Eszter könyve azt meséli el, hogyan menekültek meg a zsidók egy megelőző csapás segítségével attól, hogy a perzsák kiirtsák őket. A vírus kódjának egyik részlete a Myrtus (mirtusz) nevet viseli, ami egyértelmű utalás lehet az Ábrahám népét megmentő nőre.
Az izraeli kormány nem kommentálta, hogy titkosszolgálata kiberháborúra szakosodott részlegének van-e köze a Stuxnethez. Ugyanakkor több ország számítástechnikai szakemberei is úgy vélekedtek, hogy a vírus eredetét talán sohasem sikerül majd kideríteni. A The New York Times olyan véleményekre is hivatkozik, melyek szerint a mirtusz név használata — a virág több közel-keleti kultúrának is alkotóeleme — csupán szándékos félrevezetés, amelynek célja, hogy a gyanút az izraeliekre terelje. A Stuxnet eredetéről hallgat az Obama-kormány is, amely nemrégiben felgyorsított egy, az előző elnök csapatától örökölt titkos számítástechnikai projektet, amelynek célja az iráni atomprogram aláaknázása.
Noha a vírus több országban, többek között Kínában, Indiában és Indonéziában is felütötte fejét, a jelek azt mutatják, hogy a fő célpont éppen az iráni nukleáris program volt. Az egyik legfontosabb utalás, hogy a Stuxnetet valószínűleg egy meghatározott, a Siemens által tervezett ipari számítógép ellen hozhatták létre. A Simatic S-7 típusú komputereket olajvezetékek, villamosenergia-hálózatok és atomerőművek működtetéséhez alkalmazzák.
Irán még sohasem engedett be nemzetközi ellenőröket a natanzi urándúsító üzemének vezérlőtermébe, mert nem kívánta felfedni, hogy milyen berendezéseket használ. Ugyanakkor Dubajban tavaly lefoglaltak egy S-7-es szállítmányt, amelynek célországa Irán volt. Ez arra utal, hogy az ilyen eszközök használata elterjedt lehet az iszlám köztársaságban. Ralph Langner német komputerbiztonsági szakember, aki a független szakértők között elsőként állapította meg, hogy a Stuxnet Irán ellen irányul, úgy vélekedett, hogy a vírust feltehetően az iszlám köztársaság nukleáris erőművének építésében részt vevő orosz szakemberek hurcolhatták be — némi titkosszolgálati rásegítéssel — az országba.
Az Egyesült Államok és Izrael sohasem rejtette véka alá, hogy céljai között előkelő helyen szerepel az iráni urándúsítás központja, a natanzi urándúsító vezérlő számítógéprendszereinek megrongálása. Noha a vírus szerepe ezen a téren még nem bizonyított, a lap rámutat, hogy az üzemképes urándúsító centrifugák száma a 2009. májusi 4920-ról idén augusztusra 3772-re csökkent.
Josszi Melham, az izraeli Hárec lap hírszerzési szakírója úgy véli, hogy a Moszadnak és az annak kötelékében működő 8200-as Egységnek köze van a Stuxnethez. Mint mondta, nem véletlen, hogy tavaly meghosszabbították az izraeli hírszerzés főnöke, Meir Dagan megbízását, mert egy hosszú távú feladat megoldásán dolgozik. Izraeli becslések szerint Irán 2014-re lesz képes atomfegyver előállítására.