszabású felszentelési ünnepélyét 1925. október 18-án tartották. A történteket a már említett orgonabetéten örökítették meg: „Az 1925 évben megújított évszázados templomban egy ujonnan beszerzett haranggal kapcsolatosan az egyházközség a 90 év alatt meggyengült és a világháborúban sípjaitól megfosztott orgona helyett ezen új rendszerű orgonát szerezte be...” Az építés ideje alatt történt drágulás következtében Carl Eischenk – saját bevallása szerint – 41 000 lejes kárt szenvedett. Az orgonát László Sándor festette újra 200 lejért. 1929-ben 630 lejt vettek ki a Báró Dániel Elek alapból, majd Carl Einschenk 760 lejért kitakarítja az orgonát „a legyektől és más piszoktól”. Erre a munkára, a mester Homoródalmásról érkezett, ahol épp befejezte az ottani orgona átalakítását, remek munkát végezve.
Még két javításról olvashatunk a számadási jegyzőkönyvekben: 1931-ben egy kisebb, 150 lej értékben, majd 1935-ben egy 1000 lej értékűről. Dávid István Műemlék orgonák Erdélyben című könyvében említ még egyet 1950-ben, amikor Péterffy Gyula zenetanár javította meg a hangszert.
Az orgona történetében egészen napjainkig szökünk, hisz 2013-ban Bors László újtusnádi orgonaépítő ismét javította: „Andorkó Ferenc tiszteletes a 2009 óta folyó felújítás főbb momentumait sorolta fel, s kiemelte Cseresznyés Szilamér építő csoportjának sikerét, az orgonát megújító Bors László tehetségét, továbbá a legjelentősebb pénzbeli támogatást, kétezer dollárt adományozó – a nagyapja, a vargyasi egyletet száz esztendeje megszervező Kiss Károly, néhai kántortanító révén kicsit önmagát is vargyasinak valló – Sztankovics Zsuzsa önzetlenségét.”
Befejezésül hadd álljanak itt az orgonaszekrény belsejébe írt sorok: „Érzéketlen test ez, de szív lehellete / Egyesítse benne Isten tisztelete!”