A falvak védelmét elsősorban a szabad jogállású emberekre bízták, csak szükség esetén vették igénybe a jobbágyokat és a zselléreket. Szőts kapitány 1817. január 9-i sepsiszentgyörgyi körlevele szerint fel kell tartóztatni minden olyan idegent, aki nem tudja magát igazolni, nincs hiteles passzusa, útlevele. Mivel a járvány a szomszédos országokban nem szűnt meg, a katonai hatóságok továbbra is fenntartják a falvak őrzését. Szük­ségesnek látják, hogy: „az faluk végére, ahol a főbejáró utak vagynak kalibát tsináljanak és azokon amint 1817 die esztendőben volt, az őrizetet megtegyék, és senkit passzus nélkül az kit nem ismernek az Faluba bé ne botsásák az Strázsák”. 1819-ben Végh kapitány ismételten figyelmeztet a járványra és arra, hogy azt az idegenből jövő emberek terjesztik, „kiváltképpen, ha Törökországból jönnek”, mert ott a pestis már halálos áldozatokat is szed. Háromszéken az 1819-ben kiadott rendelet szerint „minden Faluba az házak 30-ként fel osztassanak, és azok minden tizedesektől meg vizsgáltassanak”, hogy a betegség vagy halál tudva legyen.

Tilos a vizsgálat nélküli temetés
Járvány idején tiltották a halottak orvosi vizsgálat nélküli temetését. A házakat mindennap ellenőrizték. Egy 1756. július 8-án keltezett illyefalvi jegyzőkönyv arról tudósít: „Isten ítiletéből ez mostani időben a Contagnio Sok hellyeken Grassal”, ezért a Gubernium és a „Sanitaris Commissio” parancsot adott szigorú óvintézkedések végrehajtásra. Idézzük a körlevelet: „az idegeneket feltartóztassák, és a helység elöljáróihoz vezessék, akinek kötelessége lészen passzusait előkérni (…). Ha valamely háznál bármi kitsin nyavalya is mutassa magát, azonnal köteles a ház Gazda, vagy Gazda Asszony aztott a Bíró vagy más elöljárónak jelentenie, hogy a Betegnek lehető segedelem az által nyújtathassék. Halál történvén pedig aztott a legnagyobb sietség és legkisebb időmúlás nélküllt jelentsék (…) a közönséges nézés, a hozzávaló járhatásra kitenni, annyival inkább eltemetni terhes büntetés alatt nem szabad, míg az orvosok által meg nem vizsgáltatik.”
A szigorú szabályok ellenére kerülnek, akik a halottak orvosok általi vizsgálatát akadályozzák, mert abban kegyeletsértést látnak. Erre jó példa egy 1756-os illyefalvi eset. Miután Gál László házában egymás után „három gyermek” meghalt „s maga, a szolgálja, Annyosa is” betegeskedett, megjelent nála a város vezetőivel a borbély az elhalálozások okának a megállapítására. Gál megakadályozza az orvosi vizsgálatot. Ezt azonnal jelentik Aldobolyi Hollaki Jánosnak, az „Olt Melyikinek” biztosának. Hollaki parancsban utasítja Kis Lukátsot, az illyefalvi város- és falubírót, hogy ismételten ellenőrizze „az említett Gál László házát”. Gál már a kapuban ellenáll, ismét megakadályozza az egészségügyi vizsgálatot. Amíg a bíró a beszámolót készíti Hollaky Jánosnak a kialakult helyzetről, addig Gál a halottait titokban eltemeti. Bár a bírónak felhatalmazása volt arra, hogy engedetlenség esetén „lőtesse” agyon a „resistálo” embert, ezt nem teszi. A vita hevében Gál László a bíró fejét „nagy bottal háromszor” is megcsapta és betörte, és a „maga régi természete szerint” agyon is verte volna, ha az emberek le nem fogják.
Kis Lukáts az elszenvedett megaláztatásért, a hatóság bántalmazásáért Gált törvényszékre idézi. Követeli, hogy a megsebesítésért Gál „két keze vágattassék el” és „az eő Felsége” parancsai végrehajtásának a megakadályozásáért „Feje ütessék el”. A per folyamán Gál védőügyvédje, Go­ronczki Zsigmond kökösi „procurator” azzal érvel, hogy Gál László nemes emberként nem tartozik a városbírónak „feleletre”, és ezért kéri a „haza törvénye Szerent” – az Approbata Compactum alapján – védence kezesség melletti szabadon bocsátását. Gálék szerint a „Bíró Uramnak a poroncsolatnak néha-néha tsak felit kell betölteni”. A tomboló járvány miatt a per kompromisszummal ért véget. A törvényszéki határozat alapján Gál Lászlót bebörtönzik, „tizenötöd napi szenvedésre”. E jegyzőkönyv azt bizonyítja, hogy a helyi szokások mélyen élnek az emberekben, ugyanakkor a hatalom szigorú előírásait, így a halálbüntetést, nem mindig alkalmazzák.

Pusztít a pestis
Magyarországon az 1708-ban kitört pestisben 300 ezren haltak meg. Ez három és félszer több, mint ahányan a nyolc évig tartó Rákóczi-szabadságharcban életüket vesztették. Az Erdélyben 1717 és 1720 között tomboló pestisjárvány következményei még az említettnél is súlyosabb következményekkel járt. Itt néhány tájegység elnéptelenedett. Így például Ludas–Torda–Kolozsvár–Szamosújvár vonalán 26 településből öt teljesen kihalt, a többiben a népesség 48,3 százaléka elpusztult, illetve elmenekült. Az elhalálozás Székelyföldön az erdélyinél is nagyobb mértékű.
Az 1720-as összeírás, amely a Gubernium rendeletére készült, lehetővé teszi, hogy elképzelhessük a pusztulás méreteit. Pál-Antal Sándor számításai szerint az emberveszteség sokkal nagyobb, mint ahogy a korábbi szakirodalom állítja. Erdély-szerte a népesség 28–30 százaléka, azaz 170–180 ezer ember pusztult el. Az áldozatok egyharmada, hatvanezren Székelyföldön haltak meg, arányuk elérte a 40 százalékot. Csík-, Gyergyó- és Kászonszék lakosságának 49 százaléka, Háromszéken a népesség fele lett a pestis áldozata. Dálnoki Miklós, aki ismerte az 1720-as összeírás adatait, azt jegyezi fel: „Három széken számban vettek többen holtak meg a dög halálban az élőknél, [számuk] elébb ment hárommal.”
Az 1708-as és az 1717-es pestisjárvány pusztításai mutatják, hogy a drasztikus óvintézkedésekre, a vesztegzárra szükség volt, mert az orvostudomány korabeli színvonalán a járvány terjedését csak hatósági intézkedésekkel lehetett akadályozni. Nem véletlenül alkalmazták a halálbüntetést azokra, akik a vesztegzár előírásait nem tartják be. Bizonyított tény, hogy 1718-ban, amikor „az ősz beálltával” a járvány elcsendesedett, „a korábbi fegyelem fellazulásának köszönhetően”, 1719 januárjában ismét kiújult a járvány.