II. Rákóczi György (1648—1660) szerette volna megszerezni a lengyel trónt, s a török beleegyezése nélkül háborút indított a cél elérése érdekében. Azonban a hadjárat megsemmisítő vereséggel végződött, s az erdélyi hadsereg nagyrészt a tatárok fogságába esett.
A szultán tatár hadat küldött Erdély megbüntetésére, a harcokban a fejedelem is elesett (1660), és elcsatolták Erdélytől a kelet-magyarországi területeket, amelyek eddig a fejedelemség anyagi erőforrásait jelentették. Elesett Várad és Jenő vára, bekövetkezett a török és tatár hadak folyamatos portyázása s hallatlan pusztítása. Az erdélyi rendek már előbb Rhédey Ferencet (1658—59), majd Barcsay Ákost (1659—1660) fejedelemmé választották, hogy a portát kiengeszteljék, de Rákóczi ellenállása miatt ez nem sikerült. 1661-ben Kemény János, Rákóczi fővezére a melléje állt székely haddal megkísérelte megszerezni a fejedelmi trónt, de a török hadat küldött ellene, amely a Székelyföldet is feldúlta. Ekkor Apafi Mihályt valósággal arra kényszerítette, hogy vállalja el a fejedelmi széket. Ezt követően Kemény János Habsburg-segítséggel betört Erdélybe, de vereséget szenvedett, s maga is holtan maradt a csatatéren. Az alatt a négy év alatt, amíg Apafi véglegesen fejedelemmé lett, mintegy 70 000 erdélyi pusztult el, s a török rátette kezét Lugosra és Karánsebesre is. De a török és a Habsburg-hatalomnak Erdélyért folyó versengésében végül is a Habsburgok kerültek ki győztesen. Thököly Imre ugyan megpróbálta megmenteni Erdélyt, de átmeneti sikerek után kísérlete kudarccal végződött: Apafi fejedelem 1690-ben elhunyt, fiát a Habsburgok fogságba vetik, és 1690. október 16-án a Diploma Leopoldinumban a Habsburg-monarchia részévé nyilvánítják a korábbi Erdélyi Fejedelemséget.
II. Rákóczi Ferenc zászlói alatt
A császári haderő elfoglalta ugyan Erdélyt, de a Habsburg-uralom ezzel itt még nem szilárdult meg. A török szultán ugyanis Thököly Imrét, a Habsburg-császár ellenfelét, a kuruc mozgalom vezérét 1690-ben kinevezte Erdély fejedelmévé, aki jelentős haderővel megtámadta az Erdélyt megszálló császári hadat, és megsemmisítő vereséget mért rá. Ezért Thökölyt az erdélyi rendek fejedelemmé választották. A székelység erőteljesen támogatta őt, mivel megígérte nekik a régi székely szabadság visszaállítását. A kuruc vezér uralma azonban pünkösdi királyságnak bizonyult, mert a császári fegyveres erők még abban az évben kiűzték Erdélyből, s vele együtt nagy számban menekültek külföldre hívei, köztük sok székely is.
De Thököly fellépése mégsem volt hiábavaló, mert a császár, újabb ellenállástól tartva, jelentős engedményt tett Erdély jövőbeli elkövetkező kormányzatára vonatkozóan. Az I. Lipót (1657—1705) császár által kiadott alkotmány, a Diploma Leopoldinum meghagyta Erdély eddigi önkormányzati intézményeit, biztosította a vallásszabadságot. Ennek alapján választották Erdély kormányzójává Bánffy Györgyöt. A kormányzótestület tagjai Bethlen Miklós kancellár, Bethlen Gergely főgenerális, Haller János főkincstárnok voltak. Ekkor még lehetségesnek látszott az, hogy II. Apafi Mihályt a Habsburg-hatalom elismeri Erdély fejedelmének, de az ezt ellenző osztrák politikusok javaslatára a fiatal Apafit Bécsbe hurcolták, megerősítették Erdély megszállását, s a haderők parancsnokává Rabutin és Bussy tábornokokat nevezték ki. Ekkor nyomban felerősödött az ellenreformáció. Hogy céljait elérje, Bécs kezdeményezésére elindították a románok körében a görög katolikus vallási mozgalmat. Az 1699. évi karlócai béke Erdélyt a Habsburg-birodalomhoz csatolta.
