A német lakosság közvetítésével a 16. század közepére a lutheri tanok Magyarországon is elterjedtek. Kezdetben főleg a városi polgárság bizonyult fogékonynak a mozgalomra. A szászok, a magyarok és a szlovákok egyaránt megszervezték a Luther Márton tanításain alapuló lutheránus (evangélikus) egyházaikat. A Magyar Királyság három részre szakadása és a nemzeti újraegyesítő törekvések kedveztek a reformáció térhódításának a magyarság egésze körében. Az új vallás ettől kezdve a katolikus Habsburgok elnyomó politikájával szembeni „nemzeti üggyé” vált. A reformáció nagymértékben hozzájárult a magyar nyelv és irodalom kora újkori látványos kibontakozásához is.
A Kárpát-medence lakossága körében eleinte Luther tanai domináltak, de hamar ismertté váltak Zwingli Ulrich és Kálvin János nézetei is. Elsősorban a magyar köznemesség tért át hamar a kálvinista (református) hitre. Az 1560-as években végül a német és a svájci reformáció hívei a három részre szakadt ország valamennyi részén két külön egyházzá alakultak. A 16. század második felére már a magyarság túlnyomó része kálvinistává vált, a szászok és a szlovákok megmaradtak a lutheránus vallás mellett. A magyarok közül csak a nyugat-dunántúliak maradtak többségükben lutheránusok.
II. Miksa császár (Miksa magyar király) csak külsőleg volt katolikus, de pártolta a reformációt. A Királyi Magyarország főméltóságú, illetve katonai vezetői beosztásaiba lelkes protestánsokat nevezett ki. Utódja, Rudolf uralkodása kezdetén már csak három magyar főnemesi család maradt a katolikus egyházban, de a köznemesek és polgárok között is csak elvétve akadt egy-két katolikus család. A 16. század utolsó évtizedeiben a legfőbb, országos tisztségeket protestáns főurak viselték. Még a katolikus főpapok közül is többen csatlakoztak a reformáció egyházaihoz.
A török hódoltság alatt álló területeken a török basák nem szóltak bele a keresztények vallási ügyeibe, a lakosság szabadon választhatta meg a vallását. Ez a reformáció gyors térhódítását eredményezte. A magyar kálvinista egyház éppen a török hódoltság alatt álló Debrecenben született meg, a várost a református magyarok egyik központjaként „kálvinista Róma” néven is emlegették. Az 1567-es debreceni zsinaton a Tiszántúl 17 egyházmegyéje ugyancsak a kálvinizmushoz csatlakozott. A török uralom alatti tolnai és baranyai területek a hercegszöllősi zsinaton, 1576-ban döntöttek így.
János Zsigmond erdélyi fejedelem szintén a reformáció hívévé vált, és a kálvinizmus Erdélyben egyenesen az államvallás rangjára emelkedett. Az erdélyi szászok megtartották a lutheránus (evangélikus) vallást, a székelyek részben, más magyar nemzetiségű protestánsok pedig a kálvini reformációhoz csatlakoztak. A tordai (1563) és nagyenyedi (1564) zsinatokon váltak külön felekezetekké a szászok és magyarok, mindkét csoport saját püspököt is választott magának. A magyarok egy kisebb része a reformáció radikális irányzatát képviselő új unitárius egyházhoz csatlakozott. Az ortodox vallású erdélyi románokat nem érte el a reformáció. Hosszas és kemény viták után az 1568-as tordai országgyűlés négy hivatalos felekezetet ismert el: a kálvinista, a lutheránus, a katolikus és az unitárius vallást. Ez az esemény volt a vallásszabadság legelső törvénybe iktatása a világtörténelemben.
A magyar reformációt Dévai Bíró Mátyás munkássága indította el. Az ország három részre szakadása után a reformáció kimagasló vezetői a török hódoltság területén Méliusz Juhász Péter, Erdélyben a magyarok között Heltai Gáspár és Dávid Ferenc, a szászok között Johannes Honterus, a királyi Magyarország területén pedig Károlyi Gáspár voltak.
(Tonhaizer Tibor Egyetemes egyháztörténelem című munkája nyomán)
