A megélhetés viszont folytonosan romlik, az élelmiszerek ára pedig oly mértéket öltött, hogy a román országokból kénytelenek beszerezni. Ezért őfelsége utasítását semmiképpen sem fogadhatják el. Cserei Miklós adminisztrátor, látván a nemesség hajthatatlan akaratát, a székgyűlésen még egy utolsó kísérletet tett, hogy az ellenkezőket jobb belátásra bírja. Arról is szólt, hogy Erdélyben és Magyarország több vármegyéjében a hazafias érzelmű emberek a törvényektől eltekintve hadisegélyt ajánlottak fel, és azt meg is adták. ,,Fontolóra adta, hogy olyan fejedelmünk vagyon, akit is a hozzá hasonló hatalmasságok is különösen tisztelnek jóságáért, mit nem érdemel ez a maga hű népétől s ezek között különösen a hűségéről hires székely nemzettől. Kérdezte, mit lehetne az olyan férfiakról ítélni, akitől, midőn atyjuk valami segedelmet kérne, azt felelnék, hogy azért nem adhatnak, mivel az írott törvények őket arra nem kötelezik, azokat jó férfiaknak tartaná." Azzal végezte be beszédét, hogy fontolják meg az általa felhozott érveket, ,,kíméljék meg magukat az egyenként való neveiknek felküldésétől, magát az adminisztrátor urat is ebbéli kötelességének teljesítésétől, és olyan ajánlást tegyenek a közjóra, amellyel magukat se fejedelmük se felsőbb igazgatóinak se néptársainak se pedig dicső elejinktől meg ne szégyenkezzünk".

1816-ban a szék közhangulatát továbbra is a központi hatalommal való viaskodás határozza meg. Cserei Miklós 1816. január 9-én a kialakult helyzetet ekképpen jellemzi: ,,Sepsi, Kézdi, Orbai és Miklósvár székek ismét markális gyülést akarnak tartani, azt adván okul főképpen, hogy tagadhatatlan nemcsak megtudni, hanem maga mentségét is őfelsége elejibe terjeszteni, és a királyi neheztelést minden lehetséges uton-módon engesztelni. El nem állhattam a közönséges kivánságnak és a markális gyülést Sepsiszentgyörgyre folyó hó 15-én meghatároztam." Szándékának felvázolása tekintetében pedig ezeket írja: ,,őfelsége igazságos kivánságos teljesítésére minden töllem kitelhető és illendő módokat el próbálni szándékozom és az urakat arra fogom kérni, hogy legyenek nékem tanuim arról, hogy amit egy becsületes embertől és egy tartomány igazgatójától várni lehet abból semmit el nem múlasztok".

Cserei Miklós adminisztrátorsága rövid ideig tartott. Noha a napóleoni háború végéhez ért, Háromszéket egyre több kritika érte a nemesi felkelés alkalmával tanúsított ellenzéki magatartása miatt. Amikor pedig a leszegényedett ország hadisegélyért folyamodott, Háromszék közgyűlése kitért ez alól arra hivatkozva, hogy adóterheket országgyűlési határozat nélkül nem lehet bevezetni. Ezek után a gubernium és szék kapcsolatában a kölcsönös vádaskodás és gyanakvás válik általánossá. Cserei Miklós igyekezett az ellentéteket tompítani, amikor azonban a felülről jövő nyomás már elviselhetetlenné vált számára, lemondott főtisztviselői beosztásáról. 1817. március 19-én guberniumi leirat szentesíti a szék vezetésében történt változást: gróf Béldi László adminisztrátori besorolásban került Háromszék élére. Ezt megelőzően a királyi táblának volt bírája.