Erdély ügyeinek polgári kormányzatára létrehozták a Guberniumot, vagyis a Kormányzótanácsot, amelyet Bécsből irányítottak. A katonai ügyeket irányító Rabutin tábornok törvényellenes intézkedések egész sorát vezette be, ami nagy elégedetlenséget váltott ki a magyarság körében. Ezért nem véletlen, hogy a II. Rákóczi Ferenc (1704—1711) által vezetett szabadságharc Magyarországról gyorsan átcsapott Erdélybe is. (...)
Elsőként Szatmár vármegye főispánja, Károlyi Sándor állt Rákóczi mellé, s vele együtt a megyéből s a szomszédos megyékből nagyszámú nemes és még több jobbágy sorakozott a bujdosó végvári katona zászlói alá. (...)
A népesség legnagyobb része, köztük a szabadságáért mindig hacra kész székelyek is csatlakoztak hozzá, és sok román jobbágy is tőle várta szabadulását. Akárcsak annak idején Bocskai Istvánnak, II. Rákóczi Ferencnek is szüksége volt Erdélyre s a fejedelmi címre azért, hogy ezzel nemzetközi elismerést kapjon mozgalmához. És Erdély is sokat várt tőle, ezért 1704. július 5-én Rákóczit egyhangúlag Erdély fejedelmévé választották Gyulafehérváron.
Ehhez a sikerhez nem kis mértékben járultak hozzá a székelyek, amint azt Csutak Vilmos több tanulmányában feltárta. Háromszéken már 1703-ban mozgalom indult a Rákóczihoz való csatlakozás érdekében, amelynek a kibontakozását nehezítette a szászok Habsburgok iránti hűsége s főleg Rabutin tábornok csapatainak jelenléte. Mégis Székely Zsigmond, Henter Mihály, Kálnoky Péter és Nemes Tamás nemesek és kuruc tisztek vezetése alatt a háromszéki és csíki székelyek fegyvert fogtak, s 1704 tavaszán körülzárták Brassót, külvárosait elfoglalták. Hogy a székelyeket visszatérítsék a császáriakhoz s a Nagyszebenben székelő Guberniumhoz, Rabutin tábornok az éppen Szebenben tartózkodó Mikes Mihály háromszéki főkapitányt küldte közéjük. Őt azonban a kurucok elfogták, s Rákóczihoz kísérték. Rákóczi szívesen fogadta Mikest, aki a szabadságharc mellé állt.
Ezután Mikes Mihálynak mint Rákóczi tanácsadójának nagy szerepe lesz a szabadságharcban: Pekry Lőrinc udvarhelyszéki főkapitánnyal, valamint a csíki Lázár Ferenccel együtt lépett fel azért, hogy Rákóczit Erdély fejedelmévé válasszák, ez — amint láttuk — a gyulafehérvári országgyűlésen megtörtént, s Udvarhelyszék már 1704 januárjában a felkelők kezére került. Kivette részét a szabadságharcból Aranyosszék is, főkapitányát, Thoroczkay Istvánt Rákóczi az erdélyi hadak főparancsnokává nevezte ki, arra kérve, hogy teremtsen rendet az erdélyi hadak közt.
A kuruc mozgalomhoz szívesen csatlakoztak volna a jobbágyok is. Erről szól a marosszéki jobbágyoknak Rákóczihoz küldött, itt következő levele:
,,Méltóságos Urunk!
