Erdély történelmének megírásában úttörő szerepe volt Benkő Józsefnek. Munkásságáról Mikó Imre azt írja: ,,Szerintem a tudományos erdélyi történeti kútfőnyomozás megalapítója Benkő József volt." A történelemmel, botanikával és nyelvészettel foglalkozó tudós korának legkiemelkedőbb gondolkodója.
1791-ben Benkő József a főkormányszékhez írt levelet, amelyben engedélyt kért a lóbélyegek, régi pecsétek és címerek összegyűjtésére és azok lerajzolására. A főkormányszék 1791. október 8-án 8051-es számmal iktatott levelében engedélyezi Benkő kérelmeit.
A sepsiszentgyörgyi levéltárban Fon. 31. Dos 210 Fil. 1. szám alatt szerepel a Benkő Józsefhez intézett guberniumi levél, melynek szövege:
,,Közép-Ajtán lakó Benkő József Ő kegyelme szándékozik ezen Nagy Fejedelemség Ló-Bélyegeit valamely rövid geografiabéli jegyzésekkel, sőt a nevezetesebb helyiségek címereinek s pecsétjeinek hozzáadásukkal elkészíteni. E végre benyújtott alázatos esedezése által megtalálta ezen Fő Igazgató Tanácsot is, az iránt, hogy az említett ló-bélyegek ezen Nagy Fejedelemség helyiségeiből a most említett célra szedetessenek össze, és vele közöltetnének. Melyre nézve kegyelmetek kötelessége fog lenni, ha azt valamely különös megfontolást érdemlő okok nem ellenzik, az írt Benkő Józsefnek, midőn magát jelenteni fogja, illő segítséggel lenni, hogy a kívánt bélyegeket és címereket a kegyelmeteknek segedelme által a lerajzolás végett megkaphassa. Kolozsvár 8 okt. 1791."
Benkő József a lópecsétekről, címerekről és a helységek pecsétjeiről 1791 és 1793 közötti munkáiban írt összefoglaló tudósítást. Orbán Balázs A Székelyföld leírásában így emlékezik róla: ,,Középajtára vonul vissza, s ott élt mint magányzó 1793-ig. Ez idő alatt ismét sok jeles művet írt. Ilyen A megyék felosztásáról, A három nemzet uniójáról, pecsétjeiről írt munkája. Históriás szekrény, melyben Erdély történelmét írta meg magyarul. Téli bokréta fűvészkönyvét, A Horea-zendülésről, Két nyomtatott értekezést a magyar—török viszonyokról (1782—83), mindezek, fájdalom (az utóbbit kivéve), nyomtatás alá nem kerülhettek, s nagyrészük elveszett."
Benkő József elveszett munkáira az örökös kutatás vár levéltárakban, múzeumokban. A szász történetírók, mint például Lucas Joseph Marienburg 1813-ban Geographie des Grossfürstenthums Siebenbürgen című munkájában Benkő József Transilvaniájának felépítési formáját követi.
Az örökös nehézségekkel küzdő Benkő József, akit szűkös jövedelme, valamint a paptársaitól való megkülönböztetés sújtott, munkájában is hátrányokat szenvedett. A monarchia háborús idejét átélve, egyre kevesebb lehetőség adódott könyvei kinyomtatására. Hiába beszélte a latin, a román, a cigány, a német nyelvet, és értett héberül, görögül, olaszul, franciául, örményül és törökül, nyelvismeretét hasznosítani nem tudta, hogy legalább valami anyagi jövedelme származzék belőle. Elszigetelten, Középajtán élte le idős kora éveit.