Első intézkedései között szerepelt a székgyűlések megtépázott tekintélyének helyreállítása. Ennek érdekében 1819. június 16-án közzétett felhívásában ezeket írja: ,,nemes atyafiaknak tudtára is adjuk, hogy egy olyan díszes gyülekezetre, amilyen a markális szék, mely még törvényhozó hatalommal is bír, ki-ki diszesen nemzeti ruhában jelenjék meg, aki meg nem jelenik vagy meg nem jelenésének elegendő okát nem adja elmúllhatatlanul büntetessék". A tiszti hivatal személyzetének szakmaiságával is elégedetlen volt, tudniillik a már rég meghonosodott rend szerint a székgyűlésen való részvételre értesítendő személyek között a lovas és gyalogoskatonák képviselői is szerepeltek. Az előírt szabályok értelmében ugyanis minden településről a bírónak és két-két katonarendinek kellett megjelennie. Béldi László méltatlannak találta azt a tájékozatlanságot, hogy egy olyan jogszabályt, amely már régen kialakult, és mindenki által közismertnek kellett volna lennie, éppen a tiszti hivatal alkalmazottai közül némelyek nem ismerték.

Béldi azt is észrevette, hogy a bajok forrása a tisztviselők között tapasztalható széthúzásban, ellenségeskedésben rejlik. Kijelentette, hogy addig nem nyugszik, míg Háromszéken rend és egység nem lesz. Ennek elérésében bizonyos intézményi keretek megteremtését elnapolhatatlanul szükségesnek vélte. Mindenekelőtt egy állandó székház gondolata foglalkoztatta, egy olyan hajlék felépítését tervezgette, amely minden embernek lehetőséget kínált volna ügyének intézésében.

Az adminisztráció működésével kapcsolatosan nem csak a szék vezetőjének, de a főkormányszéknek is fenntartásai voltak. Az 1822-es tisztújításkor a székgyűlésről készült jegyzőkönyvet bírálta a gubernium, mely nem az érvényben lévő jogszabályok szerint készült, a kötelező aláírók közül pedig többeknek a neve hiányzott, a szék pecsétjével együtt. Az észrevételek a székgyűlések komolytalan, fegyelmezetlen légkörére is vonatkoztak, miszerint azokra a vezetők iránti teljes mértékű tiszteletlenség volt jellemző. A többféle szabálytalanság miatt a felettes hatóság a jegyzőkönyvet visszaküldte, és a választásokat is megsemmisítette.

A szék és a főkormányszék közötti rossz viszony a következő években sem változott. 1826-ban például a szék vezetését bizonyos ügyrendi szabályok be nem tartásáért bírálták, arról volt szó, hogy Háromszék közgyűlése határozatokat fogadott el és léptetett életbe anélkül, hogy ismerték volna a jogi eljárás sorrendjét, miszerint mielőtt a jogszabály törvényerőre léphetett volna, a főkormányszék jóváhagyásával is rendelkeznie kellett. A felettes hatóság ezután sem volt megelégedve a közgyűlések szakszerűségét illetően. 1830. március 15-én többek között azt kifogásolták, hogy személyeskedő, részrehajló határozatok miatt érdemi munkát a közgyűlés képtelen kifejteni. A szakmai tevékenység javítása érdekében kilyéni Székely Mihály főkormányszéki tanácsost küldik Háromszékre segítségnyújtási feladatokkal: ,,a múlt markális gyülésen zavarosan folytatott tárgyakat újabban elővévén, illő csendességgel, helyes rendel s csendes megfontolással ellátni, a rendetlenségeket szorgalmatosan elkerülni igyekezzenek, hogy a Guberniumnak a mostani rendeléshez hasonló lépésre újabb alkalmatosság ne szolgáltassék". A kiküldött tisztviselő véleménye szerint a székgyűléseken tapasztalt hanyagságok a fegyelmezett légkör hiányával és általában a közigazgatás egészének működésében észlelt hiányosságokkal, nagymértékben pedig a főkirálybíró és beosztottjai közötti rossz kapcsolatokkal magyarázhatók. Úgy gondoljuk, hogy a főkormányszéknek Háromszék törvényhatósági ügyvitelében tanúsított túlzott odafigyelése még a megelőző időszak emlékét őrzi. Nehezen mehetett feledésbe az a magatartásforma, amelyet Háromszék közgyűlése a hadisegély elutasításában tanúsított.