Hallottuk az mü kegyelmes urunknak, ő nagyságának kegyes jó igíretit, hogy valamely jobbágy őnagysága mellett fel ül, kardját fel köti, szabadságot ad nekije, ha Isten őnagyságának boldog előmenetelt ad, az országot megbírhatja, mü is azért szegény igaviselő jobbágyok a mü kegyelmes urunk mellett készek vagyunk életünk fottáig szolgálni országot és fejedelmet, mivel ennekelőtte az mü szüle atyáink is szabadsággal élő emberek voltank, az mint némelyikünknek igazságunkból is kitetszik, s donatiós levelünk is megmutatja. Hanem alázatosan reménykedünk nagyságtoknak s kegyelmességteknek, hogy az kiknek levelünk vagyon, méltóztassék meg olvastatni, az kiknek penig levelünk nincsen, istenes méltó igazításban dolgainkat venni és mü nekünk jó választ nagyságtok, kegyelmességtek méltóztasson adni, mely nagyságtok s kegyelmességtek istenes jó tettéért és jó válasz adásért mü is, tehetségünk szerént, dücsőtjük a mü jó Istenünköt, hogy ennek az meg romlott, elpusztult országnak igazgatásában az Isten az ő szent Lelkével nagyságtokat s kegyelmességteket építse és koronázza meg, szűből kívánjuk."
A jobbágytartó nemesség viszont a teljes felszabadítással nem értett egyet, és nem is engedte meg, hogy a jobbágyok tömegesen katonának álljanak.
A Székelyföldön 1703 őszén és 1704 elején népi felkelés jellege volt a kuruc had szervezésének, de Rákóczi fejedelemmé választásával visszatértek a fejedelmi kor szokásaihoz, s a szabad székelyeknek fejenkénti katonáskodása kötelezővé vált. A hadat székenként alakították meg, de a nemesekből és lófőkből külön alakulatot szerveztek. A széki had főparancsnoka a széki főkapitány lett. A ránk maradt összeírás szerint 4061 főből állt a székely haderő, de ez nem tartalmazza Háromszék adatait. Utóbbi hadereje — Csutak Vilmos szerint — néhány ezret tett ki, így számolva több mint 6000 főből állt az a székely katonai tábor, amely II. Rákóczi Ferenc zászlói alá sorakozott fel. Ez a haderő a vármegyékből és a Magyarországról érkezett erősítésekkel uralta 1704—1705-ben — néhány szász erőd (Brassó, Nagyszeben) kivételével — egész Erdélyt, s ez ígéretes helyzetet jelentett a szabadságharc kimenetele szempontjából.
A székelység döntően nagy része tehát vállalta az áldozatot Rákóczi mellett a nemzeti szabadságért, de nem lennénk tárgyilagosak, ha nem tennénk szóvá, hogy a vezető rétegnek az a része, amelyet a Habsburg-hatalom megerősített, s attól további felemelkedését remélte, ellenezte a császáriak elleni felkelést. Köztük volt nagyajtai Cserei Mihály, a történetíró, aki a szabadságharc idején (1705 után) Brassóba menekült, a császáriaktól kérve oltalmat. Ő munkájában elítélte a kurucokat, Rákóczit felelőtlennek tartotta. S bár Históriája kézirata több példányban elterjedt, a magyarság s a székelység Rákóczi szabadságharcába vetett hitét nem ingathatta meg.
A körülmények azonban nem kedveztek a szabadságharcnak. A franciáktól, XIV. Lajostól, valamint az oroszoktól, Nagy Pétertől remélt támogatás elmaradt, s a jobban felszerelt s képzett császári haderő lassan felülkerekedett Rákóczi haderején.
