Az önképzőkörösök dalnok címmel tisztelték meg. Nagyenyeden végezte a teológiát, s ott kezdte pályáját segédlelkészként. Verseket közölt a helyi Közérdek című lapban és a budapesti Ország-Világ oldalain. Békésgyulán folytatta papi pályáját, onnan került Háromszékre.
Négy évig Barátoson, rövid ideig Lécfalván, majd Illyefalván (1891–1897), s végül Kézdivásárhelyen volt lelkipásztor. Barátoson Szabó Jenő-díjat alapított, amelyből azt a diákot jutalmazták, aki jeleskedett a magyar történelem beható ismeretében. 1904-ben több társával alapítója volt a kézdivásárhelyi Székely Újságnak, amelyben prózai írásai és versei láttak nyomdafestéket. Bizonyított irodalomtörténeti adat, hogy Szabó Jenőről mintázta meg Szabó Dezső Az elsodort falu című, leghíresebb regényének (1919) főhősét, Farczády Jenőt, így a regény cselekményének színhelye is többször kötődik Illyefalvához. Szabó Dezső több nyarat töltött a faluban, ma mellszobra áll a községközpontban más jeles személyiségeké között (Vargha Mihály alkotása, 1998).
Ellentétben a közkézen forgó adatokkal, Szabó Jenő nem 1934-ben, hanem 1931-ben hunyt el Kézdivásárhelyen. Porai a református temetőben nyugszanak. Hagyatékát és emlékét a céhes városban élő unokája, Nágó Margit (Gica) és a központi református parókián őrzik.