Különösen az 1705. november 11-i zsibói csata elvesztése miatt az addig majdnem egészében felszabadult Erdély a császáriak kezére került. Elhangzottak olyan vélemények, hogy a zsibói ütközet elvesztése az erdélyiek mellőzése miatt következett be, ugyanis 1704. december 20-án Rákóczi Forgách Simont nevezte ki teljhatalmú erdélyi fővezérré, aki Pekry Lőrincet, az udvarhelyi s más hadakkal Szeben ellen, Kálnoky Pétert pedig a csíki és háromszéki csapatokkal Brassó meghódítására küldte. De a zsibói kudarc nagy ijedelmet keltett, az erdélyi magyar had szétszéledt, s a császáriak által hirdetett segesvári országgyűlés semmisnek nyilvánította Rákóczi erdélyi fejedelemségét.
A Székelyföldön katonai uralmat vezettek be, beszedték a fegyvereket, s a szabad közlekedést megtiltották.
1706 nyarán fordulat következett be a hadi helyzetben: Pekry Lőrinc a kibujdosott hadakkal Erdélyben termett, s őszre néhány város kivételével ismét Rákóczi mellé sorakoztatta fel Erdélyt. Pekry vezetésével a teljes székely had bevonult Marosvásárhelyre, s előkészítette Rákóczi beiktatását a fejedelemségbe. (A beiktatás ugyanis korábban elmaradt.)
Rákóczi az 1707. április 12-i előterjesztésében fontos elvi álláspontot fejtett ki Erdélyre s a székelyekre vonatkozóan. Eszerint: 1. a haza szabadságának ügyét Ausztria válságba juttatta, de most újraéled, Erdély szabadon választhat fejedelmet; 2. a fejedelem most kezébe veszi Erdély irányítását, s céljának tartja a béke helyreállítását; 3. az eddigi békealkudozások ,,csak az osztrák ház csalárdságát bizonyították be", ezért kellett a hadakozást választani; 4. a mostani előterjesztés célja az ország politikai, gazdasági és hadi dolgainak rendbehozatala; 5. a fejedelem helyre akarja állítani az ország megsértett rendjét; 6. ,,amilyen lelkesen és önfeláldozóan harcoltak az ország lakói a háború kezdetén, annyira meglankadt most a kedvük"; 7. tanácskozzék az országgyűlés a hadakozás jó rendjéről: a zsoldosok, hajdúk és darabontok kiállításáról, a székely felkelésről, a katonák felszereléséről és eltartásáról.
A székelyekről szólva a fejedelem kiemeli: ,,vitézkedő fegyvere által lött magok gyakori megoltalmaztatását" és azt, hogy Erdélynek ,,mindenkori őr álló oszlopa volt", ezért privilégiumait és szabadságjogait tiszteletben tartották, kivéve az osztrák hatalmat.
Az erdélyi országgyűlés Marosvásárhelyen kimondotta Erdély elszakadását a Habsburg-háztól, uralkodójának II. Rákóczi Ferenc fejedelmet tekinti, s törvénybe iktatja a huszti országgyűlés végzését Magyarország és Erdély egyesüléséről. Az 1705. május 1-jén tartott országgyűlés pedig megerősíti az erdélyi végzéseket, s a Habsburg-házat megfosztja a magyar tróntól.
A következő években azonban a császári hadak rendre győzelmes csatákat vívnak, s a rendek képviselői Szatmáron 1711. április 29-én békét kötnek a császár képviselőivel. Ennek értelmében a kurucok Károlyi Sándor vezetésével Nagymajtény síkján a hétévi harc után letették a fegyvert Pálffy János császári megbízott előtt.
Összegzésül: a szatmári béke biztosította Magyarország és Erdély eddigi önrendelkezési jogait. A szabadságharc résztvevői kegyelmet kaptak. A nemesi rendi jogok megmaradtak, s ezzel együtt a jobbágyrendszer is.
II. Rákóczi Ferenc a bujdosás útját választotta, vele ment számos híve, s tudjuk, hűséges titkára, a székely Mikes Kelemen is. II. Rákóczi Ferenc emlékét a magyarsággal együtt a székelymagyarság is híven őrzi.
